Muzey binası Troya şəhərinin ərazisinin 800 metr şərqində – Tevfikiye kəndində yerləşir. Muzey binası üçün elan edilmiş dizayn müsabiqəsinin qalibi 2011-ci ildə "Yalın Mimarlık" şirkəti olmuşdur. Şirkətin dizayn etdiyi bina müasir memarlıq üslubundadır. Tikinti işləri 2013-cü ildə başlamış, 2015-ci ildə dayanmış, lakin 2017-ci ildə davam etmişdir.

Muzey binası kub formasındadır və dördmərtəbəlidir. Binaya arxeoloji qazıntı yerindən çıxarıldığı təəssüratını vermək üçün pas rəngli poladla tikilmişdir. Binanın hündürlüyü Troya arxeoloji yerindəki qazıntı yerinin dərinliyinə ekvivalentdir. Sərgi bölgəsinin sahəsi 2,700 m² təşkil edir, muzeyin ümumi sahəsi isə 12,750 m²-dır. Sərgi bölgəsi anbarlar, konfrans zalları və işləmək üçün yerlərlə əhatə olunmuşdur. Binanın xidməti funksiyalar üçün nəzərdə tutulmuşdur. Muzeyin girişi 12 metr genişliyində olan tağdan ibarətdir.

Binanın tikintisi üçün 54 milyon ₺ xərclənmişdir. Muzeyin açılışı 10 oktyabr 2018-ci ildə – "Troya ili"ndə açılmışdır.

Giriş hissəsində yerləşən divarın oyuqlarında qəbir daşları, böyüölçülü heykəllər və Troyada aparılmış qazıntı işlərinə dair fotolar sərgilənir. Giriş hissəsində arxeologiya elmi, arxeologiyada istifadə olunan yaş təyinetmə metodları, mühafizə və restorvasiya kimi terminlər, Dəmir dövrü kimi tarixi dövrlər haqqında məlumat verilir. Muzeydə vizual qrafikli dizaynlar, dioramalar və interaktiv nümayişlər mövcuddur.

Muzey yeddi bölmədən ibarətdir. Əsas mərtəbə hazırda Biqa yarımadasında yerləşən olan artefatlar üçün nəzərdə tutulmuşdur. Bu artefaktlara Assos (Behramkale) Tenedos (Bozcaada), , (Eski-Stambul), Sminteyon, Lampsak, , və qədim şəhərlərindən olan nümunələr daxildir. Sərgilənən artefatların sayı 2000 olsa da, muzeyin kolleksiyasında 40.000 artefakt mövcuddur. Bu kolleksiya , İstanbul Arxeologiya Muzeyi və Anadolu Mədəniyyətləri Muzeyindən olan kolleksiyalar əsasında formalaşmışdır. Troya sikkələri üçün müraciət göndərilmişdir.

Sərgilənən artefaktlara göz yaşı qabları, ətir şüşələri, qızıl parçaları, kiçik heykəlciklər, boyunbağılar, qolbaqlar, sikkələr, səcdəgahlar, ornamentlər, sümükdən hazırlanan əşyalar, heykəllər, sarkofaqlar və alətlər daxildir. Sərgilənən ən məşhur əsərlərə 1994-cü ildə kəşf edilmiş və yunan tanrısı Tritonun 2012-ci ildə kəşf edilmiş heykəli aiddir. Daş artefaktlar, sütunlar, stellər və kapitellər muzeyin həyətində sərgilənir.