Warrior Withinin sonunda zaman qumlarının yaradıldığı adadan Kaylinanı özü ilə götürüb ayrılan şahzadə ölümcül bir səhvə yol verir. Şahzadə Kalienanı öz zamanına gətirərək zaman qumlarının qum saatında yaranmasına mane olmuş olur və bütün tarix dəyişir. Bir zamanlar öz kralına xəyanət edən və zaman xəncərinə sahib olmaq istəyən vəziri şahzadə heç bir zaman öldürməmişdir. Şahzadə və atası kral Şaramanın ordusu ilə Hindistanı heç bir zaman işğal etməmişlər. Hər şeyi yoluna qoyduğunu düşünən şahzadə daşıdığı zaman amuletini dənizin soyuq sularına atarkən, vəzir ölümsüzlük arzusu ilə Babili işğal edir.

Şahzadə vətəninə çatdığında acı həqiqətlə üzləşir və oradan qaça bilmədən gəmiləri batırılır. Kaliena vəzirin adamlarına əsir düşür. Onun xilas etməyə gedən şahzadə onu tapır, ancaq xilas edə bilmir. Vəziri görən şahzadə özünü itirir və vəzir yanında gətirdiyi zaman xəncəri ilə Kalienanı öldürür. Kalienanın bədəni zamanın qumlarına çevrilərək bütün şəhərə yayılır. Vəzir artıq istəyinə qovuşmuşdur, o ölümsüz olur. Ancaq forması da dəyişir və bir məxluqa dönür. Şahzadə son bir həmlə ilə zaman xəncərini vəzirdən almağı bacarır, amma o da zaman qumlarının təsirinə məruz qalır. Artıq onun da içində ölümcül bir varlıq ortaya çıxmışdır.

Şahzadə şəhərin hər yerində vəziri qovur. Ancaq ümid etmədiyi bir nəfərlə qarşılaşır. Bu Hindistan kralının döyüşkən qızı Farahdır. Vəzir kralı öldürüb və qızını da əsir olaraq yanında gətirmişdir. Buna görə, o da şahzadə kimi vəziri öldürmək istəyir və onlar birlikdə hərəkət etməyə başlayırlar. Köhnə hadisələr yaşanmasa da, şahzadə onların hamsını xatırlamaqdadır. Ancaq Farahın heç bir şeydən xəbəri yoxdur. Şahzadənin içindəki pislik isə zaman-zaman üzə çıxır və şahzadə qaranlıq bir məxluqa dönür. Ancaq şüuru hələ də yerindədir. Buna görə bu halını nəzarətdə saxlayır. Farah onu bu halda görür və öldürmək istəyir, ancaq öldürmür. Şahzadə bunun sadəcə bir dəyişilmə olduğunu və şüurunun hələ də yerində olduğuna razı salmağa çalışır. Ancaq buna nail ola bilmədikdə, yolları keçici bir müddətə ayrılır. Şahzadə tələyə düşdükdə Farah yenidən meydana çıxıb onun həyatını qurtarır. Beləcə yenidən birlikdə vəzirin arxasına düşürlər.

Bu vaxt şahzadənin müəllimi olan yaşlı müdrik Babildəki insanları təşkilatlandıraraq qiyama liderlik edir. Şahzadə və Farah Babil qülləsinin ən üst mərtəbəsinə çıxmağa çalışarkən vəzirin qurduğu tələyə düşürlər. Vəzir Farahı tutur və şahzadəni qüllənin boşluğuna atır. Ancaq şahzadə həmin an dəyişilərək xilas olur. Şahzadə zindanlardan çıxmağın yolunu axtardığı vaxt atasının cəsədiylə qarşılaşır. Bu hadisə ona çox təsir edir və içindəki bütün pisliyi məhv edir. Qaranlıq tərəfini idarə altına ala bilir.

Sonda şahzadə qüllənin ən üst nöqtəsinə çıxaraq vəzirlə üzləşir və onu məğlub edir. Zaman xəncərini vəzirin sinəsinə batırır və beləcə zamanın qumları yenidən Kalienanın bədənində toplanır. Ona artıq zamanın gəldiyini söyləyir. Zaman xəncərini əlinə alır və xəncər onun bədəni ilə birləşir. Şahzadənin zaman qumlarından zədələnən bədənini sağaldır və yoxa çıxır. Lakin şahzadənin içindəki pis mənliyi qalmışdır. Şahzadə onunla öz zehnində üzləşir. Farahın ona səsləndiyini eşidən şahzadə onu orada qoyaraq oyanır. Daha sonra Faraha daha əvvəl başına gələn bütün hadisələri danışır.

  Əsas məqalə: Prince of Persia personajlarının siyahısı

• Şahzadə (ing. Prince): Kral Şahramanın Hindisdanı işğalı vaxtı zaman xəncərini aldı. Zaman qumlarının içində yerləşən qum saatının möhürünü açaraq zamanı dəyişdirdi. Buna görə Dahaka adlı məxluq onun arxasınca düşdü. Beləcə, bu məxluqdan yaxa qurtarmaq istəyən şahzadə zaman qumlarının yaranmasını əngəlləmək üçün yaşlı məsləhətçisinin rəhbərliyi ilə zaman adasına səyahət etdi. Burada Dahakanı məğlub edən şahzadə Kaylinanı da yanına alaraq Babilə qayıtdı.
• Qara şahzadə (ing. Dark Prince): Şahzadənin Kaylinanı xilas etməyə cəhd edərkən yaralanması və zaman qumlarının təsirinə məruz qalması nəticəsində ortaya çıxmış alt mənliyi. Bu onun bədənində və zehnində var olan və bəzən üzə çıxan qaranlıq bir məxluqdur. Şahzadənin çevikliyinə və bacarıqlarına sahibdir və qolundan çıxan zəncirlə ölümcüldür.
• Kaylina (ing. Kaileena): Zaman adasında yaşayan və zamanın qumlarını yaradan insandır. Əsas bacarığı zamana hökm etməsidir. Öz gələcəyinə baxır və gələcəkdən gələn bir nəfərə görə öldüyünü görür. Buna görə Şahzadəni dayandırmaq üçün hər şeyi edir, ancaq bacarmır. Yenə də Şahzadə onu xilas edərək öz zamanına gətirir. Ölümsüzlük axtarışındakı Vəzir tərəfindən öldürülərək həyatı sona çatır.
• Farah (ing. Farah): Hindistan kralının döyüşkən qızıdır. Mükəmməl dərəcədə ox və yay işlədə bilir. Çevikliyi sayəsində çətin məqamlarda xilas olmağı bacarır. Şahzadə "Sands of Time" epizodundakı hadisələri dəyişdirdiyi üçün Şahzadəni xatırlamır.
• Vəzir (ing. Vizier): İlk oyundan tanıdığımız vəzir şahzadənin zamanı dəyişdirməsi ilə ölməmişdir. Ölümsüzlük uğrunda öz kralına xəyanət etmiş, zaman xəncərini və Farahı da əsir alaraq Babili işqal etmişdir. Kaylinanı öldürərək dəyişilmiş və bir məxluqa dönmüşdür. Kaylinanın intiqamını almaq, xalqına etdiklərinin əvəzini çıxmaq istəyən Şahzadə tərəfindən yenidən öldürülür.

• 2012-07-01 at the Wayback Machine
• 2011-10-26 at the Wayback Machine
• 2007-05-06 at the Wayback Machine
• 2012-04-28 at the Wayback Machine

1. ↑ . 2003.