1932-ci ildən Sadıq Qarayev dəniz və okean faunasını əks etdirən bu kolleksiyanı toplamağa başlayıb.

1986-cı ildə Sadıq Qarayevin oğlu, geologiya-mineralogiya elmləri namizədi, professor Tofiq Qarayev atasının yolunu davam etdirərək muzeyi yaradıb.

Muzey rəsmi olaraq 1989-cu ildə təşkil edilmiş. T. Karayev 1986-cı ildə yaradılan muzeyin tarixçəsi barədə danışır: "Atam Sadiq Karayev 1932-ci ildən 1937-ci ilə qədər İngiltərədə və ABŞ-də neft üzrə ekspert işləyib. O zaman milyonçular müxtəlif pullar, markalar, şəkillər yığırdılar. Atam neftçi olduğundan molyuska qabıqları toplayırdı. Hər ezamiyyətdən gələndə bir çamadan molyuska qabığı gətirərdi. Həmin çamadan hazırda Tarix Muzeyindədir".

Muzeyin ümumi kolleksiyasında 5 minə yaxın eksponat toplanıb.4 mindən çoxu Heydər Əliyev Fonduna bağışlanıb. Muzeyinin kolleksiyasında dünyanın müxtəlif okean, dəniz və göllərindən tapılmış 2000-dək molyuska qabığı (pelesipoda, qastropoda) nümunələri təqdim olunur. Sistemləşdirilmiş malakofauna 86 cinsdə nümayiş etdirilir. Toplunun unikallığı onunla səciyyələnir ki, burada müasir dəniz və yerüstü fauna mollyuskalarından başqa eyni zamanda 2000 il bundan öncə Ağcaqıl və Abşeron paleodənizlərində mövcud olan şirin su mollyuska qabıqlarına həsr edilmiş stendlərlə təqdim olunur. Bu toplunun bəzi nümunələri Avstraliya, Argentina, indoneziya milli muzeylərində nümayiş etdirilir. Mollyuska qabığlarına hərs edilmiş geniş elmi materiallara əsasən professor Karayev Tofiq Sadıxoğlu yeni cins Dzejrantçholia və bir neçə digər yeni növ mollyuskalar kəşf etmiş və onların monoqrafik təsviri verilmişdir. Muzey sərgilərində eyni zamanda dəniz ulduzlarının, kirpilərin və tısbağaların nümunələri də nümayiş etdirilir. Muzey ekoloqlar, paleontoloqlar, paleocoğrafiyaçılar üçün böyük maraq və əhəmiyyət kəsb edir. Medal və diplomlarla təltif edilən muzey müxtəlif beynəlxalq sərgilərdə təmsil olunub. Eksponatları 14 ölkədə nümayiş etdirilir.