1877-ci ildə Meydzi hakimiyyəti hüquq, elm, ədəbiyyat və tibb departamentlərindən ibarət olan universitet yaradır və bu ali təhsil ocağına Tokio Daigaku, qısa olaraq Todai adı verilir. 1886-cı ildə ali məktəbin adı dəyişdirilərək İmperator, 1897-ci ildə isə Tokio Universiteti olur. 1890-cı ildə universitetin nəzdində Kənd Təsərrüfatı və Dendrologiya kolleci, 1916-cı ildə Added İnfeksion Xəstəliklər İnstitutu istifadəyə verilir. 1919-cu ildə imperatorun sərəncamı ilə təhsil müəssisəsində iqtisadiyyat fakültəsi açılır. 1921-ci ildə burada Aviasiya Elmi-Tədqiqat İnstitutu və Astronomiya rəsədxanası, 1942-ci ildə mühəndislik fakültəsi, 1946-cı ildə universitet xəstəxanaları, dəniz bioloji stansiyası, botanika bağı, universitet meşəsi, kənd təsərrüfatı mərkəzi, Balıqçılıq mühəndisliyi tədqiqatları laboratoriyası, İctimai Elmlər İnstitutu yaradılır.

1947-ci ildə Yaponiyanın II Dünya müharibəsində məğlubiyyətindən sonra universitetin ilkin adı özünə qaytarılır. 1949-cu ildə burada pedaqogika fakültəsinin nəzdində filologiya fakültəsi, Zəlzələ Elmi-Tədqiqat, Şərqşünaslıq Mədəniyyəti, Sənaye, Jurnalistika institutları açılır. 1953-cü ildə Tokio Universitetində Kosmik Rey tətbiqi mikrobiologiya laboratoriyası, 1955-ci ildə Nüvə Tədqiqatları, 1957-ci ildə Bərk Cisimlər Fizikası, 1962-ci ildə Okeanın Tədqiqatı, 1966-cı ildə kompüter və tibb mərkəzləri, 1967-ci ildə Kriogen Mərkəz yaradılır, İnfeksion Xəstəliklər İnstitutunun adı dəyişdirilərək Tibb Elmləri İnstitutu olur.

1970-ci ildə Tokio Universitetində Radioizotop, 1975-ci ildə Ətraf Mühit Elmləri mərkəzləri, 1981-ci ildə Kosmik Tədqiqatlar və Aeronavtika, Fənlərarası Tədqiqatlar institutları, 1983-cü ildə molekulyar genetika laboratoriyası yaradılır, Kitabxana və İnformasiya Elmi-Tədqiqat Mərkəzinin adı Biblioqrafik İnformasiya Mərkəzi adı ilə əvəzlənir. 1985-ci ildə əcnəbi tələbələr üçün Yapon Dili Mərkəzi fəaliyyətə başlayır və bu qurum 1990-cı ildən Beynəlxalq Mərkəz adlandırılır. 1991-ci ildə universitetin nəzdində İqlimin Tədqiqatı Mərkəzi açılır, 1992-ci ildə isə riyaziyyat elmləri bölməsi müstəqil fəaliyyət göstərməyə başlayır, həmçinin Artefaktların öyrənilməsi Mərkəzi yaradılır. 1993-cü ildə Tətbiqi Mikrobiologiya İnstitutunun adı dəyişdirilərək Molekulyar və Hüceyrə Bioelmlər İnstitutu olur, daha sonra Biotexnologiya Tədqiqat Mərkəzi fəaliyyətə başlayır. 1994-cü ildə Elementar Hissəciklər Fizikası Beynəlxalq Mərkəzi, 1996-cı ildə Tədqiqatlar və Ali Təhsilin İnkişafı Mərkəzi, 1998-ci ildə Qabaqcıl Texnologiyalar Ali Məktəbi, Komaba Açıq Laboratoriyası, Geinformasiya Elmi Mərkəzi, 1999-cu ildə İqtisadi Mühəndislik, Yüksək Plazma Temperaturu mərkəzləri açılır, Kompüter Mərkəzinin adı İnformasiya Texnologiyaları Mərkəzi ilə əvəz edilir.

