Şeyx İbrahim vəfat etdikdən sonra 1447-ci ildə onun böyük oğlu Cüneyd ordenin başçısı oldu. O, Ərdəbiliyyə və ya Səfəviyyə kimi tanınan təriqətin beşinci lideridir. İlk dövrlərdə daha çox Azərbaycanda təsir dairəsinə malik olan bu təriqət sonralar Suriya, İraq və xüsusilə Anadoluda yaşayan dini həyata öz təsirini göstərmişdir. Mərkəzi xanəgah Ərdəbildə olsa da, ordenin yayıldığı coğrafiyalardakı müridlər öz müdriklərinə sıx bağlı idilər. Osmanlı İmperiyasındakı müridlər də Ərdəbil xanəgahına vergi ödəyirdilər. Bu səbəbdən Şeyx Cüneydin qüvvətli təsir gücündən çəkinən hökmdarlar onun öz torpaqlarında yaşamsından narahatlıq duyurdular. Ərdəbil şeyxlərinin dövrün dövlət başçıları ilə görüşləri və əlaqələri Şeyx Cüneyddən başlamamışdır. Lakin əvvəlki münasibətlər din və dünya işlərinin ayrılması əsasında davam etdiyi halda, bu vəziyyət Şeyx Cüneyd dövründə dəyişdi. Şeyx Cüneyd dövlət qurmaq ideyası ilə hərəkət edərək Səfəvi təriqət icmasından dini dövlət yaratmaq üçün addımlar atdı. Atası Şeyx İbrahimdən sonra Şeyx Cüneydin məzhəb başçısı olması əmisi Şeyx Cəfəri qanə etmirdi. O dövrdə Ərdəbilin hakimiyyəti altında olan Qaraqoyunlu hökmdarı Cahanşah da Şeyx Cüneydin ətrafına toplaşan müridlərin çoxluğundan narahat olmuş və onun Şeyx Cəfərlə müqavilə bağlamasına zəmin hazırlamışdır. Qızını Şeyx Cəfərin oğlu ilə evləndirdiyi üçün Qaraqoyunlu Cahanşahla qohumluq əlaqələri varidi. Şeyx Cüneyd ilə Şeyx Cəfər arasındakı gərginlikdən istifadə edən Cahanşah Şeyx Cəfərə məktublar yazıb ondan qardaşı oğlunu ölkədən uzaqlaşdırmasını istədi. Hökmdar dəstəyini də alan Şeyx Cəfər təzyiqləri artırdıqda Şeyx Cüneyd Ərdəbili tərk etmək məcburiyyətində qalır. Beləliklə, ordenin idarəsi Şeyx Cəfərə keçir. Şeyx Cüneyd isə ən yaxın sadiq davamçıları ilə başqa ölkəyə yola düşməli olur.

Şeyx Cüneyd ilk olaraq Osmanlı torpaqlarına səyahət etdi. Çünki Osmanlı sülaləsi keçmişdə Səfəvi şeyxlərinə hədiyyələr göndərir, onlarla ünsiyyətdə olur və maddi yardımlar edirdi. Osmanlı torpaqlarına çatan Şeyx Cüneyd, bəzi tərəfdarlarını səcdə, Quran və təsbeh hədiyyələri ilə Osmanlı hökmdarı II Muradın yanına göndərib, ondan namaz qılmaq, ibadət etmək və Qurtbelidə məskunlaşmaq üçün icazə verməsini xahiş etdi. II Murad hədiyyələri qəbul etdi, lakin Şeyx Cüneydin təsir dairəsindən qorxduğu üçün şeyxin istəyinə mənfi cavab verdi və müridləri bir neçə hədiyyə ilə geri göndərdi. Osmanlı sultanından mənfi cavab aldıqdan sonra 1449-cu ildə o Anadolu bəyliklərindən biri olan Qaramana səfər edir. Qaraman, Təkə və Həmidoğulları əhalisi əvvəllər şiəliyə meyilli idi. Şeyx Cüneyd Konyada Sədrəddin Konəviyə məxsus xanəgahdan yaşayırdı. O, 1456-cı ilə qədər burada qalır. Konyada qısa müddət yaşamasının səbəbi Şeyx Əbdüllətif əl -Qüdsi ilə arasındakı anlaşmazlıqlar idi. Əbdüllətif Şeyx Cüneydi kafir adlandırırdı. Nəticədə Şeyx Cüneyd və müridləri Konyanı tərk edirlər. Onlar buradan Toros dağılarında yaşayan Varsaq türklərinin ərazisinə getsələr də Konyadakı xanəgahın şeyxi Qaraman hökmdarına Şeyx Cüneydi şikayət edir. O da Varsaq tayfasının liderinə Şeyx Cüneydi həbs etmə əmri verir. Varsaq türklərindən də özünə tərəfdaş toplayan Şeyx Cüneyd təzə mənsubları ilə birgə buranı da tərk edir.

