Mağara 600.000 il əvvəl formalaşmışdır və gölün bir hissəsi olmuşdur. Geoloji fəaliyyətlər və su səviyyəsinin enməsi nəticəsində göl mağaraya çevrilmişdir.

Qamış fleyta mağarası ilə insanların interasiyası haqqında qeydlər naməlumdur. İnsanların mağaraya 700-cü illərinin sonu (mürəkkəb yazılarının edildiyi zaman) və XX əsrlər arasında girdiyini və ya bu mağara haqqında məlumatı olduğunu göstərən heç bir sübut yoxdur.

1962-ci ildə mağara rəsmi olaraq ictimaiyyətə açılmışdır və o vaxtdan bəri dünyanın hər yerindən insanlar tərəfindən qeyri-adi dərəcədə məşhur bir turistik məkana çevrilmişdir. Göy qurşağı işıqları və təbii daş quruluşları ilə Qamış fleyta mağarasının əsas görməli xüsusiyyətləri hesab olunur.

Flute mağarası çoxlu sayda stalaqmit və digər qaya birləşmələri ilə doludur. İçəridə mürəkkəblə yazılmış 70-dən çox yazı var ki, onların da Tan sülaləsi dövründə 792-ci ilə aid edilməsi mümkündür. 1940-cı illərdə Yaponiya qoşunlarından qaçan bir qrup qaçqın tərəfindən yenidən kəşf edilmişdir.

Bu divarlar, saysız-hesabsız su eroziyası nəticəsində o qədər müxtəlif növ təbii qaya strukturları yaratmaq üçün aşınmış əhəng daşından hazırlanmışdır ki, Qamış fleyta "Təbiət incəsənət sarayı" ləqəbi verilmişdir.

240 metr uzunluğundakı mağarada müxtəlif formalarda olan qaya quruluşları yerləşir. Tərəvəz, mifik varlıqlar, göbələklər, güllər, pərdələr, insan fiqurlarını xatırladan qayalarla yanaşı, mağarada Azadlıq heykəlini xatırladan qaya quruluşu yerləşir.