"Kəpəz"in yaranması təxminən XX əsrin 50-ci illərinin sonuna təsadüf edir. Həmin illərdə SSRİ Futbol Federasiyası ikinci dəstədə Azərbaycan klublarının sayını artırmağı qərara almışdı. Beləcə Gəncədə "Toxucu" futbol klubu yarandı.

1962-ci ildə Kəpəz "Neftçi"yə və Kiyev "Dinamo"suna qalib gələrək, ölkə kubokunun 1/4 final mərhələsinə çıxmışdı. Kəpəzin bu uğuru onun nüfuzunu SSRİ məkanında daha da artırdı. 1965-ci ildə "Dinamo" adı altında SSRİ çempionatının birinci dəstəsinə vəsiqə qazanan Kəpəz, 3 il sonra isə SSRİ çempionatının 1-ci dəstəsində çempion olub güclülər dəstəsinə vəsiqə qazanaraq Azərbaycan futbol tarixində bir ilkə imza atmışdır. Belə ki, ölkənin futbol tarixində ilk dəfə olaraq Azərbaycan SSRİ güclülər dəstəsində iki komanda ilə təmsil olunacaqdı. Kəpəz SSRİ 1-ci dəstəsində çempion olaraq qızıl medallar qazanan yeganə Azərbaycan klubu olmuşdur.

• 1959-1962 "Toxucu" (Kirovabad)
• 1962-1974 "Dinamo" (Kirovabad)
• 1975-1981 "Tərəqqi" (Kirovabad)
• 1982-1988 "Dinamo" (Gəncə)
• 1989-2005 "Kəpəz" (Gəncə)
• 2005-2011 "Gəncə"
• 2011-h.h. "Kəpəz"

Azərbaycanın müstəqilliyi dövründə Gəncədə futbol yeni inkişaf dövrünə qədəm qoydu. "Kəpəz" 3 dəfə qızıl medalları qazanmaqla "Qarabağ"dan və "Neftçi"dən sonra Azərbaycan çempionu adına ən çox layiq görülən klubdur. 1995, 1998 və 1999-cu illərdə qazanılan çempionluqlardan başqa, daha 1 dəfə gümüş, 2 dəfə də bürünc medal qazanmışdır.

"Kəpəz" 4 dəfə də ölkə kubokunun sahibi olub. Gəncə klubu 1997-1998 mövsümündə Azərbaycan cempionu olmaqla bərabər ölkə kubokunun da sahibi olub.

1997/1998 mövsümün Kəpəz klubunun tarxinə qızıl həriflərlə yazıldı. Belə ki, həmin mövsüm klub 28 oyun məğlub olmamışdır. Bu səbəblə 2019 ilinə qədər rekorda sahib olmuşdur. Daha sonra rekordu Qarabağ keçmişdir.

"Kəpəz" ev oyunlarını Gəncə Şəhər Stadionunda keçirir. Stadionun açılışı 1963-cü ildə olmuşdur. Klubun ev oyunlarını keçirdiyi bu stadion 27.000 azarkeş tutumuna malikdir. Ümumilikdə isə Gəncə Şəhər Stadionu Bakı Olimpiya Stadionu və "Tofiq Bəhramov Adına Respublika Stadionu"ndan sonra ölkənin üçüncü ən böyük futbol stadionudur. Stadionun azarkeş tutumunun 27.000 olmasına baxmayaraq, SSRİ çempionatları dövründə və XX əsrin 90-cı illərində klubun avrokuboklardakı çıxışı zamanı 30.000 və daha artıq azarkeş saylarının qeydə alındığı xeyli sayda oyunlar olub.

• Azərbaycan çempionatı:
  •   Çempion (3) — 1994/1995, 1997/1998, 1998/1999
  •   Gümüş mükafatçı (1) — 1999/2000
  •   Bürünc mükafatçı (2) — 1993/1994, 1995/1996
• Azərbaycan Kuboku:
  •   Qalib (4) — 1993/1994, 1996/1997, 1997/1998, 1999/2000
• Azərbaycan Birinci Liqası:
  •   Çempion (1) — 2009/10

• Futbol üzrə SSRİ birinci liqası:
  •   Çempion (1) — 1966/1967
• Futbol üzrə SSRİ ikinci liqası:
  •   Çempion (1) — 1965
  •   Gümüş mükafatçı (1) — 1986
  •   Bürünc mükafatçı (1) — 1991
• SSRi Kuboku:
  • 1/4 finalçı — 1962

“Kəpəz” Azərbaycan çempionatlarındakı 1000-ci qolunu 2 sentyabr 2024-cü ildə, 651-ci oyununda vurub. Bu, Azərbaycan Premyer Liqasının 2024/2025 sezonunun 5-ci turuna, "Sabah"la Tovuz şəhər stadionunda keçirilən matça təsadüf edib. Qolun müəllifi olub. "Kəpəz" eyni oyunda 1001-ci qolunu da vurub və matç 2:3 hesabı ilə "Sabah"ın qələbəsi ilə yekunlaşıb. "Kəpəz" bu qolla Azərbaycan çempionatları tarixində 1000 və daha çox qol vurmuş 3-cü komanda (digərləri "Qarabağ" və "Neftçi"dir) olub.

