Zəncir altındakı Məryəm Ana kilsəsinin adının mənşəyi barədə vahid fikir mövcud deyil. Versiyalardan birinə görə, kilsədə boynu zəncirlə bəzədilmiş Məryəm Ananın heykəli yerləşirdi. Digər versiya kilsənin yanında keçmiş (hazırkı Karl körpüsünün sələfi) olması ilə bağlıdır. Üçüncü, daha inandırıcı izah isə belədir ki, məbəd Praqaya gələn ticarət gəmilərinin lövbər saldığı sahili ilə üzbəüz yerləşir. Bu məlumat həm də yaxında Řetězová (Rjetezova — zəncir mənasını verir) küçəsinin yerləşməsi ilə təsdiqlənir.

Hospitalyer ordeninin cəngavərləri Çex knyazı himayəsi altında 1156–1159-cu illərdə Praqa şəhərində məskunlaşmışdılar. Ordenin ilk Mala Stranadakı yepiskop sarayından cənubda, Vltava çayı üzərindən salınmış Yuditin körpüsünün yaxınlığında yaradılmışdı. Həmin ərazidə hospitalyer monastırının əsası 1158-ci ildə qoyulmuşdu. Haradasa 1169 və 1182-ci illər arasında, burada Bakirə Məryəmə həsr olunmuş kilsə tikilmişdi. Məbədin tikintisinə vəsait kansler, Gervasi, daha sonralar isə onun nəvəsi və Vışehradın sədr müavini Martinin maliyyə köməkliyi ilə həyata keçirilmişdi. İnşa edilmiş müqəddəs Məryəm kilsəsi roman üslublu və üç nefli bazilika görkəmini əldə etmişdi. Həmin bazilikanın cənub divarlarının qalıqları günümüzədək mühafizə olunmuşdu. 1182-ci ildə hospitalyer ordeninə kilsənin hüquqları papa tərəfindən rəsmən təhvil verilmişdi.

1314-cü ildə Yerusəlim Müqəddəs İoann Ordeni kilsənin uzunillik qotik üslublu yenidənqurma işlərinə başlayır; burada çox güman ki, məşhur memar də sonradan öz töhfəsini vermişdi. Roman bazilika demək olar ki, tamamilə sökülür və bundan sonra qotik nefin tikintisinə başlanılır, lakin təəssüflər olsun ki, onu başa çatdırmaq mümkün olmur. Kilsə prisviterisinə riznitsa birləşdirilmişdi, zirzəmidə isə günümüzə qədər qorunub saxlanılmış kripta təşkil olunmuşdu. Kilsənin divarları qotik freskalarla bəzədilmişdi. Şimal tərəfdən olan presviterinin əsas sütun arkadaları yan nefə köçürülmüş, qərb tərəfdən isə zəng qüllələrinin tikintisinə başlanılmışdı. Elə həmin ərazidə qotik kafedralın tikintisi nəzərdə tutulurdu, lakin qəflətən Yan Qus tərəfdarları tərəfindən keçirilən Qusçular hərəkatı buna mane olur. Kilsənin həyətində qəbiristanlıq qurulmuşdu. Bizə qədər gəlib çatmış olan kilsə, faktiki olaraq XVI əsrin 2-ci yarısında bir neçə yenidənqurma zamanı İntibah üslubunda genişləndirilən binadır və tikintisi bir zamanlar planlaşdırılan prisviterinin bir hissəsidir. Bu yenidənqurmanın aparılması zamanı indiki xor fligelinin yerləşdiyi qərb meydançası yaradılmışdı.

Müqəddəs Məryəm Ana kilsəsi XIV əsrin ikinci yarısında baş vermiş hadisələrlə və bir neçə məşhur şəxsiyyətlərlə bağlıdır. 1378-ci ildə burada vəfat etmiş imperator IV Karl Lüksemburqun meyiti bir neçə gün ziyarətçilərə nümayiş olunurdu. 20 mart 1393-cü ildə isə, burada kral və Yenşteynli Yanın görüşü zamanı Baş vikari Nepomutslu Yan yaxalanaraq, həbsxanaya salınmışdı və bir müddət sonra, o şəhidliyi qəbul edərək Praqa körpüsündən Vltava çayına atılmışdı.

XVII əsrdə kilsə o zaman dəbdə olan barokko üslubunda sonuncu dəfə yenidənqurma işlərinə məruz qalır və bunun nəticəsində o özünün hazırkı görkəmini əldə etmiş olur. Rekonstruksiya işləri əsasən italiyalı memar Karlo Luraqo və daşçı Covanni Battista Spinetti tərəfindən aparılırdı. Həmin vaxt presviterinin yanında tövlə əlavə olunmuşdu.

