Azərbaycan dilində morfofonologiyanın ən mühüm cəhətlərindən biri sait ahəngidir. Bu, sözün kökündəki saitlərin cəmləşdiyi tipə uyğun olaraq şəkilçidə də oxşar saitlərin işlənməsini təmin edir. Saitlər ön (incə) və arxa (qalın) olmaqla iki qrupa bölünür: Qalın saitlər: a, ı, o, u İncə saitlər: e, ə, i, ö, ü Şəkilçilər sait ahənginə uyğun olaraq dəyişir. Məsələn: Ev → Evlər Kitab → Kitablar Burada şəkilçilərin sait ahəngi qaydasına görə dəyişməsi morfofonoloji bir hadisədir.

Azərbaycan dilində morfofonoloji hadisələrə həm də bəzi samitlərin şəkilçi əlavə edilərkən dəyişməsi daxildir. Bu proseslərə aşağıdakılar aiddir:

Bəzi sözlərə şəkilçi əlavə edilərkən, zəif samitlər daha möhkəm səsə çevrilir. Bu, əsasən qrammatik morfemlərin fonoloji uyğunlaşmasını təmin etmək üçün baş verir. Məsələn: Kitab + ı → Kitabı (b samiti olduğu kimi qalır, zəifləmir) Dəftər + i → Dəftəri (dəyişiklik olmur, ahəngdarlıq təmin olunur)

Azərbaycan dilində bəzi sözlərə şəkilçi əlavə edilərkən, kökdəki samitlər dəyişə bilir. Bu, əsasən morfemlərin tələffüzünü asanlaşdırmaq məqsədilə olur. Misal üçün: Qar + ı → Qarı Çiçək + i → Çiçəyi ("k" səsi "y" səsinə çevrilir)

Assimilyasiya, səsin qonşu səslərə uyğun dəyişməsidir. Azərbaycan dilində bu proses əsasən samitlərdə müşahidə edilir. Məsələn: Kitab + da → Kitabda ("b" ilə "d" uyumlu olduğu üçün assimilyasiya yoxdur). Əl + də → Əldə ("l" samiti ilə "d" samiti bir-birinə uyğun olur) Bu hadisələr səs uyğunlaşmasının morfofonoloji əsaslarını təşkil edir.

Bəzi morfofonoloji qaydalar nəticəsində saitlərin düşməsi də baş verə bilər. Saitlər müəyyən morfemlərdə zəifləyir və fonoloji baxımdan tələffüzü yüngülləşdirmək üçün aradan qaldırılır: Oyna + r → Oynar(aralıq sait düşür) Azərbaycan dilində morfofonologiya dilin fonoloji uyğunluq qaydalarını təşkil edir və ahəngdarlıq, səs uyğunluğu kimi prinsipləri təmin edir. Sait ahəngi, samit dəyişiklikləri və assimilyasiya bu sahənin əsas hissələridir. Bu proseslər dilin axıcılığını qorumaq və sözlər arasında harmoniyanı təmin etmək üçün işləyir.