Syphon filter 1 geymerlər tərəfindən qəbul olunduqdan sonra 2000-ci ildə oyunun 2-ci hissəsi çıxdı. Əsas terrorçu Romerin Qazaxıstandakı bazasını partlatdıqdan sonra Qabriel Loqan komanda üzvləri ilə birgə təyyarədə ABŞ-yə qayıdır. Lakin Kolorado ştatı ərazisində dağlıq zonada terrorçular təyyarəni vururlar və Loqan təyyarədən paraşutla tullanmalı olur. Yerdə isə onu heç də gül-çiçəklə gözləmirlər. Loqan qəzaya uğramış təyyarəni tapmalı və terrorçuların bazasından oğurladıqları gizli faylları yenidən ələ keçirməlidir.
1-ci hissədən fərqli olaraq bu hissəyə bir neçə dəyişiklik əlavə edilib. Ən əsası multipleyerin köməyilə oyunu artıq 2 nəfər eyni zamanda oynaya bilər. Eyni zamanda digər agentlər-Lian Sinq və Tereza Lipan da müxtəlif missiyalar zamanı oynanıla bilən olurlar. Syphon Filter 2 də olduqca maraqlı missiyalar var. Sibir türməsi, Moskva küçələri, Nyu-York kanalizasiyası kimi mərhələlər oyunu daha da rəngarəng edir.