2000-ci ildə Tokio Universitetində tibbi təhsil sahəsi üzrə Beynəlxalq Tədqiqat Mərkəzi, Kasiva kampusunda Kosmik Şüa Tədqiqatı İnstitutu yaradılır. 2001-ci ildə Sənaye Elmləri İnstitutu Komaba kampusuna köçürülür. 2004-cü ildə Yaponiyanın bütün dövlət universitetləri "Milli Universitetlər Korporasiyası" adı altında birləşdirilir, Tokio Universiteti də bu korporasiyaya daxil edilir. Həmin il Ali Dövlət Siyasəti Məktəbi yaradılır. 2005-ci ildə Pekin şəhərində Tokio Universitetinin filialı açılır.

Hazırda Tokio Universitetinin nəzdində aşağıdakı departamentlər fəaliyyət göstərir:

• Fakültələr: hüquq, tibb, mühəndislik, filologiya, dəqiq elmlər, kənd təsərrüfatı, iqtisadiyyat, incəsənət və elmlər, pedaqogika, əczaçılıq.
• Ali Məktəblər: Humanitar və Sosiologiya Elmləri, Təhsil, Hüquq və Siyasi Elmlər, İqtisadiyyat, İncəsənət və Elmlər, Mühəndislik, Elm, Kənd təsərrüfatı və Həyat, Tibb, Əczaçılıq, Riyaziyyat Elmləri, Qabaqcıl Texnologiyalar, İnformasiya Texnologiyaları, Fənlərarası İnformasiya Tədqiqatları, Dövlət Siyasəti.
• İnstitutlar: Tibb Elmləri, Zəlzələ Elmi-Tədqiqat, Asiya Regionu üzrə Perspektiv Tədqiqatlar, Sosial, Sənaye Elmləri, İstorioqrafiya, Molekulyar və Hüceyrə Bioelmlər, Kosmik Şüa Tədqiqatı, Bərk Cisimlər Fizikası, Okeanın Tədqiqatı, Qabaqcıl Elm və Texnika Tədqiqat.
• Mərkəzlər: Universitet Muzeyi, Kriogen Tədqiqatlar, Radioizotop, Ətraf Mühit Elmləri, Beynəlxalq, Artefaktların öyrənilməsi, Biotexnologiya-Tədqiqat, Asiya Təbiəti, Beynəlxalq Tədqiqatlar üzrə Əməkdaşlıq, Komaba Açıq Laboratoriyası, Geinformasiya Elmi, Beynəlxalq Tibbi Təhsil, Səhiyyə, İnformasiya Texnologiyaları, İqlimin Tədqiqatı, Beynəlxalq Elementar Hissəciklər Fizikası, VLSI Planlaşdırılma və Təhsil, İntellektual Modelləşdirmə Laboratoriyası.
• Təşkilatlar: Elmin Sabit İnkişafı üzrə Kompleks Tədqiqatlar, Nano Kvant Elektronikası İnformasiya İnstitutu, Kimya-Biologiya Elmi-Tədqiqat Təşəbbüsü, Bilik Quruluşu Mərkəzi, Okean Alyansı, Kainat Fizikası və Riyaziyyatı, Todai Alternativ Siyasət Tədqiqat, Mütərəqqi Tədqiqat Təşəbbüsü.

