Livan Marunilərinin tarixi IV əsrin sonlarında, bir qrup şagirdin Müqəddəs Marun ətrafında toplandığı vaxtdan başlayır. Daha sonra Hələbdən Əntakiyəyə qədər bir yolda bir monastır inşa etdilər. V–VI əsrlərdə Mübarək Kirskinin Teodoretinin teoloji məktəbini qurduğu monastır, Xalkidon Kilsə Məclisinin xristologiya təlimini dəstəkləyərək Monofizitlərə və Miafizitlərə qətiyyətlə qarşı çıxdı. 517-ci ildə monastır qardaşları Monofizit təlimini rədd etdikləri Papa Gormizdə xüsusi bir mesaj göndərdilər. Buna görə qardaşlar V Ümumdünya Kilsə Məclisini tanımadılar. Ancaq V. V. Bolotova görə, qədim zamanlardan bəri rahiblər Məsihin vahid iradəsi təlimini tanıyırdılar və buna görə də Marunilər təkallahlığı dəstəklədilər.

VII əsrin sonunda, Ərəblərin istilası ilə əlaqədar olaraq, Marunilər Konstantinopolla əlaqələrini kəsdilər, bu da VI Ümumdünya Kilsə Məclisində təlimlərini pislədi və buna görə 687-ci ildə öz patriarxları Marunu seçdilər. Maruni kilsəsi üçün bir sıra mühüm yazıların yanında Maruni ayin ayininin ayinidir. Öz patriarxının seçilməsi Maruniler və Bizans ilə onu dəstəkləyən Melkit Katoliklər və Süryani ortodoks arasında bir qarşıdurmaya səbəb oldu. 694-cü ildə Bizans qoşunları Müqəddəs Maruni, bir çox Maruni rahibini öldürərkən.

VIII əsrin əvvəllərində aramsız təqiblərə görə Maruni rahibləri bir qrup ardıcılları ilə birlikdə dağlıq Livanın uzaq bir bölgəsinə köçdü və burada nisbi təcriddə bir neçə əsr boyu mövcud oldular. Məhz bu dövrdə özlərini xüsusi bir Kilsə kimi qavramış və yepiskoplarını Əntakiyə və bütün Şərqin patriarxı adlandırmağa başlamışlar.

Əntakiyə knyazlığının xaçlılar tərəfindən qurulduğu Xll əsrdə Marunilər Latın Kilsəsi ilə təmasda oldular. Marunilər, Tərabülüsün mühasirəsi dövründə Toulouse VI Raymund'a fəal dəstək verdilər. 1182-ci ildə Marunilər rəsmi olaraq Roma ilə birliklərini təsdiqlədilər, lakin əksər Marunilər, Roma Kilsəsi ilə ünsiyyəti heç vaxt kəsmədiklərinə inanırlar. Xaçlılarla təmaslardan əvvəl Marunilərin Monotelit olduğuna dair bir fikir var, bununla belə Marunilərin özləri tərəfindən təkzib edilir, ya bunu inkar edir, ya da VI Ümumdünya Kilsə Məclisində islah olunmayan Məsihin insan iradəsini könüllü olaraq istədiyini inanan Maksim Etirafçı tərəfdarları olduqlarını israr edirlər və itaət etmək əvəzinə onun ilahi iradəsi. Hər halda, 1182-ci ildən bəri Marunilərin ortodoksal Xristologiya tətbiq etdiyinə şübhə yoxdur.

Patriarx I Jeremiah Al-Amshitti (1199–1230) 1215-ci ildə Dördüncü lateran məclisində iştirak etdiyi Romanı ziyarət edən ilk Maruni patriarxı oldu. Bu səfər, Roma ilə sıx əlaqələrin başlanğıcını və Kilsənin Latınlaşma meylini göstərdi. Maruni mühacirləri Kiprdə (XII əsr), Rodosda (XIV əsr) və Maltada meydana çıxdı.

XVI əsrdə türklər Marunilərin vətənini fəth etdilər və uzun bir Osmanlı hakimiyyəti dövrü başladı. XVI əsrin sonunda, Maruni patriarxları Trento Kilsə Məclisinin qərarlarının kilsə həyatına daxil edildiyi və məclis qismən Latınlaşdırıldığı bir çox sinod topladı. 1584-cü ildə Romada Maruni Kilsəsinin bir çox görkəmli nümayəndələrini yetişdirən və Qərbdəki Maruni irsinin daha dərindən başa düşülməsinə kömək edən Maruni Kolleci quruldu. 1606-cı ildə, Maruni Kilsəsində Gregorian təqvimi tətbiq edildi.

1736-cı ildə bu Kilsənin əsas məclisi mühüm islahatlar aparan Livan dağında toplandı. Məşhur şərqşünas Cuzeppe Assemani Papanın mirası idi. Kilsə məclisi, Maruni Kilsəsinin bir sıra kanonlarını qəbul etdi, buna görə kilsə ilk dəfə piskoposluğa bölündü, kilsə həyatının qaydaları quruldu, əsasları bu günə qədər gəlib çatdı. XIX əsrin əvvəllərindən bəri Qərb dövlətləri, xüsusilə Fransa, Osmanlı İmperiyasının bir hissəsi olan Maruniləri dəstəkləməyə başladılar. Dürzilərin 1860-cı ildə Türk hakimiyyəti ilə ittifaqda törətdikləri Maruni qırğını Fransızların silahlı istilasına səbəb oldu. Birinci Dünya Müharibəsindən sonra Livan və Suriya Fransanın nəzarətinə keçdi.

1944-cü ildə Fransa Livana tam müstəqillik verdi. "Milli Pakt" adlanan şifahi bir razılaşmaya görə, ölkənin prezidenti vəzifəsi və əyalətdəki bir sıra əsas vəzifələr Maruni icmasının nümayəndələrinə həvalə edildi. Bununla birlikdə, 1975-ci ildə Livanda başlayan vətəndaş müharibəsi, cəmiyyətin gələcəyinin problemli olduğunu tapdı. Təxminən bir milyon Maruni Livandan ayrılıb Qərbdə yerləşdi.

1790-cı ildən bəri, Maruni Patriarxının kreslosu Beyrutdan 25 mil məsafədə Bkirki'də idi.