Muzeyin kolleksiyasında Balkan yarımadasından Afrikaya, Anadolu və Mesopotamiyadan Ərəb Yarımadasına və Əfqanıstana qədər, Osmanlı İmperiyasına daxil olan bütün mədəniyyətlərə aid əsərlər mövcuddur. Muzey üç əsas binadan ibarət olduğu üçün "İstanbul Arxeologiya Muzeyləri" olaraq adlandırılır.

• Arxeologiya Muzeyi (əsas bina)
• Qədim Şərq Əsərləri Muzeyi
• Çinilii Köşk Muzeyi

Osmanlı İmperiyasından Türkiyə Cümhuriyyətinə miras qalan bir qurum olan İstanbul Arxeologiya Muzeyi Türkiyədəki ilk muzeyşünaslıq işlərini özündə birləşdirir. Qeyd etmək yerinə düşər ki, Osmanlı İmperiyasında tarixi əsərlərin toplanmasına olan maraq Fateh Sultan Mehmedin dövründən başlanıb. Lakin sistemli bir şəkildə muzeyşünaslığın inkişafı İstanbul Arxeologiya Muzeyinin 1869-cu ildə "Muzeyi-Hümayun" yəni, İmperiya Muzeyi olaraq qurulması ilə əlaqədardır. Aya İrini Kilsəsində o günə qədər toplanmış arxeoloji əsərlərdən ibarət olan Muzey-i Hümayun İstanbul Arxeologiya Muzeyinin bünövrəsini təşkil edir. Dövrün Maarif naziri Saffet Paşa muzeyin işləri ilə yaxından maraqlanmış, muzeyə əsər qazandırmaq üçün şəxsən özü də çox əmək sərf etmişdir. Eləcə də, Qalatasaray Liseyi müəllimlərindən ingilis əsilli Edvard Guldun muzeyin direktoru olmağını təmin etmişdir. 1872-ci ildə Maarif naziri Əhməd Vefik Paşa bir zamanlar fəaliyyəti dayandırılmış Müze-i Hümayuna alman dr. Filip Anton Detheri müdir qoymuş və muzeyi təkrar açmışdı. Maddi imkansızlıqlardan dolayı yeni bir bina tikilməmişdir, lakin Fateh Sultan Mehmed zamanında inşa edilmiş "Çinili Köşk" muzeyə çevrilmişdir. Günümüzdə də Arxeologiya Muzeylərinə bağlı olan Çinili köşk restavrasiya edilərək 1880-ci ildə açılmışdı.

Muzeyə aid binalardan tikiliş tarixinə görə ən qədimi Çinili Köşkdür. Hal-hazırda türk çini və keramika nümunələrinin sərgiləndiyi Çinili Köşk Muzeyi II Mehmedin İstanbulda inşa etdiyi ən gözəl memarlıq nümunələrinin ən qədimidir. Tikilidə Səlcuqların təsiri də nəzərə çarpır. Qapının üzərindəki çini kitabədə inşa tarixinin 1472-ci il (miladi) olduğu qeyd olunub, lakin memarı məlum deyil.

Sonradan tikilən digər iki bina da Çinili Köşkün yaxınlığındadır. Bu binalardan biri Osmanlı İmperiyasının ilk İncəsənət Akademiyası olaraq inşa edilmiş, sonradan isə Qədim Şərq Əsərləri Muzeyinə verilmiş binadır. Qədim Şərq Əsərləri Muzeyinin binası Osman Hamdi bəy tərəfindən 1883-cü ildə "Sanayi-i Nəfisə Məktəbi" yəni İncəsənət Akademiyası olaraq tikilmişdir. Gələcəkdə Memar Sinan İncəsənət Universitetinin bünövrəsini təşkil eləyəcək bu akademiya Osmanlı İmperiyasında açılmış ilk incəsənət məktəbi idi. Binanın memarı daha sonra İstanbul Arxeologiya Muzeyləri Klassik binasını inşa etmiş Aleksandr Vallauridir. Dövrün muzey direktoru Halil Edhem bəy Yaxın Şərq ölkələrinin qədim mədəniyyətlərinə aid əsərləri Yunan, Roma və Bizans əsərlərindən ayrı nümayiş etdirilməsinin daha münasib olacağını düşünüb və binanın Qədim Şərq Əsərləri Muzeyi olmağı tələbini irəli sürüb.

İstanbul Arxeologiya Muzeyində qorunan bəzi əsərlərdən nümunələr

1. .
2. Önder, Mehmet. Türkiye Müzeleri. Ankara:: Türkiye İş Bankası. 1999. səh. 197. ISBN 975-458-044-8.