Tokio Universitetinin kitabxana sistemi Əsas, Kaşiva, Komaba, eləcə də 34 bölmə və institut kitabxanalarından ibarətdir. Hər fakültənin, institutun, mərkəzin nəzdində öz sahəsi üzrə kitabxanası mövcuddur. üç müxtəlif şəhərcikdə — Honqo, Kaşiva, Komaba kampuslarında və kampusdan kənarda yerləşən bu kitabxanalar yeganə bir sistem çərçivəsində geniş spektrdə xidmət təklif edir. Kitabxana sistemində, ümumilikdə, 8,8 milyon cild kitab, jurnal, dissertasiya və s. mövcuddur. Bu rəqəmin üzərinə hər il 170 min kitab, 152 min dövri nəşr artırılır. Universitetin həmçinin OPAC (Online Public Access Catalog) adlanan ümumi onlayn kataloq səhifəsi mövcuddur. Tokio Universitetinin kitabxana sisteminin əksər kolleksiyaları bu kataloqda dərc edilib və oxucular həmin səhifəyə daxil olaraq istədikləri materialı tapa bilərlər.

Tokio Universitetinin muzeyi 1966-cı ildə yaradılıb və Yaponiyanın ən aparıcı muzeylərindəndir. Muzeydə təbii, mədəni və tarixi materiallar toplanıb, sistemləşdirilib və hamı üçün açıqdır. Universitet 6400000 tədqiqat obyektinə malikdir, onlardan 2430000-i universitetin muzeyində yerləşir. Muzeyin kolleksiyası yerli və xarici mənbələr hesabına mütəmadi olaraq yenilənir. Hazırda muzey 8,8 hektar ərazidə yerləşir. Muzey yerinin darlığından kolleksiyalarının yerləşdirilməsi və qorunmasında çətinlik çəkir, hətta bəzən kolleksiyalarını azaltmaq və ya başqa yerə köçürmək məcburiyyətində olur. Tokio Universitetinin muzeyi bir neçə bölmədən ibarətdir. Yer elmləri departamentində mineralogiya, petrologiya, faydalı qazıntılar, tarixi geologiya, paleontologiya, coğrafiya, Biologiya departamentində botanika, meşə botanikası, zoologiya, tibb, antropologiya, Mədəniyyətin tarixi departamentində arxeologiya, memarlıq, mədəni antropologiya və təsviri incəsənət tarixi, Radiokarbon laboratoriyasında arxeologiya, tarix, geologiya elmlərinə aid, Kurator tədqiqatları departamentində elmi-tədqiqat materialları toplanıb. Muzeyin Texnologiya departamenti 2002-ci ildə yaradılıb və "beyin mərkəzi" kooperativi kimi nəzərdə tutulub. Media elmləri və informasiya departamenti muzeydə toplanan elmi informasiyanı ictimaiyyətə çatdırmaqla məşğuldur (Public Relations). Koişikava adlanan muzeyin əlavə binası universitetin Botanika bağının yanında yerləşir. Burada sərgilər təşkil olunur, tədqiqatçıların və geniş ictimaiyyətin istifadəsinə zəngin verilənlər bazası təqdim edilir.

Tokio Universitetinin Honqo, Komaba, Kasiva, Şirokane və Nakano adlanan beş kampusu mövcuddur. Universitetin əsas kampusu Honqo adlanır və Maeda mülkədar ailəsinin malikanəsində yerləşir. Bu, Yaponiyanın ən qədim malikanələrindən biridir, xüsusilə burada yerləşən Akamon (Qırmızı qapı) ölkənin tarixi abidəsidir. Honqonun mərkəzi 1615-ci ilə aiddir. Həmçinin bura Yaponiyanın ən gözəl yerlərindən biri hesab edilir. Komaba kampusu universitet tələbələrinin məskunlaşdığı ən sıx şəhərcikdir.

