Məqbərənin içərisindəki qəbir daşında və divarda qalmış bəzi yazılar M. Nemətova tərəfindən oxunmuşdur. Bu yazılarda binanın tikildiyi tarix - hicri 583 – 600, miladi 1188 – 1203 – cü illər göstərilir. Üslub xüsusiyyətlərinə görə binanın tikilmə tarixi XIII əsrin əvvəllərin aid edilir.

Xanəgahın ətrafinda qədim qəbristan, karvansara kompleksi var. Abidənin fasadında ərəbcə kufi elementli süls xəttilə yazılmış kitabədə deyilir: "Rəhmli və Mərhəmətli Allahın adı ilə. Bu qəbir Şeyx, İmam, ən böyük alim, mömin Tair Tac Əl-Hüda Mədəkani İbn Əlinindir. Allah onlara rəhmət eləsin..."

Türbədə olan ikinci kitabəyə əsasən onun tarixini dəqiqləşdirmək mümkündür. Qapıdan girən yerdə sol divara nəsb edilmiş iki sətirlik bu kitabənin kiçik bir hissəsi salamat qalmışdır: "Ən böyük padşah, xaqan... Fərruxzad ibn Fəziləlmüvəhhid Mənuçöhr... Müəllif aydınlaşdırır ki, bu hökümdar Şirvanşah III Böyük Mənuçöhrün oğlu Şirvanşah I Fərruxzaddır. O da XIII əsrdə yaşamışdir. Alim qeyd edir ki, Cənubi Azərbaycanda Mədək adlı yer vardır. "-ani" şəkilçisi qəbrin sahibinin oralı olduğunu bildirir. "Mədəkani" sözü tarix ötdükcə dəyişmiş "Mərdəkan" şəklinə düşmüşdür.

Kompleksə daxil olan türbə demək olar ki, ilkin görüşünü saxlayaraq dövrümüzə çatmışdır. Azərbaycan memarlığında başqa nümunləri də olan bu cür türbələr adətən ikigünbəzli sərdabə və qülləşəkilli türbənin kombinasiyasından ibarət olur. Azərbaycan memarlığında bu tipli türbələrə misal olaraq Naxçıvandakı Əlincəçay xanəgahına daxil olan türbəni və başqa türbələri göstərmək olar. Pir mərdəkan türbəsinin plan quruluşu günbəzli məqbərələrin çox təsadüf edilən variantını təkrar edir. Bu cür türbələr həcm etibarilə iki növün kombinasiyasından ibarətdir. Aşağı hissəsi günbəzli və qülləli – günbəzli sərdabəni xatırladır, yuxarı hissəsi isə günbəzlə örtülüdür. Adətən belə türbələrdə kubşəkilli və yuxarı qülləvari hissələr arasına tədrici keçid olmadığından yuxarı hissə kompozisiyasına görə xaricdən aşağı hissəsinin davamı kimi deyil, müstəqil görünür.

Günbəzli məqabərələr ibadətxana tipli tikili olduğuna görə bu növ abidələrdə dəfn edilən adamın ziyarətinə gəlir, bu cür məkanlarda dini mərasimlər keçirirdilər. Buna görə də bu tip məqabərələr həm də bir növ məscid kimi istifadə olunurdu.

Türbənin daxili sərdabə olan hissəsi quruluşuna görə kvadrat şəkillidir və künclərdəki tromplar vasitəsiylə səkkizbucaqlıya çevrilir. Səkkizbucaqlı üzərindəki səkitilli prizma piramidal çadırla örtülmüşdür. Türbəyə kənardan baxdıqda, onun aşağı kubformalı hissəsinin yerin relyefi örtdüyü üçün adi səkkizbucaqlı türbəyə oxşayır. Onun xarici divarlarının ölçüsü 4,6x5 m, daxili divarlarının ölçüsü isə 2,6x2,6 m – dir. Kvadrat hissənin hündürlüyü 3 m, piramidanın hündürlüyü isə 4,7 m – dir.

Şərq tərəfdən türbəyə üç otaqdan ibarət xanəgah binası birləşmişdir. Böyük otaq (4,4x7,3 m) ibadət üçündür. Dövrümüzə salamat gəlib çatan hissə yalnız bir otaqdır. Qalan iki otaq isə tamamilə uçub dağılmışdır.

Bu abidə bir çox xüsusiyyətlərinə görə qülləli – günbəzli Azərbaycan türbələri qrpuna da aid edilir. Quruluş və memarlıq xüsusiyyətlərinə görə Pir Mərdəkan xanəgahı ilə oxşarlıq təşkil edən abidələr digər türk ölkələrində də yayılmışdır. Məsələn Türkmənistan ərazisində bu türbənin memarlıq xüsusiyyətlərini təkrarlayan bir neçə maraqlı memarlıq abidəsi vardır. Kunya-Ürgəncdəki Fəxrəddin Razi və Şeyx Şərif türbələri buna misal ola bilər.

• Azərbaycan memarlığı
• Azərbaycanda təsəvvüf