Patogen (yun. παθογένεια ← πάθος "əzab" + γενετική "yaradan") — istənilən mikroorqanizm (göbələklər, viruslar, bakteriyalar və d.), həm də başqa canlı varlıqda xəstəlik törədən, patoloji xarakter daşıya bilən zülal — priondur. Daha ümumi halda, patogen hər hansı bir orqanizm sisteminə zərər verə bilən və ya hər hansı bir xəstəliyin inkişafına səbəb ola biləcək hər hansı bir ekoloji amil kimi başa düşülür. Patogen mikroorqanizmlər öz sahibinə münasibətdə parazitlik edən mikroorqanizmlərdir (xüsusilə heyvanlarda bakteriyalar, bitkilərdə göbələklər).

"Patogen" termini 1880-ci illərdə istifadəyə verilmişdir. Ümumiyyətlə, bu termin virus, bakteriya, protozoy, prion, viroid və ya göbələk kimi yoluxucu mikroorqanizm və ya agenti təsvir etmək üçün istifadə olunur. Bəzi qurdlar və həşərat sürfələri kimi kiçik heyvanlar da xəstəliyə səbəb ola bilər. Bununla belə, bu canlılara bir qayda olaraq, patogen deyil, parazit deyilir. Mikroskopik orqanizmlərin, o cümlədən mikroskopik patogen orqanizmlərin elmi tədqiqi ilə mikrobiologiya məşğul olur. Bu patogenləri cəlb edə bilən xəstəliklərin öyrənilməsiylə isə patologiya məşğul olur. Parazitologiya — parazitlər və onların tərkibində olan orqanizmlər haqqında elmi tədqiqatdır.

Patogenlərin orqanizmə mənfi təsiri müxtəlif mexanizmlər vasitəsilə (toxumaların məhv edilməsi, tənzimləmə mexanizmlərinin pozulması və ya digər yollar) əldə edilə bilər ki, bu da intoksikasiyaya səbəb olur. Yoluxucu patogen mikroorqanizmlərin mənfi təsiri adətən onların orqanizmdə çoxalması və onların metabolik məhsullarının ev sahibinə təsiri ilə əlaqələndirilir. Yoluxucu patogenlər adətən müxtəlif ev sahibləri arasında miqrasiya qabiliyyətinə malikdirlər, yəni ev sahibi əhali içərisində yoluxucu xəstəliyə səbəb olurlar.