Məmlük sultanı Çaxmaqın hakimiyyəti altında olan Suriya torpaqlarına gələn şeyx burada dağıdılmış bir qalanı icarəyə götürərək buranı xanəgah kimi istifadə etməyə başlayır. Şeyx Cüneyd burada apardığı geniş təbliğat nəticəsində öz təriqətini xeyli böyütməyə nail oldu. Hətta Osmanlı və İraqdan çoxlu müridlər Suriyaya gələrək onun ətrafında toplaşırlar. Bunu görən Hələbdəki şeyxlər Məmlük sultanı Çaxmaqa məktub yazıb Şeyx Cüneydi şikayət edirlər. Əmir Çaxmaq Hələb valisinə Şeyx Cüneydi həbs etmə əmri verir. Cüneydin müridləri ilə şahın əsgərləri arasında baş verən döyüşdə 70 mürid həlak olur.

Məğlub olan Şeyx Cüneyd Məmlük torpaqlarını tərk edərək Osmanlı imperiyası tərkibində olan Canikə gəlib çıxır. Şeyx Cüneyd Canikdə yaxşı qarşılanmış və uzun müddət burada yaşamışdır. O, yeni tərəfdarlar toplamaq üçün çalışır, Canik valisi isə onun cəsarətli planlarına mane olmurdu. Trabzon Rum İmperatorluğunu ələ keçirərək öz dövlətini qurmağı planlaşdıran Şeyx Cüneyd kafirlə cihad edəcəyi üçün digər müsəlman hökmdarların maneələri ilə qarşılaşmadı. Bu ərəfədə Trabzon Rum imperatorluğunda taxt-tac mübarizəsi başlamış, Şeyx Cüneyd də bu fürsəti dəyərləndirmək istəmişdi.

İmperator Şeyx Cüneydin gəldiyi xəbərini eşidəndə quru qoşunu ilə Kordilə (Ağcaqala) adlı Aya Fokas monastırına doğru irəliləmiş, quru ordusuna dəstək vermək və düşmənə hücum etmək üçün rum donanmasını da sahil boyu yerləşdirmişdi. Şeyx Cüneydin qüvvələri Meliares ətrafına gəldi və Kapanion adlı boğazda iki tərəf arasında qarşıdurma başladı. Rum donanması sahilə qoşun çıxarmağa çalışarkən böyük bir tufan qopdu. Şeyx Cüneydin qüvvələri fürsətdən istifadə edərək hücuma keçdi. Nəticə də rum ordusunun komandanlığını öz üzərinə götürən komandir Pansebastos İskəndər və oğullarını öldürüb, ordusunu dağıtdı. Şeyx Cüneyd və qüvvələri Trabzon qalasının önünə gəlmişdi. Şeyx Cüneyd götürdüyü əsirlərin bir çoxunu edam etdirdi. Buna baxmayaraq Şeyx üç günlük mühasirədən sonra möhkəm qalanı almaq mümkün olmadı. Şeyx Cüneyd buradan çıxıb Mesohaldion (Torul) qalasına hücum etdi, lakin buradan da heç bir nəticə əldə edə bilmədi. Bu zaman Osmanlı sultanı II Mehmed Hızır bəyi Trabzona hücuma göndərdi (1451–1481). Nəticədə Şeyx Cüneyd Trabzon bölgəsini tərk edir. Cüneydin Trabzona hücumları Trabzon Rum İmperatorluğunu xeyli zəiflətdi və buraya gələn Osmanlı orduları Trabzonu asanlıqla fəth etdi.

