Ağdamda Çörək muzeyinin yaradılması fikri 1983-cü ildə Almaniyanın Ulm şəhərində yerləşən Çörək muzeyi haqqında "İzvestiya" qəzetində dərc olunmuş maraqlı məqalədən sonra rayon partiya komitəsinin birinci katibi işləmiş Sadıq Murtuzayevə məxsusdur. Bərpa işləri yerli mütəxəssislər tərəfindən icra olunmuş, habelə dəyirman binasının həndəvəri təmir edilmiş, fasadında məşhur daş mozaika yaradılmışdı. Mozaikanın ideya müəllifi Sadıq Murtuzayevə aid idi. Mozayka Ağdamdan olan rəssam-dizayner Zakir Rüstəmov tərəfindən hazırlanıb. Panno xüsusi rəngli daşlardan istifadə edərək yığılmışdı.

25 noyabr 1983-cü ildə muzey ilk ziyarətçilərini qəbul etmişdi. Çörək Muzeyinin yerləşdiyi dəyirman XIX əsrin sonlarında rayonun tanınmış nəsillərindən olan Məhəmməd Qarayev tərəfindən inşa edilmişdi. Muzey Azərbaycan SSR dövləti tərəfindən yerli mədəniyyət abidəsi kimi qorunurdu. Kompleksə karvansara da daxil idi. Sovet dönəmində "Dəyirman həyəti" adlanan ərazidəki karvansara yaşayış üçün uyğunlaşdırılaraq yerli sakinlərə verilib. Dəyirman 1987-ci ildə tam işlək vəziyyətə gətirilib. Muzeydə aparılan tərtibat işlərini Mədəniyyət nazirliyin bədii tərtibat idarəsinin əməkdaşı Eduard Krupkinin rəhbərlik etdiyi qrup həyata keçirib. Nümayəndə heyətinə isə muzeylər idarəsinin rəisi Səriyyə İsmayılova rəhbərlik edib.

Muzey üç əsas bölmədən ibarət idi. Muzeyə bitişik ərazidə təndirxanası olan "Sünbül" kafesi ziyarətçilərə xidmət göstərirdi. Muzeyin girişi birbaşa yay zalına açılırdı. Bir hissəsi örtülü olan zalın ortasında kiçik fəvvarə vardı. Buradan həm "Sünbül" kafesinə, həm mətbəxə, həm də iki kiçik yemək otağına keçmək mümkün idi. Zala girən kimi sola dönməklə sərgi salonuna daxil olurdu. Muzeyin ikinci girişi də vardı, oradan yol müdiriyyətin otağına aparırdı. Sərgi salonu hündür olduğundan onun müəyyən hissəsi alt-üst mərtəbələrə ayrılmışdı. Giriş qapısının solundan qalxmaqla antresol hissədə 20 kvadratmetrlik inzibati otaq, foye var idi. Həmin yerin yuxarısından muzeyin çardağına giriş də vardı. Çardaqda muzeyin əlavə eksponatları saxlanırdı.

Birinci sərgi zalının sahəsi 80 kv/m, ikincininki 30 kv/m idi. Birinci zalda gündə 8-10 ton buğda üyütmək gücü olan mexaniki dəyirman yerləşirdi. Burada həmçinin 1930-cu illərində istifadə edilən "Triyer" taxıl təmizləyici qurğusu sərgilənirdi. İkinci sərgi zalı da maraqlı eksponatlarla zəngin idi. Burada əmək alətləri – xış, vəl, çin, oraq, II əsrə aid əl dəyirmanı (kirkirə), "çarçar" adlı taxıldöyən nümayiş olunurdu. Dəyirmanın sağ tərəfindəki taxta pilləkənlə ikinci mərtəbəyə qalxmaq olurdu. Burada undan hazırlanan məhsullar, o cümlədən, Gəncə, Naxçıvan, Qarabağ, Gürcüstan, Ermənistan, Dağıstan, Səmərqənddə bişirilən çörək növləri sərgilənirdi. Bundan əlavə, aşağı zalda qədim küp və mətbəx əşyaları sərgilənirdi. Ondan sonrakı zal sırf taxılçılıq və əkinçiliklə bağlı məsələlərə həsr edilmişdi. Burada müxtəlif taxıl növləri, buğdadan hazırlanmış eksponatlar, müharibə dövrundə uşaqlara verilən çörək kartoçkaları, eləcə də, buğda dənələrindən düzəldilmiş Azərbaycan xəritəsi nümayiş olunurdu.

