Bonn, 2000 illik tarixi ilə Almaniyanın ən qədim yaşayış yerləri arasındadır. Köln kralları, 18-ci yüzillik sonuna qədər Bonnu mərkəz olarak istifadə edərkən; Lüdviq van Bethoven, 1770-ci ildə, Bonnda dünyaya gəldi. Şəhərdə yerləşən Ren Fredrix Vilhelm Universiteti, XIX əsrdən etibarən Almaniyanın öndə gələn elmi mərkəzləri arasında sayıldı.
1990-cu ildə Şərqi və Qərbi Almaniyanın birləşməsiylə Berlin, Almaniyanın paytaxtı olmuş, Bonnun da 1990-cı ilə qədər "Hökumət mərkəzi" olmasına qərar verilmişdir.