Pərixan Sultan 3 avqust 1548-ci ildə Əhərdə doğulmuşdur. Hələ 1558-ci ildə əmisioğlu Sultan Bədiüzzaman Mirzə ilə nişanlandırılmışıdır. Atasının ən sevdiyi qızı olub, ən yaxın məsləhətçilərindən idi. Bibisi Məhinbanu Sultandan xüsusi təlim, tərbiyə almış onun 'Naibə'lik varisi olmuşdur. Bu sayədə də çoxlu nüfuz əldə etmişdir.İsgəndər bəy Münşi, onun haqqında deyir:

Atasının ölüm ayağında qardaşlarından İsmayılın tərəfini tuturdu. Rumlu, Əfşar və Qacar tayfaları da onun tərəfində idi:

Təhmasibin ölümündən sonra İsmayıl hələ də Qəhqəhə qalasında olduğu üçün 14 may 1576-cı ildə Heydər mirzə hakimiyyəti ələ keçirdi. Təhlükəli vəziyyəti görən Pərixan xanım Heydərlə mülayim davranmağa səy göstərsə də, əslində ona plan hazırlamışdı… Heydər mirzə ona inandığı üçün qardaşı Süleyman mirzə və Pərixan Sultanın dayısı-Şamxal Sultana saraydan getməyə icazə verdi. Lakin Pərixan bilirdi ki, Heydər Mirzə və fəsad anası-Gürcü qızı Tinatin onu və qardaş, bacılarını sarayda sağ qoymayacaq. Bu səbəbdən fürsətdən istifadə edən Pərixan xanım dayısına sarayın əsas qapısının açarını verdi. Şamxal sultan çərkəzlərdən ibarət 300 nəfərlik şəxsi heyəti ilə Heydər Mirzəni öldürdü. Taxt yolu II İsmayıl üçün artıq açılmışdı. Pərixan Sultan Heydərin ölümünü istəmirdi, lakin özü də istəmədən bu ölmə şahid olmuşdu. Özünü saraya yetirsə də, artıq Heydər Mirzənin kəlləsi alınmış, iş-işdən keçmişdi. Anası-Sultanağa Sultan da qardaşı-Şamxal Sultanın bu işinə görə şillə vurmuş, onu saraydan qovmuşdu. Və bundan sonra Pərixan Sultanın dərin mənəvi böhran dövrü başlamışdı.

İsmayılın Qəhqəhədən paytaxta gəlməsinə qədər olan müddətdə Pərixan Sultan hakimiyyəti əlinə almışdı. 23 may 1576-cı ildə İsmayılın adına xütbə oxutdurmuşdu. 4 iyun 1576-cı ilədək hələ də hakimiyyət onun əlində idi.

Yeni şah taxta çıxandan sonra Pərixan Sultanın gücündən çəkinməyə başlamışdı. Onu min bir əziyyətlə taxta çıxardan Pərixanı özünə təhdid sayırdı. Hətta İsmayıl bir dəfə belə bəhanə gətirərək demişdi:

