Əlincəçay xanəgah kompleksinin əsasını əmir, isfəhsa, böyük alim Uluq Qutluq Lala bəyin tikdirdiyi kvadratşəkilli türbə təşkil edir. Türbənin kitabəsində memarın adı (Memar Cəmaləddin) qalmış, lakin inşa tarixini göstərən hissə dağıldığından, nə vaxt tikildiyini dəqiq müəyyənləşdirmək mümkün olmamışdır. Üslub xüsusiyyətlətinə görə türbənin XII əsrin sonu — XIII əsrin əvvəllərində inşa edildiyi ehtimal olunur.

Türbənin yuxarı künclərindəki irihəcmli tromp (memarlıqda konus hissə, tağvari konstruksiya) qurşağı onun daxilinə arxaik görünüş verir. Tromplar səkkizbucaqlıdır. Onların stalaktit quruluşu isə onaltıbucaqlıya keçid təşkil edir ki, bu da çadırvari günbəzin oturacağını əmələ gətirir.

Xanəgahın giriş qapısının hər iki tərəfində şərti olaraq "mehrab" adlandırılan düzbucaqlı pannolar gəcdən oyulmuş qabarıq naxışlar və dini məzmunlu kitabələrlə bəzədilmişdir. Bunlar dünya memarlığı tarixində gəc üzərində plastik oymanın ən gözəl nümunələrindəndir. Türbənin giriş baştağının memarlıq elementləri Möminə Xatun türbəsinin ayrıntılarına oxşayır. Onun inşasında kərpiclə yanaşı, firuzəyi kaşıdan da istifadə olunmuşdur.

Türbənin baştağına bitişik tikilmiş məscid iki dayaqla altı hissəyə bölünmüş və hər hissə də günbəzlə örtülmüşdür. Məscidin kitabəsində onun hicri 901-ci ildə (miladi 1496) naməlum qadının sifarişi ilə tikildiyi göstərilir.

Abidənin kitabəsinin son hissəsi ovulub töküldüyü üçün onun inşa tarixini dəqiq təyin etmək mümkün olmamışdır. Ancaq memarlıq-konstruktiv quruluşuna görə onun XII–XIII əsrlərə aid olduğu ehtimal olunur. Türbənin içərisində bir qəbir vardır. Ancaq qəbrin üstündə kitabə olmadığı üçün orada kimin dəfn edildiyi məlum deyidir. Yerli əhalinin fikrincə, hürufilik təliminin banisi Fəzlullah Nəimi 1394-cü ildə Əlincə qalasında faciəli şəkildə edam edildikdən sonra müridləri onun cənazəsini gətirib burada dəfn etmişlər. Məhz buna görə də Xanəgah kompleksinə yerli əhali arasında verilən ad (Şeyx Xorasan türbəsi) tədqiqatçılar tərəfindən Nəiminin ləqəblərindən biri olan Şeyx Xurasa (Günəşə oxşar, nurani şeyx) və ya Nəiminin təhsil alıb kamilləşdiyi yerin Xorasan olması ilə əlaqədar ona verilən ləqəblərdən birinin Xorasanlı şeyx və ya Xorasan şeyxi olması ilə əlaqələndirilir.

Türbənin cənubunda ona bitişik inşa edilmiş türbə-məscid Xanəgahda fəaliyyət göstərən sufi təriqətinin rəhbərlərindən biri olan Şeyx Hacı Lələ Məliyin xatirəsinə hicri 901-ci ildə (miladi 1496) Xond Bikə xatın tərəfindən inşa edilmişdir. Orta əsrlərdə sufi şeyxləri ailələri ilə birlikdə xanəgahlarda yaşayır, vəfat etdikdən sonra xanəgahın yanında dəfn olunurdular. Şeyx Hacı Lələ Məlik də Xanəgaha rəhbərlik edərək orada yaşamış, vəfat etdikdən sonra öz xanəgahının yanında dəfn olunmuş və qəbrin üstündə Xond Bikə xatın (ehtimal ki, şeyxin arvadı olmuşdur) türbə-məscid inşa etdirmişdir. Xond Bikə xatın vəfat etdikdən sonra özü də xanəgahın yanında dəfn edilmişdir. Ona məxsus sənduqə tipli xatirə abidəsi hazırda Xanəgahın yanında qalmaqdadır. Xanəgahın ətrafında bərpa işləri aparılarkən torpağın altından 1444–1445, 1491–1492 və 1493-cü illərə aid məzar kitabələri aşkar olunmuşdur. Xanəgah uzun müddət orada fəaliyyət göstərən dərvişlərin yaşayış, ibadət və zikr yeri olmuşdur. Epiqrafik dəlillərdən aydın olur ki, Xanəgah XVIII əsrdə də fəaliyyət göstərmiş və onun üzvləri buradan öz ideyalarını ətraf bölgələrə yaymışlar.

