Rusiya Krım müharibəsindən (1853–1856) sonra Mərkəzi Asiya və Qazaxıstanda öz işğalçılıq siyasətini xeyli genişləndirdi. Rusiya və İngiltərə Mərkəzi Asiya və Qazaxıstanı öz nüfuz dauirələrinə çevirmək uğrunda kəskin mübarizə aparırdılar. Buxara xanlığının Kokandın köməyinə gəlməsi ruslara bu torpaqlara yürüş üçün də bəhanə yaratmışdı. Buxara əmirliyi ilə toqquşmaya əsas səbəb də general-mayor M. Q. Çernyayevin komandanlığı altında rus qoşunları tərəfindən Mərkəzi Asiyada hakim strateji məntəqənin — Kokandın Daşkənd qalasının istila edilməsi oldu. Buna cavab olaraq Buxara hakimiyyətinin sərəncamı ilə əmirin yanına göndərilmiş Rusiya elçiliyi və bütün rus tacirləri həbs edildi. Rusların əmir Müzəffərəddinin qoşunlarını məğlub etməsi və əmirliyin ərazisinin bir hissəsinin, o cümlədən Xocənt, Ura-Tübə, Cizak şəhərlərinin işğalı (1866) Buxara tərəfini sülh danışıqlarına başlamağa məcbur etsə də, əmir ruslarıın şərtləri ilə razılaşmadı. 1867-ci ildə Rusiyanın Orta Asiyada işğal etdiyi bütün ərazilər Türküstan general-qubernatorluğu adı altında birləşdirildi. İmperator II Aleksandr tərəfindən müstəsna səlahiyyətlər almış general-leytenant K. P. Kaufman general-qubernator təyin edildi..

1867-ci il 1 sentyabrda general-leytenant K. P. Kaufman Buxaraya ultimatum mahiyyətli Rusiya-Buxara sazişinin mətnini göndərdi. Buxara tərəfi bu sazişi rədd etdikdən sonra 1868-ci ildə hərbi əməliyyatlar yenidən başlandı. 1868-ci ilin yazında Buxara əmiri rus qoşunlarına qarşı müqəddəs müharibə — cihad elan etdi. 1868-ci il 2 mayda rus qoşunları Buxara əmirliyinin Səmərqənd şəhərini işğal etdilər. Şəhərdə qarnizon yerləşdirən general-qubernator Kaufman əsas qüvvələri ilə Zirabulak yüksəkliyinə yollandı və burada Buxara ordusunu darmadağın etdi. Həmin gün Səmərqənddə Rusiyaya qarşı üsyan baş verdi və rus qarnizonu içqalada mühasirəyə alındı. Səmərqəndə qayıdan general-qubernator Kaufman üsyanı amansızcasına yatırtdı. Az sonra, 1868-ci il 23 iyunda Buxara əmiri Müzəfərəddin Rusiya-Buxara müqaviləsini imzalamağa məcbur oldu. Müqavilənin şərtlərinə görə, Buxara əmirliyi Rusiyanın protektoratlığına keçdi, Zirabulak yüksəkliyinə qədər bütün işğal olunmuş ərazilər Zərəfşan mahalı kimi Rusiyanın hakimiyyəti altında olan Türküstan general-qubernatorluğunun tərkibinə daxil edildi. Bundan əlavə, Buxara əmiri 500 min manat təzminat ödəməli, rus vətəndaşlarının azad ticarət etmək hüququnu və təhlükəsizliyini təmin etməli idi.

1870-ci il hərbi ekspedisiyası zamanı general-mayor A. K. Abramovun başçılığı ilə rus qoşunları Şəhrisəbz və Karşi ərazilərini işğal edərək yerli bəylərin çıxışlarını qəddarlıqla yatırdılar. Bu ərazilər itirilmiş torpaqların əvəzinə Buxara əmirliyinə birləşdirildi. Şaar müqaviləsi (1870) Rusiya imperiyasının Buxara əmirliyi ilə münasibətlərini qəti şəkildə müəyyənləşdirdi.

1. История Казахстана в персидских источниках. Т.2. Алматы: Дайк-пресс, 2005, с.282.
2. Alexander Burnes, Travels into Bokhara being the account of a journey from India to Cabool, Tartary and Persia. Volume II. New Delhi, Madras, Asian educational services, 1992, p.358
3. Azərbaycan Milli Ensiklopediyası (25 cilddə). 5-ci cild: Brüssel – Çimli-podzol torpaqlar (25 000 nüs.). Bakı: "Azərbaycan Milli Ensiklopediyası" Elmi Mərkəzi. 2014. səh. 49–50. ISBN 978-9952-441-10-9.