Coğrafi mövqeyinə görə Perekop həmişə böyük strateji əhəmiyyətə malik olmuşdur. Bundan əlavə, antik dövrlərdə yaxınlıqda yerləşən duz yataqları səbəbindən zəngin bir ticarət şəhərinə çevrilir. 1-ci əsrdə Ellis Plininin qeydlərində Perekop və Or bərzəxi Tafros adı ilə ətraflı təsvir edilmişdir (qədim yunan dilindən - Perekop). Burada böyük qoruyucu bürcləri olan bir qaladan bəhs olunur. Böyük Plini yunanların Perekopu böyük bir liman şəhərinə çevirmək niyyətləri haqqında yazırdı.

Krım xanlığının dövründə Perekop Krım yarımadasını materikdən qoruyan əsas qala idi.

1600-cü ildə Sareviç Fyodor Borisoviç Qodunov təsviri əsasında tərtib edilmiş 1614-cü ildə Hessel Hieritsin xəritəsində Perekop müasir rus adı ilə göstərilir. Qala (Krım) Ordan (Perekop üzərindəki körpü) yarımadaya bir giriş idi, təkcə Krım deyil, Şimali Qara dəniz və Azov çölləri də xana aid idi. Ancaq tatar-noqaylar orada gəzirdilər. Sürülərin otlanması üçün bir haqq ödəyib Krıma yağ, bal, mal-qara, qoyun, quzu və əsirləri çatdırırdılar.

Perekop valı və qalasının qalıqları indiki Perekop kəndindən 1 km cənubda yerləşir. İlk dəfə Vasili Qolitsın başçılıq etdiyi rus ordusu 1689-cu ildə Krım Kampaniyası zamanı Perekopun divarlarına yaxınlaşdı, lakin hücum baş tutmadı.

Perekopa ilk hücum Kristof Burçard Miniçin komandanlığı altında olan ordu tərəfindən 1736-cı ildə həyata keçirilən kampaniya zamanı baş tutur. Krıma girən ruslar Evpatoriya, Bağçasaray və Ağməscidi işğal etdilər, bundan sonra ordu Perekopa qayıtdı və Krımı tərk edir.

Perekopun ikinci dəfə tutulması 14 iyun 1771-ci ildə (Julian təqviminə görə), sonradan Moskvada general qubernatoru olan knyaz Vasili Mixayloviç Dolqorukov-Krımın komandanlığı altında baş verir. Krımın Rusiya İmperiyası tərəfindən işğalından sonra sonra Perekop, Tavriya əyalətindəki eyni adlı mahalın mərkəzinə çevrildi.

1920-ci ilin yanvar-mart aylarında Rusiyanın Güney Silahlı Qüvvələrinin 3-cü Ordu Korpusunun 4 min döyüşçüsü general Yakov Slaşev Krımı sovet ordusunun iki hücumundan uğurla müdafiə etdir. hansı ki, Sovet ordusunda 40 min döyüşçü var idi. O, əvvəlcə bolşeviklərin Perekopa keçməsinə imkan verir, sonra yenidən döyüşərək, soyuqda Qırmızı Ordunu çöllərə çəkməyə məcbur edir.

1920-ci ilin sonlarında, Qırmızı Ordu Vrangelin başçılığı altında Perekop istehkamlarını vurur. Perekop şəhəri çox dağıntıuya məruz qalır və yer üzündən silinir. Keçmiş vilyət şəhərciyini bərpa etmək qərarı verilsə də, ancaq bir kənd statusunda, 1922-ci ilin dekabrında bərpa edilir. Nəticədə yaxınlıqdakı Perekop kəndi meydana gəlir.