Osmanlı ilə Yaponiya arasında beynəlxalq münasibətlər XIX əsrdə başlamışdır. 1873-cü ildə Yaponiyadan xariciölkələrə göndərilmiş iki iştirakçısı və Mokuray Şimaci 11–23 aprel 1873-cü ildə İstanbulda olmuşdular. Onlar müasir Türkiyə ərazisinə gəlmiş ilk yaponlar hesab olunurlar.

1875-ci ilin iyulunda Yaponiya Osmanlı ilə diplomatik əlaqələr qurmaq qərarına gəlmişdir. Yaponiyanın xarici işlər naziri nazir Sanco Sanetomiyə verdiyi təklif əsasında Londonda görüşlər başlamışdır. Yaponiyanın Londondakı nümayəndəliyinin katibi və 1876-cı ilin fevralında İstanbula gələrək daxil olmaqla bir çox Osmanlı məmuru ilə görüşmüşdür. Görüşlər zamanı Osmanlı tərəfi Yaponiya ilə diplomatik əlaqələr qurmaq istədiyini bildirmiş və Nakay bu təklifi hökumətə çatdırmışdır. Onlar hədiyyə kimi verilən Osmanlı hüquq kitablarını qəbul etmişdirlər. Nakay Yaponiyaya qayıtdıqdan 1 il sonra İstanbul barədə olan xatirələrini nəşr etdirmişdir. 1878-ci ilin noyabrında Yaponiya donanmasına məxsus hərbi təlim gəmilərindən ibarət eskadra İstanbulda olmuş və II Əbdülhəmid tərəfindən qəbul edilmişdir. Nakaydan sonra gələn digər yapon ziyarətçilər 12 mart 1881-ci ildə II Əbdülhəmid tərəfindən Yıldız sarayında qəbul edilən Yaponiya DİN-in məmuru ilə olmuşdurlar. Bu qəbulda iki tərəf də diplomatik əlaqələrin qurulması və Yaponiya-Osmanlı Dostluq Müqaviləsinin imzalanması üçün görüşlərin davam etdirilməsi barədə qərar qəbul etmişdir. 1887-ci ilin oktyabrında isə Yaponiya şahzadəsi İstanbulu ziyarət etmişdir.

İki dövlət arasında əlaqələrin inkişafında vacib rol oynamışdır. Uzaq Şərqlə əlaqələri inkişaf etdirmək istəyən II Əbdülhəmid 1889-cu ildə Yaponiyaya "Ərtuğrul" gəmisini yollamışdır. 14 iyul 1889-cu ildə İstanbuldan Yokohamaya yola düşən gəmi geri qayıdarkən 16 sentyabr 1890-cı ildə Kaşinozaki mayakı yaxınlığında qayalara çırpılaraq batmışdır. Qəzada ölənlərin dənizdən çıxarılması, basdırılması, abidə tikilməsi, yaralılara kömək edilməsi, xilas edilən əşyaların və insanların İstanbula göndərilməsi kimi hadisələr iki ölkə arasındakı münasibətlərin inkişafına təkan vermişdir. Yaponiyaya məxsus Hiei və Kongo döyüş gəmiləri qəzada yaralanları 1891-ci ildə İstanbula gətirmiş və Yaponiyaya qayıtmışdır. Gəmi ilə gələn və Yaponiyada yığılmış maddi yardımı gətirən iki yapon — Şotaro Noda və Yamada Toraciro İstanbulda qalmışdır. II Əbdülhəmidin xahişi ilə hərbi məktəbdə yapon dili dərsi verən Noda xəstələndiyi üçün Yaponiyaya qayıtmış və 1892-ci ildə ölmüşdür. Toraciro isə Birinci dünya müharibəsinə qədər İstabulda yaşamış, 1910-cu ildə Türkiyə haqqında yaponca kitab yazmışdır. Yaponiyaya qayıtdıqdan sonra Osaka Ticarət Gildiyasının fəal üzvü olmuş və Türkiyə–Yaponiya ticarət əlaqələrinin inkişafı üçün səylər göstərmişdir.

1893-cü ilin mayında Yaponiyanın Almaniyadakı səfiri Şuzo Aoki II Əbdülhəmid tərəfindən qəbul edilərək Yaponiya–Osmanlı Dostluq Müqaviləsinin imzalanması üçün müzakirələr aparmışdır. Həmin ilin 21 dekabrında Yaponiya hökuməti müqavilənin qaralama halını hazırlamışdır. Lakin həmin dövrdə iki ölkənin qatıldığı müharibələr də diplomatik görüşlərin baş tutmasına mane olurdu.

