Yuqoslaviya Federativ Respublikası qurulduqdan Serbiyadakı hakimiyyət Slobodan Miloşeviçin əlində idi. Monteneqroda onun ortağı Momir Bulatoviç prezident olur. Lakin, sonra Bulatoviç Monteneqronun ayrılması və müstəqillik elanına yoluna başlayır. İtaliya Monteneqroun Yuqoslaviyadan çıxacağı təqdirdə Avropa Birliyinə sürətli çıxış imkanı təklif edir. Lakin sonda Bulatoviç yenilənmiş Yuqoslaviyaya qoşulmaq qərarına gəlir. Eyni zamanda Monteneqro kommunist ideologiyasından əl çəkir və demokratik çevrilmə yoluna başlayır. 1992-ci ildə Respublikasının paytaxtına tarixi olan Titoqrad əvvəlki adına qaytarılır - Podqoritsa. Kommunist bayrağı və gerbi ənənəvi Monteneqrin üçrəngli və ikibaşlı qartal ilə əvəz olunur. Keçmiş Yuqoslaviya respublikalarından yalnız Monteneqro Yuqoslaviyanın bir hissəsi olaraq qalır. Bu Yuqoslaviyanın dənizə çıxışı təmin etməyə imkan verirdi. Bununla birlikdə Monteneqro millətçilərinin bir hissəsinin müstəqillik istəyi Monteneqro cəmiyyətində tədricən populyarlıq qazanırdı.

1998-ci ildə Bulatoviç istefa verir və Monteneqronun müstəqilliyinin qızğın tərəfdarı olan Milo Djukanovic Monteneqronun yeni prezidenti oldu. 1990-cı illərin sonlarında, Slobodan Miloseviçin müttəfiqi olan Monteneqron lideri Milo Cukanoviç, dərhal beynəlxalq birliyi və Serb müxalifətini öz tərəfinə çəkən onun əlçatmaz rəqibinə çevrildi. Cukanoviç əvvəlcə Miloseviçden Monteneqronun müstəqil xarici siyasət hüququ təmin etməsini tələb və sonradan məqsədini tam müstəqillik olaraq təyin edir. Sonra Avropa Birliyi onun qanuni müstəqillik əldə etməsinə mane oldu. 2000-ci ildə Monteneqro Alman markasına keçir və 2002-ci ilin yanvar ayından etibarən avro ölkənin rəsmi pul vahidi olur.

Serbiyadakı Buldozer İnqilabından və Serbiya Prezidenti Miloseviçin devrilməsindən sonra Cukanoviç, Monteneqro rəhbərliyi Yuqoslaviya Federativ Respublikasının ləğvini, konfederasiya qurulmasını tələb etməyə başladı.

2003-cü ildə Serbiya və Monteneqro Dövlət Birliyi quruuldu. Serbiya və Monteneqro Dövlət Birliyi Xavier Solananın fəal iştirakı ilə Avropa Birliyinin güclü təzyiqi altında qurulur. Yeni federasiyanın Konstitusiya Nizamnaməsinə əsasən, onun qanunverici məclisinə seçkilər 2005-ci ilin fevral ayında keçirilməli idi və 2006-cı ildən etibarən tərkibindəki üzv dövlətlər müstəqillik referendumu hüququ əldə edirdilər.

2006-cı ildə Monteneqro hökuməti Monteneqronun müstəqilliyinin elan edilməsi ilə nəticələnən müstəqillik haqqında referendum keçirdi. Müstəqillikdən sonra Monteneqro beynəlxalq münasibətlərini yenidən qurmağa başladı.