Həmin dövrdə Diyarbəkirdə hökmranlıq edən Ağqoyunlu hökmdarı Uzun Həsənin şöhrəti yayılmışdı. O basqınları ilə ölkəsinin sərhədlərini get-gedə genişləndirməyə nail olmuşdu. Daima Qaraqoyunlu dövləti ilə mübarizədə olan Ağqoyunlu dövləti Şeyx Cüneyd üçün yaxşı müttəfiq ola bilərdi. Uzun Həsən eyni zamanda dərvişlərin və din xadimlərinin dostu kimi də tanınırdı. Beləliklə, Şeyx Cüneyd Ağqoyunlu dövlətinin torpaqlarına səfər edir. Şeyx Cüneydin Canikdən sonra Həsənkeyfə gəldiyi dəqiqdir. Onun Ağqoyunlu hökmdarı Uzun Həsənlə münasibətində ilk addımı kimin atdığı və görüşün əsas məqsədinin nə olduğu barədə tarixi mənbələr fərqli məlumatlar əks olunub. Lakin Uzun Həsənin dərvişlərə olan maraq və dəstəyinə görə onun Şeyx Cüneydə məktub yazıb dostluq təklif etdiyi, Şeyx Cüneydin isə bu təklifdən məmnunluq duyduğu düşünülür. Bu təklif çox yaxın qohumluq əlaqələrinin də başlanğıcı olur. Şeyx Cüneyd Hasankeyfdən Diyarbəkirə yola düşərkən Uzun Həsən Ağqoyunlu əyanlarından bir neçəsini onunla görüşə göndərdi. Şeyx Cüneyd və tərəfdarları şəhərə yaxınlaşanda şəxsən o, şəhərdən kənara çıxıb onları qarşıladı. Uzun Həsən atından düşüb şeyxi qucaqladı. Diyarbəkirin tarixi divarlarından keçərək şəhərin mərmərdən tikilmiş binalarını, malikanələrini, kilsə və məscidlərini görən müridlər çox təsirlənirlər. Uzun Həsənin qonağı olan şeyxin yanındakı əmirlər və müridlər vaxt ötdükcə öz dərəcələrinə uyğun vəzifələrə təyin edilmişdilər. Şeyx Cüneydin Uzun Həsənlə şəxsi münasibətdə olması aralarındakı yaxınlığı və səmimiyyəti get-gedə artırdı. Hətta bəzi bəylər onların münasibətinə həsəd aparırdılar. Bu səmimiyyətin yaratdığı yaxınlıqla Şeyx Cüneyd Uzun Həsənin bacısı Xədicə Bəyimə elçi düşür. Uzun Həsənin razılığı ilə baş tutan nikahla Səfəvi təriqatinin şeyxi Şeyx Cüneyd Ağqoyunlu sülaləsinin kürəkəni olur. Beləliklə, Şeyx Cüneydin nüfuzu daha da artdı.