Bütün başqa universitetlərdə olduğu kimi, Tokio Universitetində də tələbələr yataqxanalarla təmin olunur. Əcnəbi tələbələrin məskunlaşması üçün Mitaka, Toşima, Lodge Komaba, Şirokanedai adlı beynəlxalq yataqxanalar mövcuddur. Bu yataqxanalarda bir nəfərlik yerin illik qiyməti 4700–5900 yen təşkil edir. Şirokane 1 qızlar yataqxanası köhnə və yaşamaq üçün əlverişsiz olduğundan 2007-ci ildə Toşima Beynəlxalq yataqxanasında qızlar üçün yeni mənzillər tikilib. 2009-cu ilin oktyabrında Kasiva Lodge və Kasiva II Beynəlxalq yataqxana kampusu istifadəyə verilib. 2010-cu ildə universitet Beynəlxalq Oiveyk rezidensiyası tikməyi planlaşdırır. Tələbələr universitetə yataqxanada məskunlaşmaları haqqında ərizə ilə ildə iki dəfə müraciət edə bilərlər — birinci dəfə yanvarda, ikinci dəfə isə iyulda. Ərizəni tələbə oxuduğu fakültə və ya məktəb vasitəsilə göndərməlidir. Universitetdə əsasən oğlanlar yataqxanalarla daha yaxşı təmin edilir, qızlar və uşaqlı ailələr isə bu cəhətdən bir qədər əziyyət çəkirlər. Burada tələbələrin istifadəsinə kirayə mənzillər verilir, kənardan olan əməkdaşlar da mənzillərlə təmin edilirlər.

Tokio Universitetində milliyyətindən asılı olmayaraq istedadlı tələbəyə əlverişli şərait yaradılır, maddi yardım göstərilir. Müxtəlif fondlar əcnəbi tələbələr üçün təqaüdlər ayırır. Hazırda Tokio Universitetində 30000-dən çox tələbə təhsil alır. Burada dünyanın 100 ölkəsindən 2500-dən çox tələbə var. Əcnəbi tələbələr universitetdə ingilis dilində təhsil alır, bununla yanaşı, onlara yapon dili də öyrədilir.

Tokio Universitetində 5779 işçi heyəti çalışır. Hazırda universitetin prezidenti Cuniçi Hamada, birinci icraçı vitse-prezidenti Siniti Sato, ikinci icraçı vitse-prezidenti isə Eitiro Matsumotodur.

Yaponiya dünyanın ən inkişaf etmiş ölkələrindən biridir. "Gündoğar ölkə" adlandırılan Yaponiyanın qədim tarixə, zəngin mədəniyyətə malik olması, yapon texnologiyasının keyfiyyəti, Yaponiya elminin sürətli inkişafı hər kəsə məlumdur. Bu baxımdan, Yaponiyanın ali təhsil müəssisələrində, xüsusilə dünya universitetləri reytinqində yer alan Tokio Universitetində təhsil almaq, bu qədim ölkənin əvəzolunmaz təcrübəsindən bəhrələnmək böyük əhəmiyyətə malikdir.

2008-ci ildə Tokio Universitetinin illik büdcəsi 4770845309 yen olub. Bu məbləğin 66%-ni dövlət tərəfindən ayrılan vəsaitlər təşkil edib. Daxili imkanlar hesabına (əsasən, tələbələrin təhsil haqqından) universitetin əldə etdiyi gəlirlər 1357736000 yen olub. ötən il büdcə vəsaitinin böyük hissəsi, təxminən, 60%-i universitetin elmi potensialının artırılmasına və elmi-tədqiqatların aparılmasına sərf edilib. İşcilərin əməkhaqqına ayrılan vəsaitin məbləği isə 863188180 yen olub.

Tokio Universitetində təhsil haqqı tələbənin oxuduğu məktəbdən, seçdiyi ixtisasdan asılı olaraq təxminən 500000–800000 yen arasında dəyişir.

