Yaponiya ilə Yunanıstan arasında diplomatik əlaqələr 1899-cu ildə "dostluq, ticarət və naviqasiya haqqında müqavilə" imzalanmasından sonra qurulmuşdur.

Birinci Dünya müharibəsinin sonlarında – 7 mart 1918-ci ildə Tokioda Yunanıstanın Yaponiyadakı krallıq nümayəndəliyi açılmışdır. Nümayəndəliyin ilk rəhbəri olmuşdur. Lakin bu nümayəndəlik beş il sonra – 9 fevral 1923-cü ildə bağlanmışdır.

28 mart 1939-cu ildə Yunanıstanın Yaponiyadakı krallıq nümayəndəliyi Tokioda yenidən açılmışdır. Nümayəndəliyin rəhbəri təyin olunmuş Yunanıstan krallığı ilə Uzaq Şərqdəki Ox qüvvələri arasındakı diplomatik əlaqələrdən məsul olmuşdur.

6 aprel 1941-ci ildə Almaniya və İtaliya qüvvələri Yunanıstan krallığına daxil olaraq ölkəni etmişdir. Mühacirətdə olan Yunanıstan hökuməti 6 dekabr 1941-ci ildə Yaponiya ilə diplomatik əlaqələrini kəsdiyini açıqlasa da, Yunanıstanın Yaponiyadakı nümayəndəliyi 9 mart 1946-cı ilə qədər rəsmi olaraq bağlanmamışdır.İkinci Dünya müharibəsi illərinin sonunda Yaponiya hava üstünlüyünü itirdiyi üçün 13 ölkənin diplomatik missiyası təxliyə edilsə də, Yunanıstanın nümayəndəliyi həmin missiyalardan biri olmamışdır.

19 may 1953-cü ildə Yunanıstan krallığı ratifikasiya etmiş və Yaponiya ilə diplomatik əlaqələrini bərpa etmişdir. 15 avqust 1959-cu ildə Tokioda Yunanıstanın krallıq nümayəndəliyi yenidən fəaliyyətə başlamışdır. 18 oktyabr 1960-cı ildə bu nümayəndəlik Yunanıstanın Yaponiyadakı krallıq səfirliyi statusuna qaldırılmışdır.

21 aprel 1967-ci ildə Yunanıstanda baş vermiş nəticəsində Yunanıstanda monarxiya ləğv olunmuşdur. Çevrilişdən beş ay sonra – 18 sentyabrda yeni səfir öz etimadnaməsini İmperator Hirohitoya təqdim etmiş və səfirliyin adından krallıq sözü çıxarılmışdır.

10 mart 2022-ci ildən etibarən Yunanıstanın Yaponiyadakı səfiri vəzifəsini icra edir.

• — Yunanıstanın Yaponiyadakı səfirliyinin rəsmi saytı