"Kəpəz"in başa çatan 2015/16-cı il Azərbaycan Premyer Liqasında ortalama azarkeş göstəricisi 15.000 olmuşdur, bu isə uzun illərdən sonra ölkə çempionatında ən yüksək göstəricidir. Azarkeşlər "Kəpəz"i Gəncənin bir növ rəmzlərindən biri olaraq görməkdədirlər və doğma şəhərlərinə qarşı olan sonsuz sevgiləri Kəpəzə qarşı da öz əksini tapır. 1990-cı illərdə bütövlükdə ölkədə olan tənəzzül sözsüz ki, ikinci böyük şəhər Gəncədən də yan keçməmişdir və şəhərin ağır günlərində insanlar doğma komandalarının əfsanəvi çıxışları ilə təskinlik tapırdılar. Buna görə də, "Kəpəz" hər zaman Gəncə şəhərinin simvolu olaraq görülüb. Kəpəz ölkənin 2-ci böyük şəhəri olan Gəncəni təmsil etsə də, demək olar ki, bütün Qərb bölgəsində və Aran bölgəsində xalqın komandası statusunu daşıyır və adı çəkilən bölgələrdə minlərlə azarkeşə sahibdir. Klubun ən çılğın azarkeş qruplaşmaları kimi "Kapaz Ultras'' və "Xəmsə fan-klubu"nu qeyd etmək olar. Ümumilikdə isə klubun rəsmi olaraq beş fan-klubu fəaliyyət göstərir.

“Gəncə” fan-klubu “Kəpəz” PFK-nın ilk fan-klublarından hesab olunur. Abbas Abbasovun başçılıq etdiyi azarkeş qurumu 2004-cü ildə təşkil olunub.

“Kəpəzmaniya” komandanın köklü fan-klublarındandır. 2002-ci ildə yaradılıb. Rəhbəri Nadir Hüseyndir.

“Kapaz Ultras” fan-klubu komandanın yeni yaradılan azarkeş birliyidir. Əsasən, tələbə gənclərin təmsil olunduğu fan-klub 2014-cü ilin avqust ayından fəaliyyətə başlayıb. “Kəpəz Ultras”a Turqan Əliyev rəhbərlik edir.

“Xəmsə” Müstəqil Fanat Klubu 2009-cu ildə yaradılıb. Fan-klubun İdarə Heyəti beş üzvdən ibarətdir. Adil Məmmədovun rəhbərlik etdiyi azarkeş qrupu Bakıda fəaliyyət göstərir. “Xəmsə”, əsasən, “Kəpəz”in paytaxtda keçirdiyi oyunlarda komandaya dəstək olur.

“Kəpəz” fan-klubu komandanın ilk fan-klublarındandır. Azarkeş birliyi 2002-ci ildə yaradılıb. Prezidenti Elmar Əliyevdir. Fanklub özündə bütün yaş qruplarından olan azarkeşləri birləşdirir.

