1464-cü ildə Diyarbəkirdə doğulmuşdur. Sultan Xəlilin dövründə Diyarbəkir valisi idi, lakin iyul ayında əyanlar Xəlili devirərək yerinə Yaqubu taxta çıxardılar.Məhəmmədəli Tərbiyətin "Danişməndani Azərbaycan" adlı kitabında Sultan Yaqub bəy haqqında yazılır:

O, qardaşı tərəfindən Diyarbəkir hakimi təyin edilmiş və qardaşı şah olduqdan sonra Azərbaycana gəlib, onun əleyihinə çıxmışdır. Hicri-qəməri 883-cü il rəbiül-əvvəl ayının 14-də çərşənbə günü (1478, 15 iyun, bazar ertəsi) Sultan Yaqub Xoy şəhəri kənarında qardaşını öldürüb, özü şah olmuşdur.

isə onun haqqında belə deyir:

Şahzadə Yaqub, Təbrizdən təzəcə çıxmışdı ki, güclü qar başladı. Ordudakı əsgərlər qara və qırmızı paltarlar içində fil rəngində bir meydançada şahmat atları kimi hərəkət edirdilər. Vanın şimal-şərqindəki Bəndi Mahiyə gəldikdə Süleyman bəy Bicənoğlu şahzadəyə qoşuldu və birlikdə Bitlis tərəfinə hərəkət etdilər. Yolda yenə qara yağdı və özlərini bir ribata çətinliklə atdılar. Tavaçının yolu açdırmasından sonra hərəkət etdilər. Yolun iki tərəfinə yığılan qar o qədər yüksək idi ki, dəvələr belə keçmirdi. Bitlis dağlarını keçib Veysəl Qaraninin türbəsinin olduğu yerə çatdıqda isə qar azalmışdı. Ərzincan yaxınlığına çatanda Qaraman oğlu Qasım Bəy ona qoşuldu. Bəşiri-yə çatdıqda isə Həsənkeyf valisi Möhrdar Şeyx Əli Bəy, Diyarbəkir valisi Abad Bəyin oğlu Məhəmməd Bəy, Mardin qalası hakimi Xalid gələrək hədiyyələrini təqdim etdilər. Burada Yaqub Qurban bayramını qeyd etdi (1 Zilhiccə 882 yəni 6 mart 1478). Xalq şahzadə üçün meydanlarda qurbanlar kəsdi. Bəşiri-dən sonra Salad və Abarana gəldilər. Burada Diyarbəkir valisi Abad Bəy gələrək şəhərin açarlarını təqdim etdi. Sonra Ərgani, Xani, Atak, Əyil, Bagin, Silvan, Çərmük və Ruha kimi vilayətlərin hakimləyi gəlib hədiyyə verib bağlılığını bildirdilər. Şahzadə və rəiyyəti bir neçə gün sonra Amidə çatdı.

Hakimiyyəti nisbətən sülh içində keçmişdi. Hakimiyyətinin ilk ilində Kirmanda üsyan qalxsa da yatırılmışdı. 1480-ci ildə 40,000 nəfərlik Məmlük ordusu Ağqoyunlu dövlətinə hücuma keçərək Urfanı almağa cəhd etdi. Sultan Yaqubun lələsi Süleyman bəy Bicanoğlunun və Bayandur bəyin başçılığı altında Ağqoyunlu qoşunu düşməni darmadağın etdi, Məmlük sərkərdəsi Yaşbəy öldürüldü, digər Məmlük sərkərdələri isə əsir alındı. Lakin sonrakı il Bayandur bəy Həmədanda üsyana qalxdı və Qum şəhəri yaxınlığında baş verən döyüşdə Bayandur bəy öldürüldü.

Sultan Yaqub Şirvanşahlar ilə dostluq əlaqələri saxlamış və Şirvanşah Fərrux Yəsarın qızı Gövhər sultanla evlənmişdir. Atasından fərqli olaraq Ərdəbil şeyxləri ilə xoş münasibət saxlamırdı. 1488-ci ildə Ərdəbil şeyxi Heydər Şirvanşahlar dövlətinə hücum edəndə, Fərrux Yəsar kürəkəni Sultan Yaqubdan kömək istəmişdi. Məhz Ağqoyunluların köməyi sayəsində Şeyx Heydər 1488-ci il iyunun 30-da Tabasaranda məğlub edildi və həlak oldu.

