Kəlbəcər rayonu 1993-cü il aprel ayının 2-də Ermənistan Silahlı Qüvvələri tərəfindən zəbt edildiyindən, göl ərazisi də işğal altına düşür. 10 noyabr 2020-ci ildə imzalanan atəşkəs bəyanatına əsasən 25 noyabrda Ermənistan Silahlı Birləşmələri Kəlbəcər rayonunu boşaldıb Azərbaycan Silahlı Qüvvələrinə təhvil vermişdir.. Müvafiq olaraq gölün yerləşdiyi ərazi də Azərbaycanın nəzarətinə keçir.

Kiçik Alagöl Böyük Alagöldən 2 km cənub-şərqdə yerləşir. Sahəsi 0,9 km², uzunluğu 2000 m, maksimal eni 825 m, orta eni 450 m, sahil xəttinin uzunluğu 5260 m-dir. Gölün çox hissəsi susevən bitkilərlə örtülmüşdür. Maksimal dərinliyi 4 m-dir.

Əsas suyunu Qurbağalı çayın, eləcə də başqa bir neçə kiçik çayların suları təşkil edir. Göl suyunun artmasında yeraltı suların da müəyyən rolu vardır. Gölün suyu Böyük Alagölə tökülür. Göllərdən gələn su Ermənistana doğru axır və burada Arpa çayının sularını ötürərək Sevan gölünün sularını doldurmaq üçün istifadə olunur. Tərtər çayında suyun doldurulması üçün gölün sularının şərqə yönəldilməsi planlaşdırılır.

Yay aylarında gölün suyunun səthində temperatur 14°-16 °C-dən yüksək olmur. Sahilinə yaxın yerlərdən çıxan bulaq sularının temperaturu 4°-6 °C arasında dəyişir. Oktyabrın axırlarından mayın əvvəllərinə qədər gölün güzgü səthi buzla örtülü olur. Suyu hidrokarbonatlı-kalsiumludur. Tərkibində mineral maddələrin ümumi miqdarı 60 mq\l-dən artıq deyildir.

Kiçik Alagöldən yalnız yaylaqlarda mal-qaranın sulanmasında istifadə edilir.