Muzeyin divarlarına vurulmuş "Çörək baha olanda ölüm ucuz olar", "Qılınc kəsməyəni çörək kəsər" atalar sözləri də çörəyin müqəddəsliyini, gücünü, qüdrətini bir daha ziyarətçilərin yadına salırdı.

1980-cı illərdə Ağdamda keçirilən "Natəvan" qızlar bayramı, "Xarı Bülbül" beynəlxalq festivalı məhz muzeyə baxışla başlamışdı.

Qarabağ müharibəsi zamanı Ermənistan Silahlı Qüvvələrinin hücumları nəticəsində muzeyə iki dəfə mərmi düşmüşdü. Birinci mərmi üçüncü sərgi zalına düşsə də, partlamamışdı. İkinci mərmi isə 1992-ci ilin avqust ayının 12-də, saat 16:40 radələrində Əsgəran rayonunun Xanabad və Naxçıvanik kəndi istiqamətindən atılan zaman muzeyə düşərək, muzeyi tamamilə məhv etmişdir. Yanğını söndürməyə cəhd göstərilsə də, muzeyi xilas etmək olmadı. Bunun nəticəsində muzeydə olan 1500-dək eksponat tavan taxta materialından hazırlandığından tez alışmış və bir saat ərzində muzey külə dönmüş, dəyirmanın yalnız divarları qalmışdı.

2014-cü ildə Söz Azadlığını Müdafiə Fondunun (SAMF) kollektivi Azərbaycan Respublikasının mədəniyyət və turizm naziri Əbülfəs Qarayevə Ağdam Çörək Muzeyinin bərpasına aid müraciət ünvanlayıb.

İkinci Qarabağ müharibəsinə son qoyan atəşkəs bəyanatına əsasən, 20 noyabr 2020-ci il tarixində Ağdam şəhəri və ətrafı Azərbaycanın nəzarətinə qaytarılmışdır. Azərbaycanın nəzarətinə keçdikdən az sonra şəhərdə təmizlik işlərinə başlanılmışdır.Azərbaycan Milli Məclisinin deputatı Qənirə Paşayeva 2020-ci ildə Ağdamda ilk bərpa olunacaq yerlərdən birinin Çörək Muzeyi ola biləcəyini qeyd etmişdir. Onun sözlərinə görə, bərpa işləri görülərkən muzeyin ermənilər tərəfindən dağıdılmış vəziyyəti də nümayiş edilməli idi. Paşayeva muzey ilə bağlı planlar barədə Mədəniyyət Nazirliyi rəhbərliyi ilə fikir mübadiləsi apardığını, bütün konstuktiv təkliflərin nəzərə alınacağını bildirmişdir.

Muzeyin 2800-ə yaxın eksponatı arasında Ağdam ərazisindəki "Çalağan təpədə" arxeoloji qazıntılar zamanı aşkar edilmiş və yaşı 3000 ildən artıq olan daşlaşmış buğda da var idi. Keçmiş SSRİ-nin paytaxt şəhərlərində bişirilən 300-dən artıq çörək nümunəsi muzeydə sərgilənirdi. Muzeyin eksponat fondunun yaradılmasında akademik İmam Mustafayevin, iqtisad elmləri doktoru və professor Əbülfəz Qasımovun və bir çox ziyalıların müstəsna rolu olub. Həmin illərdə muzeydə Azərbaycan Respublikasının bütün bölgələrindən çörək növləri toplanmışdı. Gədəbəy rayonundan isə qədim tarixə malik 16 əkinçilik avadanlığı muzeyin eksponat fonduna hədiyyə edilmişdi.Moskvanın şəhərciyindən göndərilən və kosmosu dolanıb gələn çörək nümunələri böyük dəyərə malik idi.

