Böyük əhəmiyyətə malik xüsusi mühafizə olunan təbiət ərazilərinin 70 min 388,6 hektarı - Bəsitçay və Qaragöl dövlət Təbiət Qoruqları, Arazboyu, Laçın, Qubadlı və Daşaltı dövlət təbiət yasaqlıqlarının ərazilərində olan qiymətli ağac və digər nadir biomüxtəliflik nümunələri bu gün də işğalçı ordunun tapdağına məruz qalaraq məhv edilir. Azərbaycanın işğal olunmuş ərazilərində ekoloji əhəmiyyətə malik bir çox göllər böyük antropogen təsirə məruz qalır. Bu ərazilərdə irili-xırdalı 7 relikt göl: Kəlbəcər və Laçın rayonlarının yaylaqlarında Böyük Alagöl, Kiçik Alagöl, Zalxagöl, Qaragöl, Canlıgöl, İşıqlı Qaragöl və Ağdərə rayon ərazisində (Tərtərin qolu olan Torağaçayda) Qaragöl kimi şirin su mənbələri çirkləndirilir, dağıdılır və nəticədə unikal bir ərazi ekoloji fəlakət həddinə çatdırılıb.