Rafiq Babayev 1936-cı il martın 31-də Bakı şəhərində partiya orqanlarında işləmiş ailəsində anadan olmuşdur. 1937-ci ildə XDİK (Xalq Daxili İşlər Komissarlığı) həbsxanasına salınmış Fərzi Babayev güllələnmə cəzasına məhkum edilmişdir (1956-cı ildə o, bəraət qazanaraq azadlığa buraxılır). Rafiqin anası Şahbəyim xanım 6 övladını – Mərziyə, Vəsilə, Emilya, Oqtay, Rafiq, Armanusa-nı hədsiz çətin şəraitdə tərbiyə etməyə məcbur olur. Sonradan bu uşaqların hamısı peşəkar musiqiçi kimi tanınmışdır.

1943-cü ildə 160 nömrəli musiqi məktəbinə daxil olan Rafiq ilk caz kvartetini də məhz bu məktəbdə yaradır. 1950-ci ildə həmin məktəbi bitərək, A. Zeynallı adına musiqi məktəbinin fortepiano sinfinə daxil olur, R. S. Levinanın sinfində təhsil alır. Bu məktəbdə təhsil almaqla yanaşı, Xalq Çalğı Alətləri Ansamblının musiqi rəhbəri vəzifəsində işləyir. O, caz musiqisi ilə də maraqlanır və improvizasiya ustalığını təkmilləşdirirdi.

1954-cü ildə buraxılış imtahanında onun ifa etdiyi proqrama klassik əsərlərlə yanaşı, amerikalı caz pianoçusu Bill Evensin kompozisiyası da daxil edilmişdi. Sonradan özünü bütünlüklə caz musiqisinə həsr edən Rafiq Babayev 1959-cu ildə Bakı Konservatoriyasını bitirdikdən sonra həmin qrupun musiqi rəhbəri kimi, Sovet İttifaqının müxtəlif şəhərlərinə uzunmüddətli qastrol səfərlərinə çıxır. Rafiq Babayev Bakıya qayıdandan sonra görkəmli müğənni Rəşid Behbudovla tanış olur.

1967-ci ildə Rəşid Behbudov Mahnı Teatrını yaradanda Rafiq Babayev bu teatrın musiqi rəhbəri vəzifəsinə dəvət edilir. R. Babayev və R. Behbudov teatrlaşdırılmış böyük konsert proqramı hazırlamağa başlayırlar. Rafiq bu tamaşanın səhnəyə qoyulması üçün çox böyük işlər görmüşdür. Bütün bu illər ərzində Rafiq caz musiqisi sahəsində yaradıcı işini də davam etdirir, bu işlə fasiləsiz məşğul olur, caz festivallarında iştirak edir. 1967-ci ildə Tallin şəhərində keçirilən Beynəlxalq Caz Festifalında Rafiq Babayevin ansamblı laureat olur. Onun "Bayatı-kürd" ladında ifa edilmiş kompozisiyası xüsusi qeyd edilir. Müxtəlif illərdə bu kollektivin heyətində Gennadi Stepanişşev (fleyta, saksofon), Rauf Sultanov (bas-gitara), Ələsgər Abbasov (gitara), Səyavuş Kərimi (ud, klavişli alətlər), Cəmil Əmirov (klavişli alətlər), Tofiq Cabbarov (zərb alətləri), Firuz İsmayılov (sintezator), Ramin Sultanov (zərb alətləri), Emil Həsənov (bas-gitara), Vaqif Əliyev (zərb alətləri), Emil K. Həsənov (bas-gitara) və başqa peşəkar musiqiçilər fəaliyyət göstərirdilər.

Həmin illərdə Rafiq Babayev ictimai işlərlə də məşğul olur, müxtəlif musabiqələr, baxış və festivallar təşkil edir. Onun bütün yaradıcılıq fəaliyyəti gənc instrumental musiqiçi və vokalçılarla pedaqoji işlə həmişə bağlı olmuşdur.

1991-ci ildə Rafiq Babayev "Cəngi" folklor-caz kollektivini təşkil edir və musiqi layihələrinin həyata keçirilməsinə kömək edən Səsyazma Studiyası yaradır. O, folklor çalğı alətlərindən istifadə etməklə, onları qeyri-adi harmoniya ilə zənginləşdirərək, dünyanın ilk baxışda bir-birinə zidd cəhətlərinə – Qərbə və Şərqə xas olan musiqini melodik tərzdə birləşdirərək gözəl kompozisiyalar yaradırdı.

1993-cü ildə Rafiq Babayevə Azərbaycan Respublikasının xalq artisti adı verilmişdir. 1994-cü il martın 19-da onlarca sakin, o cümlədən qadınlar, uşaqlar və qocalar erməni ekstremistlərinin təşkil etdiyi qanlı terrorun qurbanı oldu. Belələrindən biri də Rafiq Babayev idi. Metro stansiyasında baş vermiş partlayış nəticəsində Rafiq Babayev həyatla vidalaşdı.

• "Azərbaycan SSR əməkdar artisti" fəxri adı — 11 yanvar 1978

• Musiqişünas Fəridə Babayevanın həyat yoldaşıdır.
• Musiqişünas Fərizə Babayevanın atasıdır.
• Musiqişünas Gülarə Babayevanın atasıdır.

1. 1000 il (film, 1987) (tammetrajlı sənədli film) (Aztv)
2. 1001-ci qastrol (film, 1974) (tammetrajlı bədii film)
3. Abşeron ritmləri (film, 1970) (tammetrajlı musiqili-bədii televiziya filmi)-musiqisindən istifadə edilən bəstəkar, filmdə iştirak edən
4. Alman klinikasına şəxsi səfər (film, 1988) (tammetrajlı bədii film)-dirijor
5. Anlamaq istəyirəm (film, 1980) (ikiseriyalı bədii film)-bəstəkar
6. Azərbaycan haqqında etüd (film, 1969)
7. Baharla birgə (film, 1978)
8. Bakı haqqında 10 dəqiqə (film, 1970)
9. Basatın igidliyi (film, 1988)
10. Bir ailəlik bağ evi (film, 1978)
11. Bir axşam... (film, 1985)
12. Bircəciyim (film, 1986)
13. Cin mikrorayonda (film, 1985)
14. Çalışan adam (film, 1996)
16. Dağıdılmış körpülər (film, 1996)
17. Əzablı yollar (film, 1982)
18. Fəryad (film, 1993)
19. Gecə qatarında qətl (film, 1990)
21. Gümüşü furqon (film, 1982)
23. Xeyirxah nağıl (film, 1986)
24. İmtahan (film, 1987)
26. Kədərimiz... Vüqarımız...
27. Kişi sözü (film, 1987)
28. Qara leylək (film, 1985)
29. Qobustan (film)
30. Qoca palıdın nağılı (film, 1984)
31. Qudyalçay (film, 2001)
32. Qurbanəli bəy (film, 1989)
36. Ötən ilin son gecəsi (film, 1983)
37. Padarçöl (film, 2002)
38. Sehrli çıraq (film, 1987)
40. Suvenir (film, 1972)
41. Şeytan göz qabağında (film, 1987)
42. Təhminə (film, 1993)
43. Tələ (film, 1990)
44. Tilsim (film, 2005)
45. Torpaq-kosmos-qarşılıqlı əlaqə (film, 1984)
46. Üfüqü ötənlər (film, 2011)
47. Üzən-yarı suya salınmış qazma qurğusu-"Şelf" (film, 1982)
48. Vətənin yüksək səması altında (film, 1987) (qısametrajlı sənədli film) (TV)
49. Yaddaş (film, 1989)