  Əsas məqalə: Tarixi derbi

Azərbaycan futbol tarixinin ən köklü və ən rəqabətli derbisi olaraq bilinən bu derbi Bakı və Gəncə kimi Azərbaycanın ən böyük iki şəhərindən çıxan və ölkənin ən müvəffəqiyyətli və təsirli iki futbol klubu arasında oynanılmaqdadır. Həmçinin bu iki komandanın qarşılaşmaları ölkənin ilk paytaxtı ilə hazırkı paytaxtı olan Bakı və Gəncə şəhərləri arasındakı tarixi rəqbət xüsusiyyətini də özündə əks etdirməkdədir. "Neftçi"nin tərəfdarları ümumilikdə paytaxt Bakı və Abşeron yarımadasından olan insanlardan ibarətdirsə, "Kəpəz"in tərəfdar kütləsi daha böyük bir xəritəyə sahibdir. Klub Gəncə şəhərini təmsil etsə də, Azərbaycanın bütün Qərb bölgəsi, Aran bölgəsi və bir çox rayon və əyalət şəhərlərindəki insanlarda "Neftçi" - "Kəpəz" qarşılaşmalarında "Kəpəz"ə tərəfdarlıq edir. Hələ Sovet dövründə ikən də "Kəpəz"in tərəfdar kütləsi böyük əksəriyyətlə xalqın işçi təbəqəsindən ibarət idi. Buna görə də Qərblilər hər zaman Azərbaycanda və Qafqazda ən çox tərəfdara sahib futbol klubu olmuşdur. Rəqabətin kökü SSRİ zamanlarına dayanır. Belə ki, "Kəpəz" azarkeşləri hər zaman bildirirlər ki, "Kəpəzin SSRİ dönəmində Neftçi qədər uğurlu olmamasının ən böyük səbəbi məhz Neftçinin paytaxt təmsilçisi olduğu üçün, ölkənin əsas komandası hesab edilərək, Azərbaycanın ən istedadlı futbolçularının ələl-xüsus Gəncə futbolunun yetirmələrinin hər zaman "Kəpəz"dən "qopararaq" "Neftçi"yə aparılmaları olmuşdur ki, bu da Kəpəzin uğurlarına əngəl olub". Azərbaycan futbol ictimaiyyəti tərəfindən "Tarixi Derbi" adlandırılan bu rəqabət XX əsrin 90-cı illərində MDB ölkələri arasında ən rəqabətli derbilər sırasında adı çəkilmişdir. İlk qarşılaşma 1962-ci il 26 iyunda SSRİ kubokunun 1/8 mərhələsinə təsadüf edir. Klubların o zamanki adları ilə "Dinamo Kirovabad"-"Neftyanik Baku" qarşılaşması 1:0 hesabı ilə qərblilərin qələbəsi ilə nəticələnib. Ümumilikdə müstəqillik dövründən hal-hazıradək bu komandalar 50 dəfə üz-üzə gəliblər ki, bu görüşlərdə paytaxt təmsilçisinin üstünlüyü nəzərə çarpır. Belə ki, bakılıların aktivində 23 qələbə, gəncəlilərin aktivində isə 18 qələbə var, 9 oyun isə bərabərliklə sona çatıb. Top fərqinə görə də Neftçi üstünlüyə malikdir - 71:45.

2016-cı il aprelin 2-də açıqlanan klublarının XXI əsr üçün reytinqində 1247 xal ilə Azərbaycan klubları arasında 7-ci, dünyada isə 453-cü pillədə başa vurmuşdur.

UEFA-nın 21/07/2017-ci il tarixi üçün tərtib etdiyi klubların reytinq cədvəlində "Kəpəz" PFK" 3.900 xalla 278-ci pillədə qərarlaşıb.

  Əsas məqalə: Kəpəz PFK-nın baş məşqçilərinin siyahısı

Komandanın ilk baş məşqçisi, bakılı, "Neftyanik"in sabiq müdafiəçisi Valentin Xlıstov olub. SSRİ dövründə komandanın ən uğurlu baş məşqçisi Vladimir Şuvalov hesab olunur. Məhz onun rəhbərliyi altında komanda 1965-ci ildə qalibi olaraq , 1967-ci ildə isə Birinci liqanın qalibi olaraq Yüksək liqaya vəsiqə qazanmışdır.

Müstəqillik dövründə "Kəpəz"in ilk baş məşqçisi, klubun keçmiş hücumçusu olub. "Kəpəz" ən böyük uğurlarını 1993-2003-cü illərdə klubun baş məşqçisi olmuş Mehman Allahverdiyevin rəhbərliyi altında qazanıb. Gəncə təmsilçisi bu dönəmdə 3 dəfə Azərbaycan çempionatının, 4 dəfə isə Azərbaycan Kubokunun qalibi olub. Daha sonralar klubun baş məşqçisi Yaşar Vahabzadə, 2022-ci ildə isə Tərlan Əhmədov olmuşdur.

13 noyabr 2023-cü ildə klubunun baş məşqçisi Adil Şükürov təyin edilib və onunla iki illik müqavilə bağlanılıb. 29 avqust 2024-cü ildə Şükürov bu vəzifədən öz qərarı ilə istefa edib və klubdan ayrılıb.

30 avqust 2024-cü ildə Azər Bağırov klubun baş məşqçisi təyin edilib. 4 sentyabrda isə onun köməkçiləri olaraq Rakif Əliyev, Araz Bağırov, Zaud Əsədov və Vüqar Məmmədov müəyyən edilib.

12 oktyabr 2024 tarixində yenilənib