Balkan müharibələrində Osmanlı ordusunun tərəfindən iştirak edən xarici müşahidəçilər arasında Avropa ölkələrinin xaricində təmsil edilən yeganə Asiya ölkəsi Yaponiya idi. Yaponiyanın Osmanlıdakı hərbi ataşesi 1907-ci ilin fevralında bu vəzifəyə təyin olunan olmuşdur. Moriaka Osmanlıdakı həyatı barədə xatirələrini "Yosei Zuihitsu" adlı əsərdə paylaşmışdır. 1911-ci ildə onun vəzifəsini tutmuş və Balkan müharibələri zamanı Osmanlı ordusuna hərbi müşahidəçi kimi qatılmışdır.

1910–14-cü illərdə İstanbulda tərəfindən "Alem-i İslam ve Japonyaʼda İntişar-ı İslamiyet" adı altında Yaponiya haqqında səyahət kitabı yayımlamışdır. Əbdürrəşid İbrahim Birinci dünya müharibəsindən öncə İstanbuldan Yaponiyaya köçmüş və 1944-cü ildə Tokiodakı ölümünə qədər orada yaşamışdır.

1923-cü ildə imzalanmış Lozanna müqaviləsi nəticəsində Yaponiya yeni yaranmış Türkiyə Respublikasını 6 avqust 1924-cü ildə tanımış, qarşılıqlı səfirliklər açılmış və diplomatik nümayəndələr göndərilmişdir. Yaponiyanın Türkiyə səfirliyi 23 mart 1925-ci ildə İstanbulda açılmışdır, həmin ilin 17 oktyabrında Yaponiyanın Türkiyədəki ilk səfiri Yukiçi Obata vəzifəsini yerinə yetirməyə başlamışdır. 7 iyul 1925-ci ildə isə Türkiyənin Yaponiyadakı səfirliyi açılmışdır. 1928-ci ilin oktyabrında Tokioda Yaponiya-Türkiyə Dərnəyi qurulmuş və dərnək 1929-cu ilin fevralında Ərtuğrul abidəsi tikdirmişdir.İkinci dünya müharibəsinə qədər iki ölkə arasındakı münasibətlər mülayim qalmışdır. 11 oktyabr 1930-cu ildə Ankarada ölkələr arasında Ticarət və Dənizçilik müqaviləsi imzalanmışdır. 1931-ci ilin oktyabrında Yaponiya şahzadəsi Türkiyəyi ziyarət etmişdir. 27 oktyabr 1937-ci ildə Yaponiyanın Türkiyə səfirliyi İstanbuldan Ankaraya köçürülmüşdür.

İkinci dünya müharibəsində Türkiyə neytrallığını qorumağa çalışsa da, 6 yanvar 1945-ci ildə ABŞ-nin Türkiyədəki səfiri Türkiyənin xarici işlər naziri Hasan Sakaya təkidindən və müttəfiqlərin təzyiqindən sonra Yaponiya ilə diplomatik əlaqələrini kəsərək 23 fevralda Yaponiyaya qarşı formal müharibə elan etmişdir. Bu hadisə, xüsusilə, Çin tərəfindən müsbət qarşılanmışdır. Diplomatik statusa malik 15 yapon İstanbulun Ayazpaşa bölgəsindəki konsulluq binasında həbs olunmuşdur. Buna baxmayaraq, həbs olunmuş yaponlara bəzən Yıldız parkında gəzməyə icazə verilirdi. Buna qarşılıq olaraq, Yaponiya hökuməti də Türkiyəyə müharibə elan edəcəyini bildirmişdir. Türkiyənin bu addımlarından sonra bəzi Türkiyə qəzetləri yaponlar haqqında irqçi məqalələr yayımlamışdır. Məsələn, "" qəzetində yaponların beyin və göz quruluşlarına görə heç vaxt amerikalılar kimi usta pilot olmayacaqları qeyd olunmuşdu.

1952-ci ildə imzalanan sonra ölkələr arasında münasibətlər yenidən normallaşmışdır. 1952-ci ilin iyununda Türkiyənin Yaponiyadakı səfirliyi yenidən açılmış və müharibədən sonra ilk səfiri İzzet Aksular olmuşdur. 1953-cü ilin mayında isə Şiniçi Kamimura Yaponiyanın Türkiyədəki səfiri vəzifəsini yerinə yetirməyə başlamışdır. Koreya müharibəsi zamanı isə BMT güclərinin tərkibində vuruşan Türkiyə qüvvələrinin bir çox əsgəri Yaponiyada da olmuşdur. 1957-ci ildə iki ölkə arasında viza məhdudiyyəti ləğv olunmuşdur. 1958-ci ilin aprelində Türkiyə baş naziri Adnan Menderes Yaponiyaya rəsmi səfər etmişdir.

