Əsli və həyatının ilk illəri haqqında yetərli məlumat yoxdur. Əndərunda yetişmiş, ardından hasoda bölüyündə cərrah olaraq xidmət etməyə başlamışdır. Ardından yeniçəri ağası təyin edilərək saraydan ayrılmışdır. Bu vəzifədə ikən 1578-ci ildə kaptan-ı dərya Piyalə Paşanın ölümüylə dul qalan Gövhərxan Sultanla nikahlandı. Çox keçmədən 15 yanvar 1580-ci ildə xanımının da təsiriylə Rumeli bəylərbəyliyinə təyin edildi. Ardından 1582-ci ilin martında Boyalı Mehmed Paşanın yerinə dördüncü vəzir olaraq divana daxil oldu. Bu vəzifədə ikən Sultan Muradın böyük oğlu Şahzadə Mehmedi sünnət etdi. Bu səbəblə bundan sonrakı illərdə "Cərrah" ləqəbiylə anıldı. 1584-cü ildə üçüncü vəzirliyə yüksəldi. 1587-ci ilin fevralında vəzifədən alınsa da, həmin ilin iyun ayında yenidən vəzirliyə təyin olundu. Ancaq 2 aprel 1589-cu ildə baş verən Bəylərbəyi hadisəsinin ardından sədrəzəm Siyavuş Paşa, şeyxülislam Əbdülqadir Əfəndi və vəzir Kürəkən İbrahim Paşa ilə birlikdə vəzifədən alındı.

Hadisələrin yatırılmasının arından 29 yanvar 1593-cü ildə dördüncü vəzir olaraq yenidən divana daxil olan Cərrah Mehmed Paşa qısa zamanda üçüncü vəzirliyə yüksəldi və bu vəzifədə ikən 4 mart 1596-cı ildə Sultan Mehmedin Əyri səfərinə qatıldı. Səfərin ardından ikinci vəzir olan Cərrah Mehmed Paşa bir müddət sədarət naibi olaraq xidmət etdi. 9 aprel 1598-ci ildə sədrəzəm Xadım Həsən Paşanın vəzifədən alınmasıyla sədarətə gətirildi. Ancaq xəstəliyi səbəbilə sarayda toplanan divan məclislərinə qatıla bilməmiş, dövlət işlərini nişançı vəzirlərin vasitəçiliylə idarə etmişdir. Bu səbəblə 6 yanvar 1599-cu ildə vəzifədən alındı və yerinə Kürəkən İbrahim Paşa sədarətə gətirildi.

Sultan Mehmedin ani vəfatının ardından taxta çıxan 13 yaşlı oğlu Sultan Əhmədə yaxınlığıyla bilinən Cərrah Mehmed Paşa yaşlılığı səbəbilə heç bir dövlət vəzifəsinə təyin edilmədi. Buna baxmayaraq uşaq yaşdakı sultanın ən yaxın məsləhətçisi oldu. Ancaq çox keçmədən 10 yanvar 1604-cü ildə vəfat etdi. Cənazəsi öz adına inşa etdirdiyi məscidinin həyətindəki türbəsinə dəfn edildi.

İstanbulda yerləşdiyi səmtə adını verən Cərrahpaşa külliyəsini inşa etdirmişdir. Külliyə saray memarı Davud ağa tərəfindən inşa olunan 1593 tarixli məscid, türbə, mədrəsə, məktə, səbil, çeşmə və qoşa hamamdan ibarətdir. Hamam binası 1908-ci ildə bağlanmış, daha sonra isə baxımsızlıqdan dağılıb yox olmuşdur. Məscidin küncündə yerləşən çeşmə isə dağıntı halındadır. Gövhərxan Sultanla olan nikahından övladı olub-olmadığı bilinmir. Ancaq öz yanında dəfn edilən Piri bəy və Osman bəy adlı 2 oğlunun və bir qızının olduğu, atalarının yanına dəfn edildikləri məlumdur.

• gSelânikî, Târih (İpşirli), I, 135, 180, 185–186, 210–211, 305, 394; II, 551, 560, 571–572, 635, 690, 733–735, 744, 768, 770, 789.
• Atâî, Zeyl-i Şekāik, s. 337–338, 375, 379, 480, 589.
• Peçuylu İbrâhim, Târih, II, 25, 193, 209–210, 223, 326, 360, 482, 483, 746.
• Naîmâ, Târih, I, 187, 213–214.
• Hadîkatü’l-vüzerâ, s. 49.
• Danişmend, Kronoloji, III, 59, 76, 111, 168, 185, 191–192.