Birinci Dünya müharibəsində Böyük Britaniya müttəfiqi Yaponiyadan Aralıq dənizindəki donanması üçün dəstək istəmişdir. Britaniyanın xahişini yerinə yetirən Yaponiya 1917-ci ildə yaradılması və Aralıq dənizinə göndərilməsi barədə qərar qəbul etmişdir. Səkkiz esmines – "", "", "", "", "", "", "", "" və "" kayserindən təşkil olunmuş, admiral Sato Kozonun komandanlıq etdiyi flotiliya 16 aprel 1917-ci ildə müttəfiqlərin Aralıq dənizindəki bazalarından biri olan Maltaya çatmışdır.

İkinci Xüsusi Eskadranın başlıca vəzifəsi Aralıq dənizində müttəfiqlərə məxsus gəmiləri müşayiət etmək və Maltanı almanların sualtı qayıqlarından qorumaq olmuşdur. 1917-ci ilin iyununda "", "", "" və "" esminesləri, eləcə də, "" kayseri Yaponiyanın Malta eskadrasına qoşulmuşdur. Eskadra son missiyasını 10 aprel 1919-cu ildə yerinə yetirmiş, 15 mayda Maltanı tərk etmişdir. Malta qubernatoru yaponların fəaliyyətini müsbət dəyərləndirmişdir.

Yaponiyanın Maltadakı itkilərinin çoxu qəzalar nəticəsində baş vermişdir. Lakin 11 iyun 1917-ci ildə "Sakaki" gəmisinin Avstriya tərəfindən torpedo ilə vurulması nəticəsində gəmi kapitanı daxil olmaqla 68 yapon dənizçi ölmüşdür. Hadisədə həlak olan yaponlar Maltada yerləşən dəfn olunmuşdurlar. Kalkara qəbiristianlığında ümumilikdə 78 yapon dənizçinin qəbri yerləşir. Yaponiya şahzadəsi Hirohito 1921-ci ilin aprelində Maltaya səfər etmiş və Kalkara qəbiristanlığını ziyarət etmişdir.

Malta Böyük Britaniyadan müstəqilliyini 1964-cü ildə elan etmişdir. Yaponiya ilə Malta arasında diplomatik əlaqələr 15 iyul 1965-ci ildə qurulmuşdur.

Malta baş naziri 1990-cı ildə Yaponiyaya səfər etmişdir. 2017-ci ilin mayında Şinzo Abe Maltaya səfər etmiş ilk Yaponiya baş naziri olmuş, Malta baş naziri ilə görüşmüşdür.

28 sentyabr 2020-ci ildə Maltanın Tokioda səfirliyi açılmışdır. Maltanın Yaponiyadakı ilk daimi səfiri Andre Spiteri olmuşdur. 1 yanvar 2024-cü ildə şəhərində Yaponiyanın Malta səfirliyi açılmışdır.

Malta şairi və 1976–1981-ci illərdə Maltanın prezidenti olmuş hayku və tankalar yazmış, 1968-ci ildə "Kimonolu muza" adlı əsər nəşr etdirmişdir.

2010-cu ildən etibarən Malta Universitetinin Dil Məktəbində yapon dili dərsləri təşkil olunur.