Yunanəsilli yazıçı 1890-cı ildə Yaponiyaya gəlmiş və ingilis dilinə tərcümə etmişdir. O, Yaponiya ədəbiyyatının Qərbdə tanınmasında böyük rol oynamış, 1896-cı ildə özünə Yakumo Koyzumo adını götürmüşdür.

Yaponiya ilə Yunanıstan arasında diplomatik əlaqələr 1899-cu ildə qurulmuşdur. Belə ki, həmin il ölkələr arasında "dostluq, ticarət və naviqasiya haqqında müqavilə" imzalanmışdır. 3 mart 1921-ci ildə Yaponiyaya məxsus Heymey-maru gəmisinin Birinci dünya müharibəsində əsir düşmüş Osmanlı əsgərlərini İstanbula qaytarmaq üçün Aralıq dənizi hövzəsinə daxil olması Yunanıstanla insidentə səbəb olmuşdur. Yunanıstan əsirlərin onlara verilməsini tələb edərək gəmini 6 ay nəzarətdə saxlamış, lakin Yaponiya hökuməti bu tələbi rədd etmişdir. Əsirlərin İtaliyaya verilməsindən insident başa çatmışdır.

1922-ci ildə Afinada Yaponiyanın diplomatik missiyası yaradılmışdır. 1956-cı ildə Yaponiyanın Yunanıstanda konsulluğu yaradılmışdır. 1960-cı ildə həm Yunanıstanın Tokio səfirliyi, həm də Yaponiyanın Afina səfirliyi açılmışdır. İki ölkə arasında 1956-cı ildə vizanın ləğv edilməsi, 1973-cü ildə hava xidmətləri, 1981-ci ildə mədəniyyət haqqında razılaşma imzalanmışdır.

Yaponiya baş nazirlərindən 2001-ci ildə, Cuniçiro Koyzumi isə 2003-cü ildə Yunanıstana səfər etmişdir. Yaponiya baş naziri 2002-ci ildə Yaponiyada olmuşdur. 2009-cu ildə münasibətlərin 110 illiyi, 2019-cu ildə münasibətlərin 120 illiyi münasibətilə bir sıra tədbirlər keçirilmişdir.

Yunanıstanda baş vermiş iqtisadi böhrandan sonra ölkələr arasındakı ticarət həcmində azalma müşahidə olunur, lakin son illərdə Yunanıstandan Yaponiyaya ixrac edilən məhsullarda artım var. Yunanıstan Avropa İttifaqı ölkələri içərisində Yaponiyada ən az kapital qoyuluşu edən ölkədir. Son illərdə 20-dən çox Yaponiyada şirkəti Yunanıstandakı biznes fəaliyyətlərini genişləndirmişdir. Yaponiya Yunanıstana əsasən elektrotexnika, kimyəvi məhsullar, nəqliyyat vasitələri, Yunanıstan Yaponiyaya əsasən dərman məhsulları, tütün, pambıq, neft məhsulları, qeyri-dəmir metallar ixrac edir.

Hər il Yunanıstana gələn yapon turistlərin sayı 8.800-19.000 arasında dəyişir.

Yaponiya ilə Yunanıstan arasında mədəni əlaqələri gücləndirmək mədəniyyət ayları və mədəniyyət illəri kimi tədbirlər keçirilir. Bu məqsədlə Yunan–Yapon Hərəkət Planı yaradılmışdır.

Yaponiya və Yunanıstan milli futbol komandaları rəsmi turnirlərdə 2 dəfə qarşılaşıblar. 2005-ci ildə Konfederasiyalar Kubokundakı oyun Yaponiyanın 1:0 qələbəsi, 2014-cü ildə Dünya Kubokundakı oyun isə 0:0 hesabı ilə başa çatmışdır.

2017-ci ilin məlumatına əsasən Yunanıstanda 653 Yaponiya vətəndaşı, Yaponiyada isə 293 Yunanıstan vətəndaşı yaşayır.