Qüds — St. Jean (Əziz Yuhanna) Kilsəsi yaxınlığında dini dəstək məqsədli xəstə hacıların müalicəsi üçün yaranan xəstəxananın təkmilləşməsi yaranmışdır. 1099-cu ildə Səlib yürüşü nəticəsində Qüdsün fəth olunmasından sonra xəstəxananın baş rahibi Gerard Qüdsdəki fəaliyyətlərini daha da genişləndirdi. Provence'larla İtalyanların Fələstin yolu üstündəki şəhərlərində məntəqələr qurdurdu. Xəstəxanada müalicə olan bəzi cəngavərlər öz mallarının bir hissəsini bura hədiyyə etdilər. Bəziləri isə Qüdsdə qalaraq xəstəxanada xidmət etməyə başladılar. Beləliklə zənginləşən xəstəxana xəstə və yoxsullara xidmət göstərdiyi kimi, Müsəlmanlara qarşı müharibədə güclü bir qurum halını aldı. 1291-ci ildə Akka'nın yıxılması və Səlib krallıqlarının ortadan qalxmasından sonra, məzhəb üzvləri bir gün yenə fəth etmək ümidi ilə Fələstinə yaxın ola bilmək üçün Kiprdə yerləşib səlib döyüşçülərinə və xəstələrə burada köməklik göstərməyə qərar verdilər.

1309'da Rodosu ələ keçirən təriqət burada bir xəstəxana yaradaraq adanı müstəqil dövlət kimi idarə etməyə başladı. Şərqi Aralıq dənizində güclü bir donanmaya sahib oldular. 1522-ci ildə Osmanlılar Rodosu fəth etdilər, ancaq 1530-cu ildə Müqəddəs Roma-Alman imperiyasının imperatoru V Karl Malta adasını təriqətə bağışladı. Cəngavərlər Osmanlı hücumlarına qarşı çıxdıqca donanmalarını daha da gücləndirdilər və inkişaf etmiş bir xəstəxana qurdular. Təriqətin ən parlaq dönəmi də bu illər sayılır. Osmanlı təhdidinin azaldığı 17–18-ci əsrlərdə təriqət yavaş-yavaş zəifləməyə başladı. 1798-ci ildə Malta adası Napoleon Bonapartın əlinə keçdi və təriqətin mərkəzi 1834-cü ildə Romaya köçürüldü.

Malta təriqəti, günümüzdə suveren bir dövlətdən kənar bir aktyor rolundadır. Birləşmiş Millətlər Təşkilatına müşahidəçi qismində qatıla bilən təriqətin özlərinə xas torpaqları yoxdur. Özünü tərəfsiz və humanist bir yardım qurumu olaraq tanıdan təriqətin 104 ölkə ilə diplomatik əlaqəsi vardır. Bir çox ölkə cəngavərlərə diplomatik toxunulmazlıq və üstünlük vermişdir.