İmam Mustafayev 25 fevral 1910-cu ildə hazırkı Qax rayonunun kəndində, kasıb kəndli ailəsində anadan olmuşdur. 1928-ci ildə Zaqatala Kənd Təsərrüfatı Texnikumunu, 1932-ci ildə isə Azərbaycan Kənd Təsərrüfatı İnstitutunu bitirmişdir. 1932–1934-cü illərdə həmin institutda Genetika, seleksiya və toxumçuluq kafedrasında aspirant olmuşdur.

İmam Mustafayev 1938-ci ildə Moskva KT Akademiyasında dissertasiya müdafiə edərək kənd təsərrüfatı üzrə namizədlik, 1964-cü ildə Leninqrad ÜRBİ (VİR)-də "Azərbaycanın buğdaları və onların seleksiya və formaəmələgəlmə prosesində rolu" mövzusunda doktorluq dissertasiyası müdafiə edərək biologiya elmləri doktoru elmi adını almışdır. 1950-ci ildə Azərbaycan EA-nın həqiqi üzvü seçilmşidir.

1934–1940 illərdə Azərbaycan Kənd Təsərrüfatı İnstitutunda dekan, kafedra müdiri, elmi işlər və tədris hissəsi üzrə direktor müavini işləmişdir. 1940-cı ildə Ümumittifaq Kommunist (b) Partiyası üzvlüyünə qəbul olunmuşdur. 1950–1952-ci illərdə Azərbaycan EA Elmi katibi, "Azərbaycan EA Məruzələri" və "Azərbaycan sosialist kənd təsərüfatı" jurnallarının redaktoru olmuşdur. Habelə "Azərbaycan EA Xəbərləri" jurnalının redaksiya heyətinin üzvü, Bakı şəhəri və Azərbaycan üzrə deputatı vəzifələrini icra etmişdir.

1940–1954-cü illərdə Azərbaycan SSR xalq dövlət nəzarəti komissarının müavini, Azərbaycan SSR xalq torpaq komissarının birinci müavini, Azərbaycan SSR kənd təsərrüfatı naziri, Azərbaycan Kommunist Partiyası Gəncə Vilayət Komitəsinin birinci katibi, Azərbaycan Kommunist Partiyası Mərkəzi Komitəsinin katibi, 1954–1959-cu illərdə isə Azərbaycan Kommunist Partiyası Mərkəzi Komitəsinin birinci katibi vəzifələrində çalışmışdır.

Hakimiyyətdə olduğu dövrdə Azərbaycan dilinin rus dilindən üstün tutulması istiqamətində gördüyü işlər səbəbindən 8 iyul 1959-cu ildə "bacarıqsızlıq" bəhanəsi ilə vəzifəsindən azad edilmiş və Azərbaycan SSR Kommunist Partiyası Mərkəzi Komitəsi bürosunun üzvlüyündən çıxarılmışdır.

Sovet İKP 19–21, Azərbaycan Kommunist Partiyası 17–22-ci qurultaylarının nümayəndəsi, SSRİ Ali Sovetinin (3–5-ci çağırış) və Azərbaycan SSR Ali Sovetinin (4–5-ci çağırış) deputatı olmuşdur.

İmam Mustafayev Zaqafqaziya respublikalarının ərazisində 2000-dən çox arpa, çovdar, vələmir, egilops və on mindən çox buğda və başqa dənli bitkilərin nümunəsini toplamışdır. Onun elmi tədqiqatı məhz bu dənli bitkilərin toplanması və öyrənilməsinə, həmçinin yeni məhsuldar sortların yaradılmasına, Azərbaycanın müxtəlif torpaq-iqlim şəraitində buğdalarda forma və növlərin əmələgəlmə prosesinin tədqiqinə həsr olunmuşdur.

O, ilk dəfə egilopsların çovdarla çarpazlaşdırılması nəticəsində cinslərarası fertil hibridlər becərmişdir. "Sevinc", "Cəfəri", "Zoğal-buğda", "Arzu", "Gürgənə-1", "Turanikum-186", "Qızıl buğda", "Turgidum-7", "Bol buğda", "Kəhrəba", "Zərdabi", "Qrekum 75/50", "Birlik" və s. buğda sortları ilə bərabər, "Pallidum 596" arpa sortu, "AP-317" pambıq sortu, "Cəlilabad I" sarımsaq sortu, "Zəfərani", "Şəfa" və "Tozlayıcı" çaytikanı sortlarının müəllifidir.

İmam Mustafayevin rəhbərliyi altında 75 elmlər namizədi və 4 elmlər doktoru dissertasiyası müdafiə edilmişdir. O, 332 elmi məqalə və tezislərin, habelə 5 monoqrafiyanın müəllifidir. Bu məqalələr bitkiçilik, seleksiya, genetikanın müxtəlif istiqamətlərinə həsr olunmuşdur.

İmam Mustafayev Avropa Seleksiyaçılar Assosiyasiyasının üzvü olmuşdur. Eyni zamanda "Mutantlar, yabanı bitən formaların, becərilən bitkilərin yerli populyasiya və sortlarının genofondunun toplanılması, öyrənilməsi, saxlanması", "Əsas kənd təsərrüfatı bitkilərinin xüsusi seleksiyası" və uzaq hibridləşdirmə işlərinin rəhbəri və koordinatoru olmuşdur.

Alim 1959–1997-ci illərdə Azərbaycan Elmlər Akademiyasının Genetika və Seleksiya İnstitutunda Dənli və dənli-paxlalı bitkilərin genetikası və seleksiyası şöbəsinin müdiri işləmişdir. 1970–1985-ci illərdə həmin institutda direktor vəzifəsini icra etmişdir. 1963-cü ildən SSRİ EA Əlaqələndirmə Şurasının üzvü, Genetika və seleksiya problemlərinə dair Elmi Şuranın sədri olmuşdur.

İmam Mustafayev 10 mart 1997-ci ildə vəfat etmişdir.

İmam Mustafayev "Qırmızı əmək bayrağı", "Şərəf nişanı", "Xalqlar dostluğu" ordenləri, o cümlədən 5 medal, akademik S. İ. Vavilov adına qızıl medalla təltif olunmuşdur. Ümumittifaq Kənd Təsərrüfatı Sərgisinin 3 böyük, 1 kiçik qızıl, 1 gümüş medalıına layiq görülmüşdür.

• Azərbaycanda buğdanın seleksiyası. Bakı: 1956;
• Azərbaycanda buğda, çovdar, arpa və egilopsların öyrənilməsi haqqında materiallar. Bakı 1961;
• Azərbaycanın buğda kolleksiyası. Bakı: 1962;
• Azərbaycan bir çox buğda növlərinin vətənidir. Bakı: 1964.
• Şeyx Şamil. Bakı: Vətən, 1993, 240 səh. (Sadıq Murtuzayev ilə ortaqlı)

2010-cu ildə İmam Mustafayevin həyat və fəaliyyətinə Akademik İmam Mustafayev adlı qısametrajlı sənədli filmi həsr olunmuşdur.

• İmam Mustafayev. Ömürdən səhifələr (film, 1989)

• Əli Hüseynov, Məcnun Babayev. Məşhur biologiya alimləri. Bakı: Maarif, 2002, səh.151

• 2016-03-05 at the Wayback Machine
• ^{[ölü keçid]}