Saqiyan kəndinin əsas əhalisi xristian tatlar olmuşdur. Bu xristianların dini ehtiyaclarını ödəmək üçün Kirakos adlı bir yerli keşiş tərəfindən 1660-cı ildə ucaldılmışdır. Şamaxı yeparxiyasının rəhbəri Hovhannes Şahxatunyantsın 1842-ci ildə verdiyi məlumata görə monastırın girişində məbədin "Ağvan torpağından Kirakos" adlı bir müəllim tərəfindən tikildiyi qeyd olunmuşdu. Alban katolikosu Katolikos IV Petrosun da adı həmin kolofonda çəkilirdi. Lakin başqa bir katolikos olan II Sargis bu bölgəni ziyarət edəndə monastırın 1741-ci ildə tikildiyini göstərirdi. Şamaxı arxiyepiskopu Daniel Şahnazaryantsın yazdıqlarına görə Şamaxı xanı Mustafa xan dövründə monastır xüsusilə zənginləşmişdi. Daniel bu monastırı "Şamaxı dövləti" üçün bir ilk sayırdı.

1815-ci ildə Rusiya sinodunun qərarı ilə Alban Həvari Kilsəsinin katolikosluğu ləğv edildi və Sargisin dərəcəsi endirildi. Bununla da katolikosluğun ərazisi Şamaxı və Qarabağ yeparxiyalarına bölündü. Şamaxı yeparxiyası isə Saqiyanda mərkəzləşmişdi. 1838-ci ildə Hovhannes Şahxatunyants yeparxiya mərkəzini monastırdan Şamaxıya köçürmüşdü. Monastıra gediş-gəliş isə bu tarixdən sonra azalmışdı.

Musa Qasımlının yazdıqlarına əsasən 1907-ci ildə monastırdan Daşnaksutyuna aid 100 ədəd tüfəng tapılmışdı.