Diyarbəkir və ətrafı bir çox din və məzhəblərin yaşadığı ərazi olduğu üçün Şeyx Cüneydin tərəfdar toplamasına əlverişli yerlər idi. Şeyx Cüneyd sülalədən aldığı icazə ilə Ağqoyunlu sərhədlərindən kənar bir sıra ərazilərə xəlifələrini göndərib, yeni müridlər toplayır. Uzun Həsən Diyarbəkirdə Şeyx Cüneyd üçün günümüzə qədər gəlib çatan tarixi Ərdəbil qəsrini tikdirmişdir. Uzun Həsənlə yaxın münasibətdə olan şeyx onun öz torpaqlarını genişləndirməsini yaxından müşahidə edirdi. O, qazandığı təcrübə ilə yenidən Ərdəbilə qayıdıb öz ordeninin rəhbərliyini geri almağı qərarlaşdırır. Onun gəlişindən xəbər tutan əmisi Şeyx Cəfər yenidən Cahanşaha müraciət edir. Uzun Həsənin dəstəyini alan şeyxin daha da təhlükəli rəqib olduğunu düşünən Qaraqoyunlu Cahanşah, Şeyx Cüneydi yenidən Ərdəbildən qovmaq qərarına gəlir və baş verə biləcək qarşıdurma üçün əsgər toplamağa başlayır. Cahanşahın hazırlığından xəbər tutan Şeyx Cüneyd, ordenin idarəsini əmisinə tapşırıb, dünyanın hər yerindən müridlərini çağırmaq üçün elçilər göndərir. Daha sonra şəhərdən kənarında toplanmış silahlı tərəfdarları ilə Şirvanşahlar Dövlətindən keçərək çərkəzlər üzərinə basqın edir. Bu basqında o, Uzun Həsəndən əldə etdiyi təcrübələri tətbiq edirdi. O Qafqaz dağlarından enərkən yenidən Şirvanşahların hüdudlarından keçərək Qarabağdakı kazarmaya gəlir. Şirvanşahlara vergi verən çərkəzlərə dini kimliyinə görə hücum edən Şeyx Cüneydlə döyüşə girməyə tərəddüd edən Şirvanşah hökmdarı Şeyx Cəfərdn qardaşı oğlu haqqında mənfi məktub alır. Məktubda qardaşı oğlunun üsyançı adlandıran Şeyx Cəfər onun öldürülməsini tələb edir. Nəticədə hücum qərarı verən Şirvanşah hökmdarı Şeyx Cüneydə cəbhədən xəbər göndərərək sərhədlərini tərk etməyi əmr edir. Lakin Şeyx Cüneyd səfiri öldürərək mənfi cavab verir. Tərəflər arasında baş verən döyüşdə Şeyx Cüneyd oxla öldürülür. Onun tərəfdarları şeyxin ölümündən sonra dağılırlar.

1456/59-cu ildə Uzun Həsənin bacısı Xədicə bəyim ilə evlənmişdir. Atasının ölümündən sonra dünyaya gələn oğlu Heydər dayısı Uzun Həsənin sarayında böyüdü və Uzun Həsənin qızı ilə də evlənərək onun kürəkəni oldu. Xacə Məhəmməd və Xacə Cəmşid adlı oğulları da vardı. Xacə Cəmşid Heydər ilə birlikdə Şirvanşahlarla döyüşlərdən birində öldürülmüşdür.

• . (PDF). Bakı: "Şərq-Qərb". 2007. 344 səh. ISBN 978-9952-34-101-0. 2018-07-12 tarixində (PDF) arxivləşdirilib. İstifadə tarixi: 2018-07-12.
• Bintülhüda Kardeşlik. AKKOYUNLU DEVLETİ’NDE TASAVVUF VE TARÎKATLAR. Diyarbakır. T.C.Dicle Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsü Temel İslam Bilimleri Anabilim Dalı Tasavvuf Bilim Dalı. 2021.
• Mirzə Abbaslı. Səfəvilərin kökəninə dair. XL. Belleten. 1976. 287–289.
• T. Yazıcı. Cüneydi Safevi. VIII. Ankara: TTK. İA. 1993. 123–124.
• Walter Hinz tərc T.Bıyıklıoğlu. Uzun Həsən və Şeyx Cüneyd. Ankara: TTK. 1992.
• Woods, John E. The Aqquyunlu: Clan, Confederation, Empire. The University of Utah Press. 1999.