2004-cü ildə kilsənin əvvəlki prixod statusu "monastırla" əvəz olunmuşdu.

Kilsənin kafedrası barokko üslubunda hazırlanıb, kafedranın qapısında isə "Yerusəlimli Müqəddəs İoann Ordeni Qüdsü fəth edir" mövzusunda relyef yerləşdirilib. Kilsənin heykəltaraşlıq və dekorasiya müəllifi çox güman ki, Yan Petr Vendadır. Cənub nefləri arasındakı arkada sırasında heykəltaraş Emanuel Maks tərəfindən 1850-ci ildə hazırlanmış Malta ordeninin böyük prioru, qraf Rudolf Kolloredo-Valdzenin mərmər heykəli durur.

Kilsənin əsas altarını Karel Şkreta tərəfindən 1651-ci ildə barokko üslubunda hazırlanmış "Lepanto yanında döyüşə gedən Malta ordeninin cəngavərlərinə xeyir-dua verən Madonna" rəsm əsəri bəzəyir. Əsər 7 oktyabr 1571-ci ildə Müqəddəs liqa və Osmanlı imperiyasının donanmaları arasında baş vermiş dəniz döyüşü haqqda bəhs edir. Bundan başqa, rəsm əsərində ordenin böyük magistri Jan Parizo de la Valett də əks etdirilib. Rəsm əsəri ağır və massiv çərçivənin daxilinə yerləşdirilib; çərçivənin qarmaq hissəsində "Günəş şüaları altında əyləşən Madonna" adlı lepka yerləşdirilib. Divardan sallanan iki mələk heykəli altarın hər iki tərəfini qoruyurlar.

Cənub künc nefində üç kiçik altar yerləşir ki, onlardan biri də "Müqəddəs Varvaranın başının kəsilməsi" əsəri bəzəyir, ikinci altar Bakirə Məryəm və , üçüncü altar isə Köməkçi Məryəmə həsr edilib. Sonuncu altar həmçinin Çenstoxovalı Tanrı Anasının ikona surəti ilə bəzədilib. Cənub divarındakı xorların aşağısında müqəddəs Xaç altarı yerləşir.

Şimal künc nefdə müqəddəs Nepomutslu Yanın kapellası yerləşir və o həm müqəddəs Yanın, həm də Çexiyanın digər müqəddəs himayədarlarının təsviri ilə bəzədilib. Yaxınlıqda Vəftizçi İoannın kapellası yerləşir. Vəftizçi İoann kapellasının yuxarı hissəsi "İsa Peyğəmbərin Xaç Suyuna Salma" təsviri ilə bəzədilmişdir (rəsm əsərinin müəllifi Antonin Stivensdir). Onun yaxınlığında isə kədərli müqəddəs Məryəm kapellası yerləşir. Xor kapellasının altındakı altarda Məryəmin taxta heykəli yerləşir, barokko tərzində hazırlanmış heykəl çox güman ki, surətdir. Kədərli Müqəddəs Məryəm altarı XVIII əsrin birinci yarısında hazırlanmış "Müqəddəs Fransiskin stiqmatizasiyası" adlı rəsm əsəri ilə bəzədilib.

Monastır arealında 24 qəbir qorunub saxlanılmışdır; onlardan ən köhnəsi 1404-cü ilə aid edilir və malta ordeninin komandoru Pyotra məxsusdur. Müqəddəs Məryəm kilsəsinin arealında dəfn edilənlərin arasında malta ordeninin bir neçə böyük prioru və digər üzvləri vardır, məsələn: böyük prior və qraf Ferdinand fon Althan, qraf Vatslav Çeyka Olbramovitz (XVIII əsr), knyaz Qundaker Poppo fon Ditrixşteyn (1672–1737) və digərləri.

• Pavel Vlček. Umělecké památky Prahy. Malá Strana (çex). Academia, Praha. 1999.
• Pavel Vlček, Petr Sommer, Dušan Foltýn. Encyklopedie českých klášterů (çex). Libri, Praha. 1997.
• Emanuel Poche. Praha středověká: čtvero knih o Praze: architektura, sochařství, malířství, umělecké řemeslo (çex). Panorama, Praha. 1983.

• 2016-03-15 at the Wayback Machine na stránkách řádu maltézských rytířů
• . Официальный туристический портал столичного города Прага (çex). Pražská informační služba. İstifadə tarixi: 2014-12-14.
• Buben, Milan. (çex). Řád maltézských rytířů. České velkopřevorství. 2016-03-17 tarixində arxivləşdirilib. İstifadə tarixi: 2014-12-14.
• Skřivánek, František. (çex). Řád maltézských rytířů. České velkopřevorství. 2016-03-17 tarixində arxivləşdirilib. İstifadə tarixi: 2014-12-14.