Vışehradda kilsənin yaranmasının əsas səbəbi, XI əsrin ikinci yarısında knyaz II Vratislav və onun qardaşı Praqa yepiskopu Yaromir arasında hakimiyyət uğrunda gedən mübarizə ilə sıx bağlıdır. Vratislav, yeni hakimiyyət mərkəzi yaratmaq məqsədilə Vışehradı öz yaşayış yeri kimi seçir və orada Praqa Yeparxiyasından müstəqil şəkildə fəaliyyət göstərəcək yeni kilsə təşkilatı qurmaq qərarına gəlir. Bunun nəticəsində 1070-ci ildə, Praqa yepiskopluğundan müstəqil şəkildə fəaliyyət göstərən və bilavasitə Roma Papasının tabeliyində olan Vışehrad kapitulu təsis edilmişdir (Kapitul 1763-cü ilə qədər müstəqil qalmışdır). Qısa müddət sonra həmin ərazidə tikintisi yəqin ki 1080-ci ilə qədər davam edən Müqəddəs Pyotr və Pavelin şərəfinə kilsə qurulmuşdur. Salnamələrə inansaq, knyaz Vratislav təməl üçün daşla doldurulmuş 12 zənbili tikinti sahəsinə çatdırır və ümumilikdə məbədin tikintisində şəxsən iştirak edirdi.

Kilsə Roma memarlığı üslubunda kiçik bazilika kimi ucaldılmış və o cümlədən kral və kral ailə üzvlərinin dəfni üçün nəzərdə tutulmuşdur. Hesab edilir ki, 1092-ci ildə kral Vratislav məhz bu kilsəsində dəfn edilmişdir, lakin aparılan çoxsaylı arxeoloji araşdırmalara baxmayaraq, onun qalıqları burada aşkar edilməmişdir.

1129-cu ilin əvvəlində kilsə əhəmiyyətli dərəcədə genişlənmişdir. 1249-cu ildə kilsədə yanğın hadisəsi baş verir və bundan sonra o erkən qotika üslubunda yenidən bərpa edilmişdir.

İmpertator IV Karlın dövründə, yəni 1369-cu ildə aparılan genişmiqyaslı yenidənqurma işləri nəticəsində kilsə özünün yan kapellaları olan üç nefli qotik görünüşünü əldə etmişdir.

Yan Qus tərəfdarlarının 1419-1434-cü illərdə Çexiyada və ətraf ölkələrdə keçirdiyi reformasiya xarakterli Qusçular hərəkatı zamanı Vışehrad işğal olunmuş, Müqəddəs Pyotr və Pavel kilsəsinə isə əhəmiyyətli dərəcədə ziyan dəymişdir. 1495-ci ildə yekun bərpa işlərinin tamamlanmasından sonra, kilsə təkrar təqdis edilmişdir.

1576-cı ildə kilsə intibah, XVIII əsrin 20-ci illərində isə barokko üslubunda yenidən inşa edilmişdir. Barokko layihəsinin müəllifi italyan mənşəli Çexiyalı memar Yan Santini idi, bütün rəhbərlik və idarəetmə işləri isə Frantişek Maksimilian Kanka tərəfindən həyata keçirilmişdir. 1678-ci ildə eyni barokko üslubunda zəng qülləsi tikilmişdir.

Neoqotika üslubunda kilsənin sonuncu yenidənqurma işləri 1885-ci ildə başladılmışdır. Onun müəllifi məşhur memar Yozef Motsker idi. Kilsənin əsas girişi üzərində yerləşən timpanda memar Ştepan Zaleşak tərəfindən "Qiyamət" adlı relyef həkk olunmuşdur. Kilsənin tikinti işləri "Adəm" və "Həvva" adlı iki neoqotik tərzdə ön qüllələrin 1902—1903-cü illərdə inşası ilə tam yekunlaşmışdır. Layihə memar Frantişek Mikşa tərəfindən həyata keçirilmişdir. Yenidənqurma işlərindən sonra, kilsə indiki görünüşünü qazanmışdı.

