Orta Asiya ölkələri SSRİ-dən müstəqillik qazandıqdan sonra Qırğızıstan Prezidenti İslam Kərimovun rəhbərliyi altında postsovet Orta Asiyada ən güclü dövlətə çevrilən qonşusu Özbəkistanla münasibətlərdə problemlə üzləşdi. Özbəkistan bu bölgədə çox sayda özbək əhalisinin olmasına əsaslanaraq həm iqtisadi, həm də siyasi cəhətdən Qırğızıstanın cənub hissəsinə hakim idi.

Qırğızıstanın böyük bir hissəsi Özbəkistandan təbii qaz tədarükündən tamamilə asılıdır. İslam Kərimov bir neçə dəfə siyasi məqsədlər üçün boru kəmərlərini bağlayaraq Qırğızıstana qaz tədarükü şərtlərini dəyişdirməyə nail olmuşdur. Qırğızıstanın Oş və Cəlalabad vilayətlərində yayımlanan bir sıra televiziya çıxışlarında İslam Kərimov Qırğızıstan Prezidenti Əsgər Akayevə əhəmiyyətli dərəcədə yumşaqlıqla müraciət edir, o da Özbəkistan liderindən hörmətlə danışır. Özbəkistanın açıq bir ekspansionist niyyəti olmasa da, Qırğızıstan hökuməti İslam Kərimovun mənzilindən asılı olmayaraq, bütün Özbəklərin rifahı üçün cavabdeh olduğuna dair mesajından aydın şəkildə xəbərdar idi. Sərhəd hissələrinin potensial demarkasiyası və müvafiq anklavların "materiklə" birləşdirən keçidlərin yaradılması barədə 2001-ci ildə imzalanan bir razılaşma Qırğızıstanda pis qəbul edilir. Razılaşma heç vaxt təsdiq olunmur və bu müddət ərzində sərhəd boyunca davam edən gərginliyə səbəb olur. Münasibətlər son illərdə yaxşılaşmışdır. Sərhədin böyük hissəsini təyin edən bir sərhəd müqaviləsi 2018-ci ildə imzalanır, lakin anklavların vəziyyəti ilə bağlı müzakirələr davam edir. Hal-hazırda Özbəkistanla sərhədin təxminən 15% -nin (təqribən 200 km) delimitasiyası anklavlar və digər ərazilərlə bağlı ciddi mübahisələr nəticəsində əngəllənir. 2018-ci ilin mart ayında Özbəkistan Dəmir Yolları Daşkəndlə Balıqçı şəhərini birləşdirən yeni marşrutu başladır.

2019-cu ildə ölkələr arasındakı ticarət həcmi 500 milyon dollara çatmışdır. Halbuki keçən ilin eyni dövründə bu rəqəm 160.5 milyon dollar olmuşdur.

Qırğızıstanın Daşkənddə səfirliyi var.

Özbəkistan Bişkekdə səfirliyini saxlayır.