Xanəgah Əlincə qalasının yaxınlığında, kiçik bir meydanda yerləşir. Divarları açıq qəhvəyi rəngdə kərpicdən hörülmüşdür. Birinci məqbərənin yuxarı hissəsinin planı səkkizbucaqlıdır. Məqbərənin yuxarı hissəsi hündürlüyü boyunca iki hissəyə bölünür. Yuxarı hissə aşağı hissəyə nisbətən xeyli kiçik olub, bucaq altında yerləşir. Məqbərənin səkkiztilli örtüyü onun daxili günbəzinin üstündə qurulmuşdur.

Məqbərə quruluşuna görə kvadrata bənzəyir. Tərəflərin uzunluğu orta hesabla 5 metrə bərabərdir. Kvadrat formadan günbəzə keçid künclərdə düzəldilmiş üçcərgəli stalktitli tromplar vasitəsilə yerinə yetirilmişdir. Tromplar səkkizbucaqlıya keçid əmələ gətirir, sonra stalaktitlərin yuxarı cərgəsini təşkil edən dekorativ aşırımlar onaltıbucaqlıya keçməyə imkan verir və o da öz növbəsində günbəzin çevrəsinə keçir. Giriş qapısının hər iki tərəfindəki relyefli mehrab öz gözəlliyi ilə diqqəti cəlb edir. İşlənmə texnikasına görə sənət nümunələri ilə onu Orta Asiya və Cənubi Azərbaycanın gəc üzərində işlənmiş ən yaxşı sənət nümunələri ilə müqayisə edirlər.

İnteryerin sadə fonunda giriş qapısını çərçivəyə almış iki pannonun möhtəşəm relyef oymaları nəzərə çarpır. Onların kompozisiya həlli çox sadədir: dabanları ilə alçaq yarımsütunların kapitellərinə söykənən oxvari tağ onun mərkəzini təşkil edir. Tağ üzərində bitki rəsmləri olan bir neçə zolaqlarla çərçivəyə alınmışdır. Pannonun bütün elementlərini əhatə edən ornamental kompozisiya plastikası (yapağanlıq) memarlıq formalarının aydın cizgilərini bütünlüklə çalarlandırmaqdır.

Pannonun ornamentləri, eləcə də baştağın üstündə yerləşən kitabənin poliqrafiya xüsusiyyətləri türbəni XII əsrin sonu — XIII əsrin əvvəllərinə aid etməyə imkan verir. Üçsətirlik kitabənin dövrümüzə qalan hissəsində türbəni ucaltdıran əmirin adı və tutulu, həmçinin onu tikən ustanın adı qeyd olunmuşdur:

"Bu binanı tikən (memar) Xoca hörmətli və əziz Camal-əl-din" .

XV əsrdə birinci məqbərənin portalı yaxınlığında ikinci bir məqbərə tikilmişdir. Çaydaşından və kobud yonulmuş daşdan hörülmüş, ara-sıra kərpiclə möhkəmləndirilmiş bu tikinti tamamlanmış, bütöv bir bina təsəvvürü yaradır. Onun daxili hissəsi iki sütunla altı hissəyə bölünür. Hissələrin hər birinin üstü kərpic günbəzlərlə örtülmüşdür. Günbəzlərə keçid təşkil edən yelkən formalı hörgü də kərpicdəndir. Cənub tərəfin divarındakı mehrab düzgün olmayan yarımdairəvi formadadır. Alt hissəsindəki yazıda binanın inşa olunma tarixi 1495-ci il olaraq qeyd olunmuşdur.

Məqbərənin inşasında iki inşaat materialından istifadə olunmuşdur: binanın səthi daşdan, daxili isə kərpicdən hörülmüşdür. Sonradan dağılmaması üçün həmin hissəyə daşdan üzlük çəkilmişdir. Üzlük bişmiş, açıq rəngli kərpic plitələrdən istifadə olunaraq çəkilmişdir. Onun kubvari təməlində kiçik və böyük ölçülərdə səkkizvəchli baraban (boyun) yerləşir. Türbənin kiçik həcmini müəyyən bucaq altında döndərilmiş və kürəvi formada olan günbəz qapayır. Bu günbəz ikiqat örtüyün daxili qapanağıdır. Dövrümüzə qədər qalmayan xarici örtük, ehtimal ki, çadır formasında olmuşdur.