1984-cü ildən sonra iki ölkə arasında qarşılıqlı iqtisadi fəaliyyətlərlə çox güclü və sürətli artım yaşanmışdır. Bu dövrdə çoxsaylı iqtisadi heyət qarşılıqlı ziyarətlər həyata keçirulmiş və aviasiua müqaviləsi, kapitalların təşviqi müqaviləsi kimi yeniliklərə imza atılmışdır. 1985–88-ci illərdə tikilən Fateh Sultan Mehmet körpüsü Yaponiya şirkətlərinin əməkdaşlığı ilə istifadəyə verilmişdir. 19 mart 1985-ci ildə İran-İraq müharibəsi zamanı Tehranda qalan yaponların xilas edilməsində Türkiyə hökuməti aktiv iştirak etmişdir. 1989-cu ildə İmperator Hirohitonun dəfn mərasimində, həmçinin 1990-cı ilin noyabrında Akihitonun taxta çıxma mərasimində Türkiyə prezidenti Turqut Özal da iştirak etmişdir.

2003-cü il Yaponiyada Türkiyə ili elan olunmuşdur. İl çərçivəsində sərgilər, rəqs performansları, konsertlər, filmlər və teatr tamaşaları daxil olmaqla 150-dən çox rəsmi tədbir baş tutmuşdur. 2004-cü ilin iyulunda Yaponiya hökuməti Türkiyədə Kaman-Kalehöyük Anadolu Arxeoloji İnstitutunu açmış və açılış mərasimində da iştirak etmişdir.

1986-cı ildən Türkiyənin Kırşəhər vilayətində davam edən Kaman-Kalehöyük arxeoloji qazıntı işləri tövsiyəsi ilə başlamışdır. Bu qazıntı işlərini aparan fəaliyyətləri daha sonra oğlu , ondan sonra da nəvəsi tərəfindən dəstəklənmişdir. Şahzadə Akiko Türkiyə-Yaponiya Dərnəyinin sədri vəzifəsini yerinə yetirir.

1993-cü ildə Ankara şəhərində Türk Yapon Fondu Mədəniyyət Mərkəzi qurulmuşdur.

Ərtuğrul faciəsindən bəhs edən, Yaponiya-Türkiyə istehsalı "" filmi 2015-ci ildə buraxılmış və hər iki ölkədə 1 milyondan çox insan tərəfindən izlənmişdi.

2003-cü ildə Şimonoseki şəhərinin dəstəyi ilə İstanbulda yapon bağçası açılmış və 2015-ci ildə yenilənmişdir. Bundan əlavə, Türkiyənin Bursa, Konya, Kayseri, Əskişəhər kimi şəhərlərində də yapon bağçaları salınmışdır.

Cuniçi İnamoto, Hacime Hosoqay, Şinci Kaqava, Yuto Naqatomo, Takayuki Seto kimi Yaponiya futbolçuları Türkiyə çempionatında çıxış etmişdir.Alpay Özalan, Eren Albayrak, , İlhan Mansız, kimi Türkiyə futbolçuları isə Yaponiya çempionatında oynamışdılar.

• Şahin, Şayan Ulusan. "Ertuğrul Fırkateyninin Japonya Yolculuğuna Dair Bir Belge". Tarih İncelemeleri Dergisi. 19 (1). 2004: 93–99. ()
• Altın, Uğur. "Japonya Genelkurmay Başkanlığının Balkan Savaşlarında Yürüttüğü İstihbarat Faaliyetleri". Tarih Dergisi (türkcə). 2. 2016: 64. ()
• Abe, Tomoyuki. (PDF) (türkcə). Ankara: Yaponiyanın Türkiyə səfirliyi. 2004. 40 səhifə. İstifadə tarixi: 8 iyul 2021.
• Misawa, Nobuo. (PDF). Kyoto Bulletin of Islamic Area Studies (ingiliscə). 2 (2). 2009: 36–42. İstifadə tarixi: 14 iyul 2021.
• Aybay, Rona. (PDF). The Turkish Yearbook of International Relations (ingiliscə). 33 (0). 2002: 92–98. İstifadə tarixi: 15 iyul 2021.