Serbiya ilə Yaponiya arasında əlaqələrin başlanma tarixi 1882-ci il qəbul olunur. 1882-ci ildə Serbiya kralı Berlin konqresindən sonra ölkəsinin tam müstəqillik qazanması barədə məlumatlandırmaq üçün Yaponiya imperatoru Meyciyə fransız dilində məktub yazmışdır. İmperator Meyci məktuba müstəb cavab verərək onu taxta çıması münasibətilə təbrik etmişdir. 1890-cı ildə Yaponiya diplomatı , 1893-cü ildə Şahzadə , 1899-cu ildə hersoq , 1909-cu ildə Şahzadə və 1931-ci ildə Şahzadə Takamatsu Serbiyanı ziyarət etmişdir.

Birinci Dünya müharibəsi zamanı Yaponiya və Serbiyaya maddi yardım göstərmişdirlər. 1923-cü ildə Yaponiya ilə Serbiya arasında ticarət razılaşması imzalanmışdır. 1929-cu ildə Yaponiya hökuməti Serblər, Xorvatlar və Slovenlər Krallığından Yaponiya üçün fəxri konsul təyin olunmasını istəmişdirlər. Serb iş adamı Yaponiyanın Serbiyadakı ilk fəxri konsulu təyin olunmuş, 1929-cu ilin iyununda vəzifəsinin icrasına başlamışdır. Həmin ilin noyabrında İmperator Şovanın qərarı ilə Yuqoslaviya krallığının Osakadakı fəxri konsulu təyin olunmuşdur. Ueyama Yuqoslaviyada geniş yayılmış çoxillik qızçiçəyinin ekstraktı əsasında ağcaqanad qovucu sarğac ixtira etməsinə görə tanınır. Ölkələr arasında qarşılıqlı əlaqələr İkinci dünya müharibəsinə qədər davam etmişdir.

İkinci Dünya müharibəsindən sonra Yuqoslaviya ilə Yaponiya arasında münasibətlər 1952-ci ildə bərpa olunmuşdur. 28 fevral 1958-ci ildə Yuqoslaviya ilə Yaponiya arasında ticarət və naviqasiya razılaşması, 15 mart 1968-ci ildə mədəni əməkdaşlıq razılaşması imzalanmışdır.

Yuqoslaviya dövründə İosip Broz Tito 1968-ci ildə Yaponiyada olmuşdur. Yaponiya xarici işlər naziri 2001-ci ildə, baş nazir Şinzo Abe 2018-ci ilin yanvarında Serbiyaya səfər etmişdir. Serbiya xarici işlər naziri 2009-cu ilin oktyabrında, Serbiya prezidenti 2011-ci ilin martında Yaponiyanı ziyarət etmişdir. Serbiya baş naziri 2019-cu ilin oktyabrında Naruhitonun taxta çıxma mərasimində, 2022-ci ilin sentyabrında Şinzo Abenin dəfn mərasimində iştirak etmişdir.

2022-ci ildə Yaponiya ilə Serbiya arasındakı ticarət həcminin dəyəri 313.834 dollar təşkil etmişdir. "" Serbiyada fəaliyyət göstərən əsas Yaponiya şirkətlərindən biridir. "Panasonic Electric Works", "", "", "Mitsubishi", "Itochu" Serbiyada bizneslə məşğul olan digər Yaponiya şirkətləridir.

, eləcə də, qəsəbəsinin mərkəzində yerləşir. 2014-cü ildə qurulmuş, Balkan musiqisi əsasında ifalarla çıxış edən "Japalkan" qrupu Serbiyada konsert vermiş və diqqət cəlb etmişdir."Japan Tabacco International" şirkəti Serbiyada Yaponiya mədəniyyətinin təbliği ilə məşğul olur, serb tələbələr üçün Sakura təqaüdü ayırır.

2007-ci ildə ölkələr arasında diplomatik əlaqələrin 125 illiyi münasibətilə Serbiyada poçt markası buraxılmışdır. Üzərində Kral I Milan Obroneviç və İmperator Meycinin təsviri olan bu marka İmperator Akihitonun ad günündə – 23 dekabrda buraxılmışdır. 2022-ci ildə ölkələr arasında diplomatik əlaqələrin 140 illiyi münasibətilə də Serbiyada poçt markası buraxılmışdır.