Məhəmməd bəy ilk təhsilini Samuxda öz ailəsində alıb. O, 7 yaşınadək rusca bir söz belə bilməyib, ancaq atası təxminən 1877-də onu Tiflisə oxumağa göndərib və bundan sonra o, ruscanı mənimsəyib. Tiflisdə olarkən Məhəmməd bəyin, Şahmalıyevlər ailəsinin çox yaxın dostu knyaz Orbelianinin himayəsi altında olduğu güman edilir.

1891-ci ildə Tiflis klassik gimnaziyasını bitirən Məhəmməd bəy Novorossiysk Universitetinin Hüquq fakültəsinə daxil olmuşdur. O, bu universitetdə yaradılmış Azərbaycan Həmyerlilər Təşkilatının başçılarından biriydi. 1896-da universiteti də başa vuran Məhəmməd bəy hüquqşünas diplomu alaraq dövlət qulluğuna başlayıb.

Rusiya imperatorunun qardaşı, böyük knyaz Nikolay Nikolayeviç Romanov Nəsrullah bəy Şahmalıyevlə dostluq edirdi. Böyük knyaz Samuxda Nəsrullah bəyin qonağı olarkən bəy ona cins atlar, o isə bəyə içində çox bahalı brilyant qaşlı üzük olan qızıl burunotu qabı — tabakerka bağışlamışdı.

Onun bütün bolşeviklər tərəfindən əmlakı və var-dövləti müsadirə edildi. Düzdür, başqa Şahmalıyev bəyləri kimi onu da güllələnməkdən qorumağa Nəriman Nərimanov çalışsa da, mümkün olmamışdır.

1920-dəki məhkəməsində son söz verilərkən demişdi ki, məni keçmiş nökərim Keçəl Dursun mühakimə edir; bu günü görməkdənsə mənə güllələnmək xoşdur. Ancaq Nərimanov işə qarışdıqdan sonra Məhəmməd bəyə "böyük mərhəmət" göstərildi — o, ev dustağı edildi.

İndiki Sabir bağının yerindəki mənzildə 4 il ev dustağı kimi yaşayan görkəmli dövlət xadimi 1924-də haqqa qovuşdu.

1906-da Tiflisdə Qafqaz canişininin başçılığı altında onun sarayında keçirilən qurultayda 1905-ci il erməni-müsəlman qırğınının nəticələri müzakirə edilərkən orada Tiflis müsəlmanlarını təmsil edən Məhəmməd bəy Əhməd bəy Ağayev, Əlimərdan bəy Topçubaşov və başqa müsəlman nümayəndələriylə birgə çox fəallıq göstərmişdir.

Qurultayın çıxardığı qərara məhz onun təklifiylə Azərbaycan əhalisinin xeyrinə bir çox maddələr salınıb. Qurultaydan geniş hesabatlar "Həyat", "İrşad" və "Kaspi" qəzetlərində dərc edilib.

Məhəmməd bəy Şahmalıyev 1913-də Şəki qəzasının, 1914–1915-ci illərdə isə Ərəş qəzasının rəisiydi.

Məhəmməf bəy Şahmalıyev Azərbaycan hökumətinin 16 mart 1919-cu il tarixli qərarı ilə Zaqatala quberniyasının qubernatoru təyin olunmuşdur. Bu vaxt o, Azərbaycan Cümhuriyyətinin Zaqatala quberniyasıyla Gürcüstan Respublikası Tiflis quberniyasının Siqnax qəzası arasında müvəqqəti sərhədi müəyyənləşdirən beynəlxalq Azərbaycan — Gürcüstan komissiyasının sədri təyin edilib və komissiyanın 25 oktyabr — 2 noyabr 1919-da keçirilən yığıncaqlarında Azərbaycan hökuməti adından çıxış etmişdir.

Məhəmməd bəy Şahmalıyevin nəsli bu gün də davam etməkdədir. Onun ilk həyat yoldaşı, dünyadan çox erkən köçmüş Fatma xanımdan (?-1899) bir övladı — anasının adını verdiyi Şahpəri xanım (1898–1981) olub.

Atasının əmisi oğlu Mahmud bəy Şahmalıyevlə ailə quran Şahpəri xanımın ondan 3 oğlu (Fərhad, Tofiq, Rüstəm) və 1 qızı (Xədicə) dünyaya gəlib. Fatma xanımdan sonra Əminəxatın xanım Şahmalıyevayla evlənmiş Məhəmməd bəyin ondan 3 oğlu (Ehsan bəy (1899-sürgündə ölüb), Şamil bəy (1903–1990), Mehralı bəy) və 2 qızı (Səltənət xanım və Ədalət xanım) var. Onların övladları keçmiş Sovetlər Birliyinə səpələnərək bu gün Bakı, Moskva, Odessa, Daşkənd və başqa şəhərlərdə yaşamaqdadır.

• . Azərbaycan Nəşriyyatı. 1998. 560.
• 2011-11-17 at the Wayback Machine