Muzey eksponatlarının ən qədimi – eramızdan əvvəl VII minilliyə aid olan daşlaşmış buğda dənləri diqqəti daha çox çəkirdi. Buğdanı muzeyə akademik İmam Mustafayev təqdim etsə də, onlar Ağdamın Əfətli kəndi ərazisindəki Çalağan təpədə aparılan qazıntılar zamanı arxeoloq İdeal Nərimanovun səyi nəticəsində tapılıb. Sonradan yalnız daşlaşmış buğda dənləri xilas edilərək mədəniyyət şöbəsinin müdiri işləmiş Çimnaz Əliyeva tərəfindən Azərbaycan Tarix Muzeyinə əmanət verilib. Muzeyə faytonçu Bəhmən kişinin də faytonu eksponat kimi təhvil verilmişdi. Bu həmin fayton idi ki, 1980-cı illərdə şəhərdə keçirilən rayon səviyyəli bütün şənliklərdə öndə gedərdi.

Muzeydə nümayiş olunan eksponatların bir hissəsini muzeyi ziyarətə gələn əcnəbi qonaqlar bağışlamışdılar. Belə eksponatlar arasında ən məşhuru Qalina Konayeva adlı bir qadının Sankt-Peterburq şəhərindən gətirdiyi "blokada çörəyi" idi. İkinci dünya müharibəsi zamanı Sankt-Peterburq şəhəri uzun müddət faşistlərin mühasirəsində qalmışdı. O zaman şəhər əhalisinə adambaşı gündəlik çörək norması olaraq 125 qramlıq qara çörək verilirdi. Konayeva həmin günlərin yadigarı olaraq bir çörək tikəsini saxlamışdı. Televiziyada muzeylə bağlı süjet verildikdən az sonra o, Ağdama gələrək onu muzeyə təqdim etmişdi.

Muzeyin ilk direktoru telejurnalist Allahverdi Əsədov olub. 1984-cü il sentyabrın 1-də muzeyin direktoru AzTV-də şöbə redaktoru işləmiş Niyazi Quliyev oldu. Niyazi Quliyev muzeyə az müddət ərzində rəhbərlik etdi və səhhəti ilə əlaqədar o vəzifəsini tərk ertməli oldu. Ondan sonra "Bilik" Cəmiyyətinin rayon şöbəsinin müdiri işləmiş Ofelya Zeynalova muzeyə rəhbər təyin edildi. Ofelya Zeynalovadan sonra isə muzeyə Hafiz Əliyev təsdiq olundu. Yeddi nəfərlik ştat cədvəlində iki elmi işçi, üç bələdçi, bir dəyirmançı vəzifəsi var idi. Dəyirmançı ştatının məqsədi gələn qonaqlara hazır məhsul təqdim edə bilmək üçün dəyirmanı işlək vəziyyətdə saxlamaq idi.

Çörək muzeyinə 2013-cü ildə Azərbaycanın "AzDimension" oyun şirkəti tərəfindən hazırlanan "İşğal altında: Ağdam" adlı birinci şəxs atıcı janrındakı videooyunda rast gəlmək olar.

• Vüqar Tofiqli. Agdam Çörək Muzeyi:Dünəni, bu günü və sabahı. — Баку: Adiloglu, 2011. — ISBN 9789952251302.
• Р. Абдуллаев. Музей хлеба: [Агдам] // Гудок. — 28 января 1986.
• Геннадий Остапенко. Чурек и Юха // журнал : Вокруг Света. — Февраль 1990. — № 2.