Məlumat üçün qeyd edək ki, xarici dövlətlərin universitetlərində təqaüd anlayışı Azərbaycanda qəbul olunmuş təqaüdlərdən fərqlidir. Belə ki, ölkəmizin ali məktəblərində ödənişsiz və ödənişli ixtisaslar mövcuddur və ödənişsiz fakültədə təhsil alan tələbə semestr ərzində aldığı qiymətlərdən asılı olaraq müəyyən məbləğdə təqaüd alır. Dünyanın əksər universitetlərində isə ümumilikdə təhsil ödənişli olduğundan tələbəyə təqaüd verilmir. Təqaüd anlamında olan "scholarship" sözü isə istedadlı, əlaçı, gələcəkdə tədqiqatlarını davam etdirmək arzusunda olan, əcnəbi, eləcə də maddi durumu çətin olan tələbələrə universitet tərəfindən olunan yardım mənasında başa düşülür. Bu təqaüd tələbəyə borc kimi verilir və tələbə gələcəkdə işləyəndən sonra borcunu tədricən qaytarır.

Yaponiya Tələbə Xidməti Təşkilatı (JASSO) Yaponiya universitetlərində təhsil alan əcnəbi tələbələrə təqaüdlər təklif edir. 2009–2010-cu tədris ilində JASSO-nun Tokio Universitetində bakalavrlar üçün ayırdığı təqaüdün ("scholarship") məbləği ayda 48000 yen, magistr və doktorantlar üçün isə 65000 yen təşkil edir. Universitetlər iyun ayının əvvəllərində JASSO-ya müraciət edir. JASSO komissiyası tərəfindən seçim turu aparılır və müsabiqədən müvəffəqiyyətlə keçmiş tələbələr haqqında məlumat universitetlərə iyul ayının əvvəllərində verilir. Tokio Universiteti Fondu da tələbələrə təqaüd ayırır. Fondun verdiyi təqaüdün məbləği ayda 50000 yendir.

Universitet Beynəlxalq Tədqiqat Universitetləri Alyansına daxildir.

Şərqi Asiya Tədqiqat Universitetləri Assosiasiyasının üzvüdür.

Tokio Universiteti Asiya qitəsinin ən nüfuzlu universitetidir.

Buranın məzunu olan məşhurlardan misal olaraq aşağıdakıların adlarını çəkmək olar:

• – Yaponiyanın taclı şahzadəsi;
• Yukio Hatoyama – Yaponiyanın Baş naziri;
• – Yaponiyanın sabiq Baş naziri (1991–1993);
• – Yaponiyanın sabiq Baş naziri (1982–1987);
• Eisaku Sato – Yaponiyanın sabiq Baş naziri, Nobel mükafatı laureatı (1964–1972);
• – Yaponiyanın sabiq Baş naziri (1957–1960);
• – Yaponiyanın sabiq Baş naziri (1954–1956);
• Şiqeru Yoşida – Yaponiyanın sabiq Baş naziri (1948–1954);
• – Yaponiyanın sabiq Baş naziri (1947–1948);
• – Yaponiyanın sabiq Baş naziri (1945–1946);
• – Yaponiyanın sabiq Baş naziri (1939);
• – Yaponiyanın sabiq Baş naziri (1936–1937);
• – Yaponiyanın sabiq Baş naziri (1929–1931);
• – Yaponiyanın sabiq Baş naziri (1926–1927, 1931);
• – Yaponiyanın sabiq Baş naziri (1924–1926);
• – Yaponiyanın sabiq Baş naziri (1918–1921);
• – Yaponiyanın səhiyyə naziri;
• – fizika üzrə Nobel mükafatı laureatı;
• Masatoşi Koşiba – fizika üzrə Nobel mükafatı laureatı;
• – fizika üzrə Nobel mükafatı laureatı;
• – ədəbiyyat üzrə Nobel mükafatı laureatı;
• Kenzaburo Oe – ədəbiyyat üzrə Nobel mükafatı laureatı;
• Rünoske Akutaqava – məşhur yapon yazıçısı;
• Kobo Abe – məşhur yapon yazıçısı.

• Lamiyə Əliyeva, 2014-09-09 at the Wayback Machine, "Azərbaycan müəllimi" qəzeti, 29.01.2010, № 04.  (az.)

• — Rəsmi saytı