XIX əsr rus mənbələrinə əsaslansaq İlisu sultanlığının meydana gəlməsi haqqında müxtəlif fikirlər mövcuddur. Bu fikirlər həm də bir- birini təkzib edir. Siyasi vəziyyətindən asılı olaraq İlisu sultanları öz müstəqilliklərini saxlamaq üçün müxtəlif dövrlərdə regionda siyasi nüfuzu böyük olan dövlətə sığınmalı olmuşlar. Bu dövlətlər Rusiya, İran və Türkiyə idi. Rusiyanın regiona maraqlarının artdığı bir dövrdə İlisu sultanları İran və Türkiyəyə meyl etmişlər. Onların hakimiyyətlərini təsdiqliyən sənədlər - İran şahlarının və Türkiyə sultanlarının fərmanları qalmışdır.

1540-1554-cü illər arasında Şah I Təhmasib dört dəfə Gürcüstana yürüş etmişdir və Səfəvilər dövlətinin vassalı olan Kaxeti çarı Levanı (Ləvənd-Xan) da xatıraldaraq o zamanlar səfəvi ordusunda gürcülərə qarşı döyüşən, gələcək İlisu sultanlarının dinastiyasının yardıcısı sultan Adı-Kurkulu (Adıgörklü) bəyə fərman göndərmişdir.

İlisu sultanlığının təməli 3 avqust 1563-cü ildə Saxurlar tərəfindən Dağıstanın Saxur mahalında qoyulmuşdur. İlk yarandığı dövürlərdə adı Saxur xanlığı kimi tanınırdı. Lakin sonralar siyasi cəhətdən Saxur mahalının paytaxt üçün uyğun olmadığını düşünərək İlisu kəndini quraraq paytaxt İlisuya köçürülmüştür. İllər rəzində Osmanlı sultanlarının Saxur xanlarına verdiyi "SULTAN" titulundan ötəridə xanlığın adı İlisu sultanlığına çevrilmiştir. İlisui sultanlığının üstünlük təşkil edən əhalisi Tsaxurlar idi, əhalinin az bir hissəsi azərbaycanlılar (muğallar) və İslamı qəbul etmiş gürcülər (ingiloylar) idi. Tsaxurlar sultanlığın şimal (dağlıq) və orta (dağətəyi) hissələrində yaşayırdılar, ərazinin cənubunda isə ingiloylar və azərbaycanlılar (muğallar) yaşayırdı.

Zaqatala rayonunun Eelisu naibliyi əhalisinin siyahıyaalınmasının məlumatları göstərdi ki, naibliyin ümumi əhalisi 11 836 nəfər idi, 23 kənddə yaşayırdı. Əhalinin böyük bir hissəsini 8 269 nəfərlik Tsaxurlar təşkil edirdi. ardınca 2 167 nəfərlik ingiloylar və 1 400 nəfərlik muğallar sultanlığın kiçik bir hissəsini əhatə edirdilər. Sultanlar Yanlız Saxurlardan secilirdi. Və sultanlara bə yaxud onların nəslindən olanlara muğallarla və ya inhiloylarla evlənmək safqanlığı qorumaq üçün qadağan edilmişdi. Əgər onlardan biri muğal bə yaxud gürcülərlə evlənərsə mirasdan bə sultanlıqdan məhrum edilirdi. İlisu sultanlığının tarixi, xüsusən də sultan titulu daşıyan İlisu hakimlərinin geneologiyası haqqında səslənən fikirlər bu günə qədər bir-biri ilə ziddiyyət təşkil edir. Sultanlığın yaranmasını gürcü tarixçiləri və bir sıra rus tədqiqatçılar Kaxetiya çarlığının parçalanmasının nəticəsi kimi dəyərləndirmişlər. Onların fikrincə İlisu hakimləri islamı qəbul etmiş gürcü knyazı Quram Vaxvaxişvilinin nəslindən idilər.

Səfəvi hökmdarı Şah I Abbasın Gürcüstana hücumu ərəfəsində Qaxın gürcü canişini eristav Quram Vaxvaxışvili şahın hüzuruna gələrək islamı qəbul etmiş və Kaxetiyaya qarşı hərbi əməliyyatlarda İran ordusunun tərkibində öz dəstəsi ilə fəal ıştirak etmışdır. Dağıstan, Azərbaycan və digər bir qism rus tədqiqatçıları sultanlığın yaradıcıları kimi Dağıstan xalqlarından olan saxurların və hətta avarların xüsusi rolunu qeyd etmışlər. Bölgənin epiqrafik abidələrini tədqiq etmiş alim Məşədixanım Nemətova isə İlisu hakimlərinin sələflərinin türkləşmiş ərəblər olduğu fikrini irəli sürmüşdür.

İlisu sultanlığı haqqında yazılan bir sıra publisistik məqalə və araşdırmalarda isə İlisu sultanlarının geneologiyasının türklərlə bağlı olduğu göstərilir. İlisu sultanlarının xələfləri olan nəslinin nümayəndələri dünyanın bir sıra ölkələrində yaşayırlar.

• (1562–1598)
• Sarı Əli bəy (I Əli Sultan) (1601–1628)
• (1616–1627)
• (1627–1636)
• (1642–1670)
• (Şəki bəylərbəyi və İlisu sancağının hakimi) (1695–1732)
• (1732–1747)
• (1747–1748)
• (1748–1762)
• (1762–1803)
• II Əhmədxan sultan (1803–1830)
• Musa bəy (yanvar 1830 — sentyabr 1830)
• Danyal Sultan (1830–1844)

• İlisu
• Qax abidələri (film, 2001)