Dilçi alim Zaza Aleksidzenin fikrincə Kürmük adı udicə "kur" (quyu, çuxur, çala) və "-mux" isə Qafqaz Albanlarının dilində çoxluq mənasını qatan şəkilçidir. Onun fikrincə, Kürmük Müqəddəs Yeliseyin bütpərəstlərlə qarşılaşıb öldürüldüyü Zerqoyn düzünün xristianlıqdan sonrakı adıdır.

2006-cı ilin sentiyabrında məbədin cənub ərazisində aparılan arxeoloji qazıntılar zamanı 4 dəfə (I-III əsrlər, IV-VII əsrlər, VIII-XI əsrlər və XIX) mərhələli şəkildə müxtəlif vaxtlarda əsrlərdə yenidənqurma-bərpa işlərinə məruz qalması məlum olmuşdur. Ərazidə aparılan arxeoloji qazıntılar zamanı müəyyən olunmuşdur ki, kilsə qədim məbədin qalıqları üzərində inşa olunmuşdur. Kilsənin adı Gürcü mənbələrində ilk dəfə 1310-cu ildə Gürcü patriarxı III Evktim (1310–1325) tərəfindən ziyarət olunarkən xatırlanır. Maqelaşvili İncilləri adlanan bu mənbəyə görə patriarx Kiş-Kürmük arxiyepiskopu Kirill Donaurini ziyarət etmiş, ona tapşırıqlar vermişdi.

Kilsə 1614-1617-ci illərdə Şah Abbasın yürüşü zamanı dağıdılıb, İlisu sultanlığını işğal edən Çar Rusiyası isə xristianlığı yaymaq üçün "Qafqazda Xristianlığın Bərpası İdarəsi" vasitəsilə qədim məbədin qalıqları üzərində yeni kilsə tikmişdir. Kilsənin bərpası 1891-ci ildə başlayıb və 1894-cü ildə bitirilib. Kilsənin ilk rəhbəri Mixail Kuloşvili (1825–1918) təyin edilib. Sovet dövründə bina kinoteatr kimi istifadə edilib.

Gürcü Pravoslav Kilsəsi tərəfindən Qax və Kürmük yeparxiyasının ikinci böyük kafedralı hesab olunur. Azərbaycan Mədəniyyət Nazirliyinə əsasən isə Kürmük alban kilsəsidir.Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin 2 avqust 2001-ci il tarixli qərarı ilə təsdiq edilmiş siyahıya əsasən «Kürmük» məbədi tarix və mədəniyyət abidəsi kimi qeydiyyata götürülmüşdür. Rəsmi olaraq dini abidə sayılmasa da, burada hər il Kürmükoba bayramı keçirilir.