Sultan Yaqub hakimiyyətinin ilk illərində vergiləri 70 min tümən məbləğində azaltmışdır. Sultan Yaqubun dövründə onun vəziri Qazi İsa yeni torpaq-maliyyə islahatını həyata keçirmək üçün plan hazırlamışdı. Bu plana görə soyurqallar ləğv olunacaqdı. Bundan əlavə monqol qanunları ləğv olunacaqdı — yəni tamğa da ləğv olunurdu. Lakin bu planlar sultanın ölümü ilə yarıda qaldı, Qazi İsa özü isə daha sonra öldürüldü.

24 dekabr 1490-cı ildə Sultan Yaqub qəflətən, müəmmalı şəkildə öldü. Bəzi iddialara görə arvadı tərəfindən zəhərlənmişdir. İddiaya görə Sultan Yaqubu məhz Gövhər sultan qətlə yetirmişdir.

Sultan Yaqub zamanında "şairlərin tale ulduzu parlamış, şeir və şairlik Samiri millətinin Bəni-İsrail arasında olduğu kimi geniş yayılmışdı". Türkcə və Farsca bilirdi. II Bəyazid ilə dost münasibətləri vardı.

Aşağıdakı şeir Sultan Yaqubun tarixi haqqında deyilmişdir:
Onda ki, səfər ayı təzəcə göründü,
Еyşu-işrət günəşi torlanaraq söndü.
Ölkənin Keyxosrovu Sultan Yaqub idi,
Onun vəfat tarixi də Keyxosrov oldu.

Səfiyəddin Qazi İsa və Şeyx Nəcməddin Yəqubi Sultan Yaqubun vəzirləri və nədimləri olmuş, İdris ibn Hüsammədin Bitlisi, Əbdülhəy Astarabadi isə Sultan Yaqubun sarayında xəttat, hökm və fərmanları yazan münşilər olmuşlar. Baba Fəlani, Baba Nəsibi, Dərviş Dəhəki, Möhyi Lari, Mütin Həsibi Ənsari Qumi, Heyrani Qumi, Şəhidi Qumi və Hümayun İsfəraini onun sarayının şeir ustalarından olmuşlar.

Binai Qətili, Əhli Şirazi və Şövqi onun adına "Bəhram və Bəhruz", "Vamiq və Əzra", "Şam və pərvanə" mənzumələrini və Əli ibn Əbu Talibin divanın farsca tərcüməsini nəzmə çəkmiş, eləcə də Fəzullah ibn Ruzbehan "Tarixi-aləmarayi-Bayanduri" əsərinin və "Bədi əz-zəmən fi Qissə həyy ibn Yəqzan" risaləsini onun adına təlif etmiş, talış alimlərindən olan Məhəmməd ibn Musa "Şəhri-hikəmtul-eyn" əsərini yazıb, ona təqdim etmişdir.

Sultan Yaqubla Sultan Bayqara arasında bir sıra müşairələr və yazışmalar olmuşdur. Aşağıdakı rübai ondandır:

Bu dünya ki, adamını mən kəm görmüşəm,
Hər şənliyində onu min-min qəm görmüşəm.
Bir düşərgəyə oxşayır ki, hər tərəfdən,
Aparır yoxluğa, sonu əqdəm görmüşəm.

Kişvəri şeirlərinin birində Sultan Yaqub bəy dövrünü arzulayırdı:
Talei-bərgəştə bir dəxi qılaydı sərvəri,
Kim cila tapsaydı ol ayineyi-Iskəndəri,
Şölə çəksəydi-çiraği-tudeyi-Bayəndəri,
Vəh, nə ləzzət tapğay ol səat qələndər Kişvəri,
Kim, görünə rəiyyəti Yəqub xani bir dəxi.

• İsgəndər bəy Münşi Türkman. Dünyanı bəzəyən Abbasın tarixi (Tarixe-aləmaraye-Abbasi). Bakı, "Şərq-Qərb Nəşriyyat evi, 2010, 1144 səh.