Bazilikanın interyeri 1902-1903-ci illərdə Frantişek Urban və həyat yoldaşı Mariya tərəfindən hazırlanmış Ar Nuvo üslubunda divar ornamentləri və fiqurlu qıvrım rəsm formasında naxışlarla doludur. Kilsənin presviterisi Müqəddəs Apostollar Pyotr və Pavelin həyat səhnələri reproduksiya edən vyanalı rəssam Karl Yobstun freskləri ilə bəzədilmişdi.

Kilsənin şüşə vitrajları Frantişek Sekvensin layihəsi əsasında hazırlanmışdır. Bazilikanın baş altarı 1884-1889-cu ildə oymaçı Yozef Hrubeşin layihəsi çərçivəsində tərəfindən kəsilmişdir. Altarda müqəddəs apostollar Pyotr və Pavel, həmçinin Bizanslı yunan qardaşları Kirill və Mefodiy təsvir olunmuşdu.

Birinci kapellada XII əsrə aid Roman memarlığı üslubunda daş sarkofaq yerləşir. Əfsanəyə görə, həmin sarkofaqda müqəddəs Longinin qalıqları saxlanılır, amma əslində burada Prjemısloviçlər sülaləsinin nümayəndələrindən biri dəfn edilmişdir. Kilsənin ikinci kapellasında Çexiya himayədarlarının altarı yerləşir. Üçüncü kapellada XIV əsrin ortalarına aid və qotik rəssamlıq abidəsi sayılan Yağış Məryəm Ananın məşhur divar rəsmi (pannosu) yerləşdirilmişdir. Panno IV Karl və II Rudolfun kolleksiyalarında saxlanılırdı və yalnız 1606-cı ildə Müqəddəs Pyotr və Pavel kilsəsinə hədiyyə edilmişdir. Rəvayətə görə, Yağış Məryəm Ananın təsviri müjdəçi Luka tərəfindən çəkilmişdir. Quraqlıq dövründə insanlar tərəfindən Məryəmin təsvirinə yağış yağması üçün çoxsaylı dualar ilə yürüyüş olunurdu. Sol künc nefinin divarında 1420-ci ildə çəkilmiş və Vışehradın ümumi mənzərəsini təsvir edən barokko freskini görmək olar.

1988-1994-cü illərdə kilsənin interyeri xeyli miqdarda pul vəsaiti hesabına əhəmiyyətli dərəcədə dəyişikliyə məruz qalmışdı.

Müqəddəs Pyotr və Pavel kilsəsinin olduğu sahədə qəbiristanlıq artıq 1260-cı ildən mövcud olmuşdur. XVII əsrdə burada Vışehrad kapituluna məxsus prixodun qəbiristanlığı var idi. 1869-cu ildə qəbiristanlığa ümummilli statusu verilmişdir. Cənub və şərq tərəfdə yerləşən ilk mərmər qəbir daşlarının müəllifləri heykəltəraşlar A. Barvitius və tələbəsi olan Antonin Vieql idi. Vieqlın tərtib etdiyi layihəyə uyğun olaraq qəbiristanlığın sərhədləri boyunca neointibah üslubunda arkadalar inşa edilmişdir. Vışehrad qəbiristanlığının mərkəzi xiyabanı "Slavin" panteona gətirib çıxarır (A.Vieql tərəfindən 1889-1893-cü illərdə kilsənin arxasında tikilmişdir). Burada çex xalqının məşhur və ümummilli mədəniyyət və elm xadimləri uyuyur (Karel Çapek, , Yan Neruda, Bojena Nemtsova, , , , Antonin Dvorjak, Bedrjix Smetana, , Yan Evangelista Purkine, və bir çox başqaları).

• P. Bedrníček, Vyšehrad tisíciletá sága, Volvox Globator, Praha, 2005
• 2011-03-08 at the Wayback Machine
• 2019-11-05 at the Wayback Machine