Qazı Əyyubi İbrahim Əfəndinin oğludur. Doğum tarixi və təhsili haqqında yetərli məlumat yoxdur. Mədrəsə təhsilini tamamladıqdan sonra dövrün şeyxülislamı Minkarizadə Yəhya Əfəndidən dərslər aldı. Eyni zamanda şeyxülislamın məktubçusu olaraq da xidmət etmişdir. 1667-ci ildə Molla Krımi mədrəsəsinə müdərris olaraq təyin edildi və 1685-ci ilədək fərqli mədrəsələrdə dərs verdi. Dərin din bilgisi səbəbilə fərqli vaxtlarda 3 dəfə fətva əminliyinə gətirilmişdir. Eyni zamanda 1686-cı ildə Yenişəhər, 1690-cı ildə Dəməşq və 1695-ci ildə İstanbul qazısı təyin edildi. 1702-ci ildə Anadolu başqazısı, 1706 və 1712-ci illərdə isə iki dəfə Rumeli başqazısı seçildi.

Bu əsnada ruslarla döyüşdə məğlub olan İsveç kralı Osmanlıya sığınmış, bu məsələdə şeyxülislam Əbəzadə Əfəndi olduqca kəskin mövqe tutmuşdur. Hətta kralın dərhal Salonikidə həbs edilməsi barədə Sultan Əhmədi razı salmaq niyyətində idi. Ancaq Sultan Əhməd bununla razılaşmadı və özüylə həmfikir olan Rumeli başqazısı Mehmed Əfəndini sədrəzəmlə birlikdə hüzuruna çağırdı. Sultanın hüzurunda Mehmed Əfəndiyə möhür verilərək şeyxülislamlığa gətirildi (14 mart 1713).

Vəzifəyə gəldikdən sonra Bolu, Maraş və Bursa yaxınlığındakı bir çox ərazilər şeyxülislama iqta olaraq verildi. Ancaq vəzifədə ikən üləma zümrəsinə məxsus vəzifələrin rüşvətlə satılması barədə şaiyələr yayılmış, dövrün sədrəzəmi olan məsələylə bağlı gizli bir araşdırma aparmışdır. Nəticədə yaşlı şeyxülislamın bu məsələdə ehmalkar olduğu görüldü və 20 may 1713-cü ildə vəzifədən alındı. Vəzifədən alındıqdan sonra Maraş bölgəsindəki mülkləri də əlindən alındı. Rumeli hasarındakı köşkünə çəkilən Mehmed Əfəndi yanına gələnlərə dövlət adamlarını pisləməsi səbəb göstərilərək Sultan Əhməddən alınan xüsusi fərmanla Sinopa sürgün edildi. Ancaq yolda ikən çıxan fırtına səbəbilə gəmisi batmış, güclüklə xilas edilən sabiq şeyxülislam Boludakı mülkünə aparıldı və burada qalmasına icazə verildi. 2 avqust 1715-ci ildə burada vəfat etdi və cənazəsi Boludakı Şəmsi Paşa məscidinin həyətinə dəfn edildi.

• Silâhdar, Nusretnâme (haz. İsmet Parmaksızoğlu), İstanbul 1969, II/2, s. 212, 218, 232, 238, 294–295, 306, 310, 315, 317, 324–326;
• Şeyhî, Vekāyiu’l-fuzalâ, II, 372–374;
• Râşid, Târih, III, 131, 154, 209, 236;
• Devhatü’l-meşâyih, s. 82;
• Sicill-i Osmânî, III, 475–476;
• İlmiyye Salnâmesi, s. 501;
• Uzunçarşılı, Osmanlı Tarihi, IV/2, s. 459–460;
• Orhan F. Köprülü, "İlm-i Nücûma Âid Bir Risalenin Tarihî Kaynak Olarak Ehemmiyeti", TD, sy. 2 (1950), s. 313–314.