Popayan sözü yerli bir dildən gəlir. Bu sözün mənşəyi haqqında müxtəlif nəzəriyyələr vardır, lakin hərfi mənası: Po- "İki"; pa-"qamış"; yan- "kənd", yaxud "Qəbir çatıları olan iki kənd". Digər bir nəzəriyyə deyir ki, Popayan sözü, hazırda Las Tres Kruses təpəsi kimi tanınan Eme Hill ətrafında yaşayan Payan adlı yerli kasikin adından gəlir.

Popayan, Lima, Kito və Kartexena arasında yerləşdiyi müstəmləkə dövrü ərzində çox əhəmiyyətli bir şəhər idi. Sakit okeanın aşkarlanmasından sonra belə, Popayan, İspaniyaya keçərkən Kartexenaya gedən qızıl və digər sərvətlər üçün transfer nöqtəsi olaraq qaldı. Popayan, həmçinin müstəmləkə mədəni kimi xidmət etmiş və 1760–1819-cu illərdə qızıl eskudo sikkələr və gümüş reallıqları ilə müxtəlif nominallı istehsal olunmuşdur. 1826-cı ildən sonra yeni Kolumbiya Respublikası sikkə istehsalını davam etdirməyə başladı.

Popayan bir neçə zəlzələ nəticəsində məhv olmuşdur. 1983-cü il 31 martda ən son və dağıdıcı zəlzələ oldu və səkkiz saniyə davam etdi. Şəhərin yenidən qurulması on ildən çox vaxt apardı və bu gün yenidən qurulmayan bəzi əraziləri hələ də görmək mümkündür. Bu zəlzələnin nəticəsi olaraq Kolumbiyada ilk zəlzələ seysmik dizayn kodu quruldu.

• Kolumbiyanın inzibati bölgüsü
• Boqota
• Tunxa
• Monteriya
• Kibdo
• Florensiya (Kaketa)
• İnirida
• San Xose del Quavyare

• .