Şah, çox keçmədən bütün əyanların Pərixan Sultanın sarayına girməsinə qadağa qoydu və özü də Sultanın onunla görüş istəklərinə məhdudiyyət qoymağa başladı. Az müddətdən sonra Şah, zövcəsinin də təhriki ilə anasından başqa bütün qohumlarının əsas saraya girməsinə qadağa, onların şəxsi xəzinəsinə və qulamlarına isə əl qoydu. Daha sonra təzə şah xənədanda bir yenilik edib, ata-babasından fərqlilik gətirib, bir çox qohumlarını, hətta onların övladlarını günahsız və durduq yerə öldürməyə başladı. O cümlədən Pərixan xanımın qardaşlarını, onlardan biri də Şahzadə Süleyman Mirzə idi. Həmçinin Sultanın nişanlısını və şahın öz əmisioğlu Bədiüzzaman mirzə də öldürülmüşdü. Bacısı-Gövhər Sultanın həyat yoldaşı, özünün naibi, ən əsası əmisioğlu Şahzadə İbrahim Mirzənin öldürülməsi, Gövhər Sultanın bu nailədən vəfat etməsi Pərixan Sultan üçün "həyat faciəsi" demək idi. Bu işdə isə Şahın zövcəsi Peykər Sultan ilə yanaşı anasının da rolu böyük idi. Bir dəfəsində bu edamlardan sonra Pərixan Sultan Şah'a belə demişdi:"And olsun ki, Şah, bu edam, qətillərlə nə bu xənədan (dövlət) irəli gedəcək, nədəki sən". Burada Pərixan Sultanın qardaşına "Şah"-deyə müraciət etməsi vəziyyətin kökdən dəyişdiyini, Pərixanla İsmayıl arasında yaxınlığın qalmadığını görürük. Xənədan qətilləridən çox keçmədi ki, Səfəvi xənədanının "ölüm mələyi"-II İsmayıl özü də qətlə yetirildi."Pərixan Sultan dövləti və xənədanı üçün hətta doğma qardaşlarından çox sevdiyi, ümid bəslədiyi, xəyalındakı o mərd, igid sərkərdəni, özü taxta gətirdiyi kimi də taxdan saldı".

Şah İsmayılın öldürülməsindən sonra Pərixan Sultan əsas hakimiyyəti əlinə almışdı:

Vəli sultan Zülqədər Məhəmməd Xudabəndənin hakimiyyətə gəlməyini istəmirdi və 8 aylıq oğlu Şücaəddin Məhəmmədi (dolayısı ilə Pərixan xanımı) dəstəkləyirdi . Pərixan xanım isə şahzadə Məhəmməd paytaxta gələnəcən qəyyum olacağını bildirmişdi. Pərixan xanım onun hakimiyyətini sorğulayan, qadınlığını aşağılayan bir çox kişiləri meydanda edam etdirmiş və tikə-tikə edib Qəzvin sarayının 4 bir yanına ibrətə buraxmışdır. Vəli sultanın da danışıqlarına əhəmiyyət verməyərək öz adına da sikkə basdırmışdı. Pərixan xanım ilk iş olaraq qardaşının həbs etdirdiyi önəmli şəxsləri həbsdən azad etdirdi. Lakin bu dəfə də Məhdi Ülya və Pərixan arasında problem yarandı. Belə ki, vəzir Mirzə Salman əsas gücün Pərixan xanımda olacağı barədə onu məlumatlandırmışdı. Bununla belə şahın taxta çıxması mərasimində Məhdi Ülya Pərixan Sultana təzim etmişdi. Hakimiyyəti ələ alsa da, Pərixan Sultan kədərlərə qərq olmuşdu iki qardaşının ölümünə bais olduğunu unuda bilmirdi. Bu, onun anasını da çox narahat edirdi. Qızı-Pərixan Sultan "sanki günbəgün çiçək kimi solurdu".

Şah Məhəmməd taxta çıxandan sonra Pərixan Sultana, dayısına, qardaşı evladına və digərlərinə toxunmayacağını desə də,12 fevral 1578-ci ildə Şamxal sultanı bir qrup əfşar tərəfindən hiylə ilə şəhərdən çıxardaraq öldürtdü. Pərixan Sultan özü bir neçə saat sonra bel bağladığı adamlardan, onu sevənlərdən biri olan Xəlil xan Əfşar tərəfindən Məhdi Ülyanın əmri ilə boğduruldu. II İsmayılın bir yaşlı oğlu Şahzadə Şücaəddin Məhəmməd də eyni gün öldürüldü. Beləliklə, Məhdi Ülya Sultan həm mərhum oğlu-Şahzadə Həsənin intiqamını aldı, həm də ona və ailəsinə təhdid olan adamları aradan götürdü və öz "hakimiyyətini" başlatdı.

Anası Şamxal sultanın bacısı-Sultanağa Sultandır. Əmisioğlu Bədiüzzaman Mirzə ilə evlənmişdir. Qardaşı- Şahzadə Süleyman mirzə 1576-cı ildə öldürülmüşdür.