16 mart 1940-cı ildə Bakı şəhərində İçərişəhərdə anadan olmuşdur. Atasının ölümündən sonra, anası Vaqifin tərbiyəsi ilə məşğul olmağa başlayır. O yerli məktəbdə musiqi müəlliməsi idi.

1963-cü ildə Asəf Zeynallı adına Bakı Musiqi Kollecini bitirib, Bakı Musiqi Akademiyasına daxil olmuşdur. İlk məşhurluq da elə bu zaman gəlir. Vaqif burada kiçik konsertlər verir, klublarda çıxış eləyir. O, əsasən klassik caz, blyuz və oynaq mahnılar ifa edir.

1964-cü ildən "Orero" ansamblına, "Qafqaz" caz üçlüyünə, "Leyli" və "Sevil" qadın vokal instrumental və "Muğam" instrumental ansambllarına rəhbərlik etmişdir. Beynəlxalq caz müsabiqələri və festivallarının ("Tallin-66", "Tbilisi-78", Monte-Karlo) laureatı olmuşdur.

1979-cu ildə Monakoda qeyri-adi şərtlərlə yeni festival keçirilir. Bu festivalın şərtlərinə görə əsərin müəllifi, ifaçısı və ölkəsi gizli saxlanılmalıdır. Festival başa çatdıqdan sonra yüzlərlə ad içərisindən Vaqif Mustafazadənin adı qalib kimi çəkilir. O, Monako caz festivalından vətənə "Ağ royal" mükafatı ilə qayıdır.

Fortepiano və simfonik orkestr üçün konsertin, "Muğam" simfoniyasının (tamamlanmamış), bir sıra caz kompozisiyalarının və pyeslərin müəllifidir. Vaqif Mustafazadə Azərbaycan caz musiqisinin banisi və yeni caz fikrinin (devizinin) təsisçisidir. O, Azərbaycan musiqisinin, muğamın klassik Amerikan caz musiqisi ilə sintezini yaradıb. Onun yeni devizi caz-muğam adlanır. O, Azərbaycan caz-muğam hərəkatının memarıdır.

Xalq musiqisi, muğamdakı improvizasiyalarda caz elementləri görmüş və orijinal bir janr ortaya çıxarmış "Muğam" simfoniyasının müəllifi Vaqif Mustafazadə 1979-cu ildə Azərbaycan Respublikasının əməkdar artisti fəxri adına layiq görülür.

1982-ci ildə artıq ölümündən sonra Azərbaycan Dövlət Mükafatına layiq görülüb.

O, 16 dekabr 1979-cu ildə Daşkənddə konsert zamanı səhnədə "Əzizəni gözləyərkən" kompozisiyanı ifa edərkən ürək tutmasından vəfat etmişdir. Bakıda dəfn olunmuşdur.

Vaqif Mustafazadə Azərbaycan caz musiqisinin banisi və yeni caz fikrinin (devizinin) təsisçisidir. O, Azərbaycan musiqisinin, muğamın klassik Amerikan caz musiqisi ilə sintezini yaratmışdır. Onun yeni devizi adlanır. O, Azərbaycan Muğam Caz Hərəkatının memarıdır. Onun həyat yoldaşı Azərbaycanın peşəkar caz-muğam tərzində oxuyan ilk qadınıdır.

• 1965-ci ildə "Qafqaz" adlı trio yaradır.
• 1970-ci ildə yaradır.
• 1971-ci ildən 1977-ci ilə kimi "Sevil" vokal-instrumental qrupuna başçılıq edir.
• 1977-ci ildən 1979-cu ilə kimi başçılıq edərək "Tallin-66" və "Tbilisi-78" caz festivallarının laureatı olmuşdur.
• 1978-ci ildə Monakoda keçirilən 8-ci Beynəlxalq Caz Festivalında "Əzizəni gözləyirəm" musiqisinə görə birincilik mükafatı almışdır.
• 1979-cu ildə Azərbaycanın əməkdar artisti adına layiq görülmüşdür.
• 1982-ci ildə artıq ölümündən sonra Azərbaycan Dövlət Mükafatına layiq görülmüşdür. O, fortepiano konsertlərinin, "Muğam" simfoniyası və başqa fortepiano şedevrlərinin müəllifidir.

Vaqifi Mustafazadə haqqında "Caz əfsanəsi — Vaqif Mustafazadə" adlı sənədli film çəkilmişdir.

1989-cu ildə ozamankı Mədəniyyət Naziri Polad Bülbüloğlunun təşəbbüsü ilə Vaqif Mustafazadənin ev-muzeyi yaradılıb. Muzeyin ilk rəhbəri cazmenin anası Zivər xanım olmuşdur. Ölümündən bir müddət əvvəl cazmenin anası muzeyi qardaşı qızı Afaq xanıma vəsiyyət edib. 1997-ci ildən etibarən muzeyin rəhbəri Afaq Əliyevadır. 2004-cü ildə məhz onun təşəbbüsü ilə muzeyin həm özü, həm də eksponatları təmir edilmişdir. Həmin ildən etibarən muzey Azərbaycan Respublikası Mədəniyyət Nazirliyinin balansında dövlət muzeyi kimi fəaliyyətə başlamışdır.

• Üzeyir Hacıbəyov Ensiklopediyası. Bakı, 2007. səh.159

• 2007-04-09 at the Wayback Machine
• 2016-03-13 at the Wayback Machine
•  (az.)