1947-ciildə Britaniya Hindistanının bölünməsindən sonra Nepal Hind İttifaqı ilə diplomatik əlaqələr qurur. Ancaq eyni addımlar Pakistan dominonunaqarşı atılmır. 1950-ci ildə hepal Hindistanla sülh və Dopstluq haqqında müqavilə imzalayır. Müqavilədə iqtisadi, strateji və müdafiə istiqamətli geniş əlaqələrin qurulması öz əksini tapırdı. Bununlada Nepal Pakistandan Hind-Pakistan münaqişəsi zamanı məısafə saxlamalı olur. Bir müddət sonra Nepalda hind təsririnin artması səbəbi ilə Çin Xalq Respublikası ilə ikitərəfli münasibətlər qurulur. 29 mart 1960-cı ildə Nepalla Pakistan arasında ilk diplomatik əlaqələr qurulur. 1972-ci ildə Nepal tərəfindən Banqladeşin müstəqilliyinin ponunda iki tərəfli əlaqələr kəsilir. Bir müddət sonra isə yenidən bərpa edilir. 1962-ci ildə nepal Pakistanda öz səfirliyini açır, 1975-ci ildə isə Kəraçidə konsulluq açılır.

1963-cü ildə tıərəflər səfir dəyişdirilməsi həyata keçirirlər. Bundan sonra Pakistan Prezidenti Nepala ilk rəsmi səfərini gerçəkləşdirir. Görüş zammanı hər iki ölkənin lideri daha əlverişli istisadi əlaqələrin qurulması barədə razılığa gəlirlər. 1963-cüe ildə hər iki ölkə mallar üzərinə qoyulan əlavə dəyərt vergisinin ləğvi, Şərqi Pakistannın Çittaqonq limanı vastəsi ilə Nepala nəqliyyat vastələrinin çatdırılması və hava əlaqələrinin qurulması barədə razılığa gəlirlər. Bu addımlar Nepalın Hindistandanm iqtisadi asıllığını azaltmağa yardım edir. Üçüncü Hindistan-Pakistan müharibəsi Nepal neytarallıq göstərsə də Banqladeşio tanıyan ilk ölkələrdən olmuşdur. Bundan sonra Pakistan Nepalla diplomatik əlaqələri kəsmişdir.

19 oktyabr 1962-ci ildə iki ölkə arasında iqtisadi əməkdaşlıq sahəsində müqavilə imzalanır. 1982-ci ildə ikinci müqavilıə də imzalanmılşdır. Bununla belə iki ölkə arasında ticarət dövriyyəsi 4,8 mln dollar olaraq alır. Nepaldan Pakistan 1,631 mln, Pakistandan Nepala isə 3,166 mln dollar dəyərində mal ixrac edilir. Son illlər iki ölkə iki tərəfli ticarətdə, əsasən tekstil, neft hasilatı və turizm sahəsində sıx əməkdaşlıq edir. Pakistan Nepala 5 milyon dollar dəyərində kretit təklif etmişdir. Hər iki ölkə Cənubi Asiya iqtisadi birliyinin üzvüdür.

Son zamanlar iki ölkə hərbi sahədə əməkdaşlıq edir. 2004-cü ildən Nepal ABŞ, Böyük Britaniya və Hindistan tərəfindən demokratiyanın boğulmasında ittiham edilir. Bundan sonra Nepal Pakistan və Çinblə hərbi əməkfdaşlığa meyl edsir. Aldığı silahları maoçulara qarşı mübarizədə istifadə edir.

2009-cu ilin fevralında Nepal və Pakistan turizm sahəsində anlaşma imzalamışlar. Bu anlaşmada hər iki ölkənin turizm və arxeologiya sahəsində əməkdaşlığı nəzərdə tutulur. Müştərək turizm şirkətlərinin təşkili, təcrübənin bölüşülməsi, qarşılılqlı turizm informasiyalarının mübadiləsi, investisiya sahəsində əməkdaşlıqlar planlaşdırılır. Hər il Pakistandan 5 milyon turist Nerpalı ziyarət edir.