Evpatoriya şəhərinin dəqiq tarixi barədə məlumatlar yoxdur. Əsas məlum olan şəhərin Qədim Yunanıstana məxsus Kerkinitis (yun. Κερκινίτης) adlı koloniyanın üzərində inşa edilməsidir. Eramızdan əvvəl V əsrdə şəhərdə qədim yunan sivilizasiyası mövcud olmuş və bu sivilizasiya uzun müddət davam etmişdir. Pont kralı VI Mitridatın Krımı işğal etməsinin ardından şəhərin adını Eupator formasında dəyişdirmişdir. VII–X əsrlərdə isə şəhər Xəzər xaqanlığının nəzarəti altında qalmışdır. Bu dövrdə şəhərin adı yenidən dəyişdirilərək Güsliev (türk. Güzel ev) olaraq adlandırılmışdır. Sonrakı dövrlərdə şəhər ardıcıl olaraq Qıpçaqların, Monqol İmperiyasının və Krım xanlığının tərkibinə daxil olmuşdur.

Krım xanlığı dönəmində Krım tatarları tərəfindən Kezlev olaraq alandırılan şəhər, Osmanlılar tərəfindən Gözleve olaraq adlandırılmışdır. 1954-cü ildə Krımın Rusiya Sovet Federativ Sosialist Respublikasının tərkibindən çıxarılaraq Ukrayna Sovet Sosialist Respublikasına verilməsi nəticəsində şəhər növbəti dəfə əl dəyişdirmişdir. Ukrayna 1991-ci ildə müstəqilliyini ikinci dəfə elan edən zaman Krım yarımadası Krım Muxtar Respublikası formasında Ukrayanın ərazisinə daxil olmuşdur. 2014-cü ildə Rusiya ilə Ukrayna arasında şiddətlənən siyasi və hərbi münaqişənin ardından referendum keçirilmiş və muxtar vilayət Rusiyaya birləşdirilmişdir. Hal-hazırda Evpatoriyanında daxil olduğu Krımın bütün şəhər və əraziləri de-jure olaraq Ukraynanın ərazisi hesab edilsədə, de-facto Rusiyanın nəzarəti altındadır.

Qardaşlaşmış şəhərlər

• Evpatoriyski burnu