Hazırkı sarayın yerində saray tipli binanın inşası 1542-1554-cü illərdə Çexiya Krallığının ən tanınmış və ali burqqrafı olmuş Kraykalı Volf Krayirj tərəfindən başladılmışdı. Lakin tezliklə o, yarımçıq sarayı məşhur satır. Tikinti işlərini Pernşteynli Yaroslav davam etmiş, onun Habsburq kralı Maksimilian yanında yüksək kansler vəzifəsini yerini yetirmiş qardaşı II Vratislav isə çox güman ki onun tamamlama işlərinə rəhbərlik edirdi. İlkin orijinal bina İntibah üslubunda inşa edilmişdir və daxili həyətinin ətrafında dörd qanadı var idi. Yeni sahiblərin şərəfinə sarayın adı Pernşteyn ilə əvəz olunmuşdu.

Pernşteyn sarayının adı həmçinin "" hadisələri ilə də qismən bağlıdır. Məhz bu sarayda II Vratislavın qızı, sadiq katolik inanclı Pernşteynli Poliksena, bir müddət öncə üsyançı Praqa sakinləri tərəfindən Praqa qəsrinin pəncərələrindən atılan Habsburq imperiyasının məsləhətçiləri - Xlumlu Vilem Slavatanı və Martinitzli Yaroslavı bir müddət gizlətmişdi.

XVII əsrin 20-ci illərində Poliksena 30 min məbləğində qardaşı oğlu Pernşteynli Vratislav Eusebiodan sarayı satın almışdı. 1642-ci ildə Poliksenanın ölümündən sonra, saray onun yeganə oğlu Lobkovitzli Eusebio Vatslav Popelə miras qalır. Poliksena İntibah dövrünə aid sarayın görkəminə bəzi düzəlişlər etmişdi, lakin onun oğlu 1651-1668-ci illərdə sarayda yeni barokko üslubunda daha genişmiqyaslı yenidənqurma işlərini həyata keçirmişdi. Tikinti işləri məşhur italyan memar və heykəltəraşı Karlo Luraqonun nəzarəti altında yerinə yetirilirdi.

1918-1919-cu illərdə Lobkovitzlər sarayın bir neçə otağını Çexoslovakiya Baş nazirinin xidmət ofisi üçün kirayə verirlər. Lakin 1939-cu ildə bütün saray binası rəhbərliyi tərəfindən müsadirə olunur. 1945-ci ildə saray Lobkovtzlərə geri qaytarılsa da, üç il sonra o hakimiyyəti öz əllərinə alan tərəfindən milliləşdirilir.

1973-cü ildə sarayda 13 il davam edən irimiqyaslı yenidənqurma işlərinə start verilmişdi. 1987-ci ildə isə burada tarix bölməsinə aid ekspozisiya yerləşdirilmişdir.

2002-ci ildə restitusiya nəticəsində sarayı Lobkovitzlərin şəxsi mülkiyyətinə qaytarıldı. 2006-cı ildə Lobkovitz Sarayında tarix ekspozisiyası bağlanılır, lakin bir il sonra o yenidən ictimaiyyət üçün açılır. Sarayın birinci mərtəbəsində özünün ilkin görünüşünü qoruyub saxlamış və keçmiş burqqraf ailəsinə məxsus olmuş Müqəddəs Vatslav kapellası yerləşir. İkinci mərtəbədə isə Lobkovitz sülaləsinin sənət kolleksiyası sərgilənir.

• William B. Russel, Jr.: Die Kunstsammlungen des Hauses Lobkowicz, in Zusammenarbeit mit Scala Publishers. Mit Beiträgen von Laura de Barbieri, John Somerville und John Batty. Scala Publishers, London 2007, ISBN 978-1-85759-525-3, 64+8 S.
• Petr Vorel Páni z Pernštejna. Vzestup a pád rodu zubří hlavy v dějinách Čech a Moravy. S. 274. ISBN 80-86182-24-X

• 2012-08-08 at the Wayback Machine
• 2011-06-15 at the Wayback Machine