1958-ci ilin aprel ayında yaradılmışdır.Muzey 3 böyük zaldan, həyətyani ərazidən, ofis otaqlarından və kitabxanadan ibarətdir. Muzeydə əsasən Cənubi Azərbaycan ərazisində aparılmış qazıntılardan aşkar edilmiş tapıntılar, incəsənət nümunələri və heykəllər nümayiş etdirilir. Muzeyin kitabxanasında əlyazma və çap formasında olmaqla 2500-dən çox kitab saxlanılır. Kitabların əksəriyyəti tarix, arxeologiya, incəsənət və İran mədəniyyəti haqqındadır. Azərbaycan muzeyində İran tarixinin müxtəlif dövrləri haqqında olan kitabların sayı təkcə İran Milli Muzeyində qorunan kitabların sayından geri qalır.

Azərbaycan muzeyində 3 qalereya vardır:

Həmçinin muzeyin həyətində daş insan fiqurları, heykəllər, qoç fiqurları və kitabələr saxlanılır.

Birinci qalereya e.ə. V minillikdən etibarən Sasani dövrünün sonuna (656) qədərki dövrə aid nümunələrdən ibarətdir. Buraya ilahə və tanriçalara həsr edilmiş heykəllər, ritonlar, iki insan skeleti (qadın və kişi) və "Bismillah" daşı adlanan naxışlı mərmər lövhə daxildir.

II qalereya iki hissədən ibarətdir:

• İslam arxeologiyası
• Sikkələr və möhürlər

Birinci hissəyə 10-19-cu əsrlərə aid olan dulusçuluq və digər sahələrə aid tapıntılar aiddir. Bu qalereyanın sikkələr aid olan ikinci hissəsinə daxil olan tapıntılar Əhəməni imperiyası dövründən başlayaraq Qacarlara qədərki dövrü əhatə edir. Həmçinin ikinci hissəyə daxil olan möhürlər hissəsində e.ə. III minillikdən etibarən İslam dövrünə aid olan tapıntılar nümayiş etdirilir.

III qalereyaya Əhəd Hüseyninin əsərlərinin bir hissəsi daxildir. Bu əsərlər gipsdən və tuncdan hazırlanmışdır və müəllifin XX əsrdə bəşəriyyətin taleyi haqqında şəxsi fikirlərini əks etdirir.

Əhəd Hüseyni 1972-ci ildə İtaliyadakı İncəsənət Akademiyasında (Accademia di Belle Arti) təhsil almışdır. Təbrizə geri döndükdən sonra mütəmadi şəkildə heykəltaraşlıqla məşğul olan Əhəd Hüseyni bu dövrdə 12 heykəldən ibarət olan və "Səfalət zəncirləri" adlanan əsərini yaratmışdır. O, bu əsərini Azərbaycan muzeyinə hədiyyə etmişdir. O, bu əsərinə daxil olan heykəlləri tuncdan və üzlərində insanın ağrı-acılarını göstərən şəkildə yaratmışdır.

  Əsas məqalə: Əhəd Hüseyni

•  
  "Təşviş və ömrün payızı"
•  
  "Müharibə" heykəli
•  
  "Düşünən adam" heykəli
•  
  "Müharibə" heykəli
•  
  "Siyasi məhbuslar" heykəli

2013-cü il 7 may tarixində Azərbaycan muzeyindən Sasani dövrünə aid 5 gümüş lövhə oğurlanmışdır.2013-cü ilin noyabr ayında oğrular həbs edilsə də, oğurlanmış əşyaları tapmaq münkün olmamışdır.

•  
  Muzeyin girişi
•  
  Muzeyin yayda girişi
•  
  Muzeyin birinci mərtəbəsi
•  
  Stukko, Parfiya sülaləsi, Zahlaq qalası, Haştrud
•  
  Dəmir dövrünə aid tapıntı
•  
  e.ə. III minillikdəki Ciruft mədəniyyətinə aid tapıntı
•  
  e.ə. III minillikdəki Ciruft mədəniyyətinə aid tapıntı
•  
  Dülüsçuluq məmulatı, e.ə. V minilliyə aid.
•  
  I minilliyə aid cəvahirat
•  
  selcuqlu qartali
•  
  I minilliyə aid cəvahirat
•  
  Brilyant qutusu, Qacarlar dövrü Jewel box, qajar era (19th century).
•  
  Səfəvilər dövrünə aid farfor
•  
  XIII əsrə aid keramika
•  
  Qacarlar dövrünə aid brilyant
•  
  Sasanilər dövrünə aid gümüşdən olan və qızıl suyuna çəkilmiş qab
•  
  Sasani badəsi
•  
  Muzeyin əsas zalı
•  
  Sikkələr zalı
•  
  Sikkələr zalında olan və üzərində Pəhləvi dilində yazılar olan möhürlər
•  
  Sasanilər dövrünə aid möhür
•  
  "Bismillah" sütunu

• Cənubi Azərbaycan
• Təbriz