Xristianlıq müasir Estoniya ərazisinə 11-ci əsrdə nüfuz etməyə başlayır, bu həm arxeoloji, həm də yazılı sübutlarla təsdiqlənir. Beləliklə təxminən 1070-ci ildə Bremen arxiyepiskopu estonlar və finlər üçün yepiskop təyin edilir. 13-cü əsrin əvvəllərində müasir Estoniya ərazisi Danimarka və Almaniya xaçlıları tərəfindən fəth edilir, ardınca estonların məcburi xristianlaşdırılması baş tutur. Ümumiyyətlə bu proses 1227-ci ilə qədər başa çatır.

XVI əsrin birinci yarısında müasir Estoniya ərazisində reformasiya hərəkatı geniş vüsət alır və katolikliyin təsiri azalmağa başlayır. Həmin əsrin ikinci yarısında demək olar ki, bütün Estoniya isveçlilər tərəfindən fəth edilir, bundan sonra katoliklik tamamilə qadağan edilir və lüteran rəsmi kilsə olur. 1559-1645-ci illərdə müasir Estoniya ərazisində katoliklik yalnız o zaman Katolik Birliyinə aid olan cənub bölgəsində mövcud idi.

1710-cu ildə Şimal müharibəsi nəticəsində Estoniya Rusiya imperiyasının hakimiyyəti altına düşür. Estoniya torpaqlarının Rusiya imperiyasına birləşdirilməsindən sonra I Pyotr alman aristokratiyasının İsveç hakimiyyəti altında itirdikləri hüquqlarını, o cümlədən vicdan azadlığını bərpa edir. 18-ci əsrin sonlarında Estoniyada 300-ə yaxın katolik var idi, onların əksəriyyəti alman zadəganları olur. XIX əsr Estoniyada katolik inancının nisbi dirçəliş dövrü olur. 1845-ci ildə Tallində, 1899-cu ildə Tartuda kilsə təqdis olunur. 1905-ci ildə II Nikolay Rusiya imperiyasında katolik kilsələrinin açılmasını xeyli asanlaşdıran Dini Tolerantlıq Manifestini imzalayır. Artıq XX əsrin əvvəllərində Valqa və Narvada katolik kilsələri qurulur. 1918-ci ildə ölkə müstəqillik əldə etdikdən sonra dövlət vətəndaşların vicdan azadlığını təmin edir. Müqəddəs Taxt-Tac Estoniyanı 10 oktyabr 1921-ci ildə tanıyır. 1924-cü ildə Estoniyada 2535 katolik yaşayırdı. Onlar 3 kilsəyə qruplaşdırılır: Reval (983 nəfər), Narva (269 nəfər) və Tartu (218 nəfər). 1933-cü ildə Estoniya ilə Vatikan arasında əlaqələr qurulur: Litvada Nunsio Antonino Arata (1935-ci ilin iyulundan nuncio) Vatikanın Estoniyadakı müvəqqəti işlər vəkili, Otto Strandman isə Estoniyanın Vatikanda səfiri olur. 1924-cü ildə Estoniyanın Apostol İdarəsi qurulur. 1931-1942-ci illərdə ona Eduard Profitlix rəhbərlik etmişdir. 1936-cı ildə o, ilk Estoniya katolik yepiskopu olur. Eduard Profitlix 1942-ci ildə sovet həbsxanasında vəfat edir və hazırda onun kanonlaşdırılması prosesi gedir. 1932-ci ildə Profitliç keşişlərin hazırlanması üçün internat məktəbi açılır. 1936-cı ildə katoliklik artıq Tallinndəki beş məktəbdə və iki məktəbdə tədris olunurdu.

1940-cı ildə Estoniya SSRİ-yə birləşdirilən zaman ölkədə 5 minə yaxın katolik var idi. Sovet dövründə Estoniyadakı katolik kilsəsi digər dini cərəyanlar kimi repressiyalara məruz qalır. İki kilsə istisna olmaqla, bütün kilsələr bağlanılır, bir çox keşiş həbsxana və düşərgələrdən keçir.

SSRİ-nin dağılmasından və 1991-ci il avqustun 28-də Estoniya müstəqilliyini bərpa etdikdən sonra Estoniya Respublikası ilə Müqəddəs Taxt-Tac arasında diplomatik əlaqələr yenidən qurulur. Papa II İohann Pavel 1993-cü ildə ölkəyə səfər etmişdir.

25 sentyabr 2018-ci ildə Roma Papası Fransisk Estoniyaya səfər edib. Katolik Kilsəsinin başçısı Tallinin Azadlıq Meydanında 12 000-ə yaxın adamın qeydiyyatdan keçdiyi bir ayin keçirir.

Estoniyadakı katolik kilsəsi təşkilati olaraq Estoniyanın Apostol İdarəsində birləşmişdir. 2008-ci ilə kimi ölkədə 5745 katolik, 14 keşiş, 4 rahib, 20 rahibə və 9 kilsə var idi. 2005-ci il aprelin 1-dən Apostol Administrasiyasına Filip Jan-Şarlz Jurdan rəhbərlik edir. Estoniya Apostol Administrasiyasının Katedrali Tallinndəki Müqəddəs Pyotr və Paul kilsəsidir.

2000-ci il əhalinin siyahıya alınmasına əsasən, eston katolikləri milliyyətlərinə görə belə bölünürdü: estonlar - 1736, polyaklar - 867, belaruslar - 831, litvalılar - 749, ruslar - 713, ukraynalılar - 290, latışlar - 187, finlər - 187, almanlar, digərləri — 227.

Tallinn, Tartu, Pryanu, Valqa, Ahtme, Narva, Sillamäe, Rakvere və Kiviılidə katolik kilsələri vardır. Tallin həm də ölkədə inzibati cəhətdən Ukrayna Yunan Katolik Kilsəsinə aid olan yeganə Yunan Katolik kilsəsinin mərkəzidir.

Ölkədəki ən məşhur katolik binası 1407-ci ildə tikilmiş və 16-cı əsrdə rus qoşunları tərəfindən Livoniya müharibəsi zamanı dağıdılmış Müqəddəs Birqitta monastırıdır. 2001-ci ildə qədim monastırın xarabalıqlarının yanında, hazırda 8 Briqitta rahibəsinin yaşadığı yeni bir monastır binası tikilir.