XVI əsrin əvvəlindən Şeybanilər bütün Xorasanı ələ keçirməyə can atdılar, lakin onun yalnız şimal-şərq hissəsində (yəni Bəlx vilayətində) kifayət qədər möhkəmlənə bildilər. O zamankı Xorasanın qalan üç vilayəti- Herat, Məşhəd və Mərv yenə də Səfəvilərin hakimiyyəti altında qaldı.

Orta Asiyanın sünni ruhaniləri şiələrə münasibətdə bütün vasitələrlə dini fanatizmi qızışdırır və Səfəvilər dövləti ilə mübarizədə Şeybaniləri hər cəhətdən müdafiə edirdilər. Şeybanilər Xorasanda hökmdarlıq uğrunda qızılbaşlarla mübarizəni "dönüklərə (rəfizilərə) – şiələrə" qarşı "müqəddəs müharibə" şüarı altında aparırdılar.

I Şah İsmayılın vəfatından və qızılbaş tayfalarının ara müharibələri ilə əlaqədar olaraq ölkədəki qarışıqlıqlardan istifadə edənn Şeybani xanın oğlu və varisi Xorasan üzərinə dəfələrlə basqınlar etdi. Özbəklərin hücumları demək olar ki, hər il təkrar olunurdu. "Qiyamçı qızılbaşlar kütləsinə" qarşı ittifaq yaratmış Osmanlı türkləri və özbəklərlə eyni vaxtda mübarizə aparmaq Səfəvilər dövləti üçün çətin idi.

1524-cü ildə Übeydulla xan Herata hərəkət etdi, lakin Xorasan bəylərbəyi Durmuş xan Şamlının qoşunları ilə toqquşaraq geri döndü.

1526-cı ildə Durmuş xan Şamlının vəfatından sonra Xorasandakı qarışıqlıqdan istifadə edən özbəklər Amudəryanı keçərək Tus şəhərini mühasirəyə aldılar və onu tutdular. Hicri 933 (1527)-cü ildə qızılbaşlar Bistam yaxınlığında yenidən məğlubiyyətə uğradılar. Özbəklər Astrabadı tutdular.

1528-ci ildə Übeydulla Xorasanın paytaxtı Heratı mühasirəyə aldı O, ancaq yeddi ay keçdikdən sonra şah ordusunun yaxınlaşması xəbərini alaraq mühasirəni aradan qaldırdı. Güman edilir ki, ən böyük toqquşma hicri 935 (1528)-ci ildə Cam vilayətində, Sarıqamış adlı yeri yaxınlığında baş verdi. Vuruşmanın miqyası haqqında buna əsasən mühakimə yürütmək olar ki, Übeydulla öz qüvvələrini "Mavəraünnəhr, Qaşqar, Türkistan, Əndican, Otrar, Seyran, Kabil, Turfan, Qılman, qazax, Qıpçaq və Qırğız çöllərindən" elə bir sayda toplamışdı ki, "Çingiz xan dövründən indiyə kimi Amudəryanı belə çoxsaylı qoşun keçməmişdi". Döyüşün əvvəlində qızılbaş ordusunun cinahları özbəklərin hücumuna tab gətirməyərək geri çəkilmişdilər, lakin I Şah Təhmasibin yerləşdiyi mərkəzi cəbhə möhkəm dayanmışdı. Qızılbaşlar döyüşə yeni qüvvələr cəlb etməklə özbək qoşununu məğlubiyyətə uğratdılar. Übeydulla qaçaraq güclə canını qurtardı,

lakin şah Bağdada qiyamını yatırmağa getdikdən sonra Übeydulla əvvəlcə Məşhədi, sonra isə Heratı tutdu.

Hicri 936 (1529-cu ilin sonu) cı ildə 70 minlik şah qoşunu yenidən Xorasanı tutdu. Şah Heratda qardaşı Bəhram mirzəni lələsi Qazi xan Təkəli ilə Xorasan hakimi kimi təsdiq etdi. Bütün yerlərə qızılbaş hakimləri təyin edildilər.

Hicri 938 (1531)-ci ildə Übeydulla Xorasan üzərinə yeni yürüş təşkil etdi. Özbəklər Məşhədi tutub Heratı mühasirəyə aldılar. Şəhərin mühasirəsi il yarım davam etdi. Qalada ərzaq ehtiyatları tükəndi. Qazi xan şəhər sakinlərini qaladan çıxardı ki, onların hesabına qoşun davam gətirsin. "Təkəli tayfası bu qarışıqlıqlar zamanı yoxsul rəiyyəti sıxışdırdı və onlara zülm etdi". Şəhərdən çıxarılan hər ailədən üç yüz Təbriz dinarı alırdılar. Şəhəri tərk edən sakinlərin evləri qızılbaşlar tərəfindən qarət edilirdi. Heratda elə dəhşətli aclıq baş verdi ki, mühasirəyə alınanlar "pişiklərin və itlərin ətini" yeməyə başladılar. 1532-ci ilin sonunda özbəklər şahın yürüşü xəbərini alıb Heratın mühasirəsindən əl çəkdilər.

