Göytürk dövlətinin idarəçi zümrəsi olan Aşina ailəsinin dövləti dağıldığı anlarda uyğurların "əryin" deyilən rəhbərləri kiçik bir bəylik qurmuşdular. 630-cu ildə əryin olan Pusa son Şərqi Göytürk xaqanlığı xaqanı Kielinin oğlunun idarə etdiyi bir ordunu məğlubiyyətə uğratdı. Göytürk Dövlətinin müstəqilliyi itirdiyi 50 illik dövrdə, uyğurlar Doqquz Oğuz boylarını da tamamilə öz himayələrinə götürərək Tula Çayı sahilində bir bəylik qurdular. Çin tərəfindən dərhal tanınan Uyğur bəyliyi, Altay dağlarını da aşaraq Qərb Göytürk qolu olan On Oxlar ərazisinə daxil olacaq qədər güclənmişdi. Lakin Aşina ailəsindən Kutluq Xaqanın (İltəriş xaqan) 681-ci ildə Göytürk elini təkrar bir yerə toplaması nəticəsində uyğurlar, Göytürk birliyinə qatıldılar.

Daha sonra uyğurlar və Doqquz Oğuz Boyları, Göytürklərin çöküşündə əhəmiyyətli rol oynadılar. Orxon-Yenisey abidələrində onların qiyamları haqqında xeyli çox məlumat var. Məsələn dövlətin ən güclü xaqanı olaraq gözə dəyən Qapağan xaqan Doqquz Oğuz boylarından Bayırkuların pusqusunda öldürülmüşdür. Göktürk Dövlətinin çöküşü zamanı, 740-cı illərdə Uyğurlar Göytürklərin əleyhinə yenidən gücləndilər. Göytürklərin yaxşıca zəiflədiyindən faydalanan uyğurlar, Basmıl və Qar boylarıyla ittifaq yaradaraq son Göytürk xaqanları Ozmış və Pomeini öldürdülər. Əvvəlcə Basmıl rəhbərini xaqan elan edən uyğurlar, pillə olaraq istifadə etdikləri bu xaqanı öldürərək öz yabguları Qutluq Bilgə Kül xaqanı Göytürklərin (Hunların da) paytaxtı olan Ötükəndə xaqan elan etdilər (745-ci il). Beləcə Ötükəndə Uyğur Xaqanlığı dövrü başlandı.

Orxon Çayı sahilində Ordubalıq şəhərini paytaxt seçən ilk Uyğur xaqanı Qutluq Bilgə Kül xaqan iki illik bir hökmdarlıqdan sonra 747-ci ildə öldü. Yerinə oğlu Bayan Çur (747–759) xaqan oldu. Bayan Çur Orxon-Selenqa çayları arasındakı Şinesisi gölü yaxınlığında "bengü daş"ı tikdirdi. Buna görə əvvəlcə aralarında həmişə yaxşı münasibətlər olan Doqquz Oğuz boylarını məğlub etdi. Ardından Orxon-Ötükən bölgəsinin ətrafına köçən və türkcə danışan boyları nəzarət altına almaq siyasəti həyata keçirməyə başladı. Bu məqsədlə, şimalda Yenisey çayı ətrafındakı qırğızlarla, Altay dağları ilə Tanrı dağları arasında olan Qarlar ilə və onlara kömək edən daha qərbdəki türkişlərlə, Yenisey, Obi və İrtiş çayları arasında olan Basmıl, Doqquz Tatar və Çiklərlə döyüşmüş, bunların hamısını öz Xaqanlığına tabe etdirmişdir.

Uyğur xaqanlığı yerləşix həyata keçmex nəzərinde Türklərə qabaqcıl oldu. Bütün Türk dövlətlərine təsiri oldu. Mədəniyyət mərhələsində bir çox ilk Uyğurlarda yaşandı. İctimai həyətte bir çox siyəsi fikir ve din, xoşgörüşlə qarşılanırdı. Çox sayda səyyah Uyğurlar haqqında heyranlıqla bəhs etmişdir. 779-cu ildə Tun Bağa Tarxan hakimiyyətə gəldi. İqtisadiyyat gücləndi. Sonrakı illərdə uyğurların tərkibindəki qəbilə və tayfalar hakimiyyətə tabe olmurdular. Bunun nəticəsində IX əsrin ortalarından başlayaraq Uyğur xaqanlığı zəifləməyə başladı. Qırğızların başladığı üsyan bu zəifləməni daha da gücləndirdi. Qırğızlar 842-ci ildə Uyğurları məğlub etdi. Sağ qalanlar isə şimal-şərqi Mancuriyaya qaçdılar.

1. Qutluq Bilgə Kül xaqan
2. Bayan Çur xaqan
3. İdigən
4. Tun Bağa Tarxan
5. Tolosu
6. Aço
7. II Qutluq xaqan
8. Külüg Bilgə
9. Boyxan
10. Çindexan
11. Çjaolixan
12. Külüg Bəy
13. Uge xan
14. Enyan xan

• Qansu Uyğur idikutluğu
• Qarahoca uyğur idıkutluğu