Xorasan ərazisində ardı-arası kəsilməyən müharibələr nəticəsində yerli əhali tamamilə dilənçi vəziyyətinə düşdü. Xalq həm özbək qoşunlarının əsarətindən, həm də qızılbaş əyalət hakimlərinin zülm və özbaşınalığından eyni dərəcədə əziyyət çəkirdi. Məsələn, salnaməçinin yazdığına görə, Übeydulla xan şəhərdən geri çəkildikdən sonra Herata daxil olan şah, Heratın özbəklər tərəfindən mühasirəsi zamanı "məzlumların əmlakını qarət etdiklərinə", xalqı incitdiklərinə görə Xorasan hakimi Qazi xanı və onun köməkçilərini vəzifədən kənar etməyə məcbur olmuşdu. Xəzinədən "yoxsullara" və "zəiflərə" pul paylandı.

Ağzıvar xan Şamlı eyni zamanda vilayətin nominal hakimi çahzadə Sam mirzə Səfəvinin atabəyi (lələsi) yerini tutmaqla Xorasan hakimi təyin olundu.

1534-cü ildə vəkil Hüseyn xan Şamlının öldürülməsi ilə əlaqədar olaraq qızılbaş tayfaları arasında başlanan ara müharibələri, Xorasanda da feodal hərc-mərcliyinə səbəb oldu. Hüseyn xan Şamlının həmtayfası, Xorasan bəylərbəyi Ağzivər sultan Şamlı mərkəzi hakimiyyətə qarşı qiyam qaldırdı. Onun qiyamında istər-istəməz hamisi olduğu şahın qardaşı Sam Mirzə də iştirak etdi. Qiyamçılar Herat şəhəri sakinlərinin əmlakını qarət etdilər. Sonra isə o zaman olan Şah Humayunun tabeliyindəki Qəndəhar şəhərini ələ keçirmək məqsədilə yürüşə başladılar. Qalanın iki aylıq uğursuz mühasirəsindən sonra Hümayunun qardaşı Mirzə Kamran iyirmi minlik qoşunla mühasirədə olanların köməyinə gəldi. Düşmənin üstün qüvvələri ilə döyüşdə qiyamçılar darmadağın edildilər. Ağzivər sultan özü də həlak oldu. Bundan sonra Sam Mirzə özünü I Təhmasibin qarşısında təmizə çıxarmaq üçün bir neçə "qiyam təhrikçisini" edam etdirib başlarını şaha göndərdi.

• Herat
• Məşhəd
• Mərv
• Dərgəz

• Bircənd

• Təhmasib mirzə (1515–21).
• Durmuş xan Şamlı (1521–25)
• Sam mirzə (1524–29) (1533–37)
• Hüseyn xan Şamlı (1524–29)
• Əliqulu mirzə (1529–30).
• Bəhram mirzə (1530–33)
• Qazi xan Təkəli (1529–33)
• Sam mirzə (1533–35)
• Ağzivər xan Şamlı (1533–36)
• Məhəmməd Xudabəndə mirzə (1537–56, 1577-ci ildən şah)
• İbrahim mirzə (1556–68)
• Abbas mirzə (1572–87, 1587-ci ildən şah)
• Əliqulu xan Şamlı (1572–81)
• Mürşüdqulu xan Ustaclı (1581–86)
• İbrahim xan Çavuşlu-Ustaclı (1586–87).
• Ümmət xan Ustaclı (1587–89)
• 1589–1598 Şeybanilərin istilası.
• Budaq xan Çigəni (1598–1605)
• Yusifəli xan (1605–10)
• Mehrab xan Qacar (1610–20)
• Şahnəzər xan Təkəli (1620–30)
• Qaraçaqay xan (1618–25)
• Əbu əl-Fəth Mənuçöhr xan (1625–1636)
• II Qarçaqay xan (1636 -?)
• Mürtəzaqulu xan Qacar (1667–70)
• Səfiqulu xan(1676–80)
• Abdulla xan (1698–1703)
• Gürgin xan (1704–09)
• Məhəmməd xan (1708/1709-?)
• Keyxosrov xan(1709–11)
• Məhəmmədzaman xan Şamlı (1711)
• Abbasqulu xan Şamlı (1711–12)
• Cəfər xan Ustaclı (1712–15)
• 1716–1736 əfqanların istilası.
• 1736–1796 avşarlar
• 1755–1776 əfqanların istilası.
• Məhəmmədvəli xan Qacar (1802–17)
• Həsənəli mirzə Qovanlı-Qacar (1817–1823)
• Abbas mirzə Qovanlı-Qacar (1831–33)
• Məhəmməd mirzə (1833–34, 1834-cü ildən şah)

• Xorasan