Heydər Hüseynov 1908-ci il aprelin 3-də İrəvanda tacir Hacı Nəcəf Kərbəlayi Hüseyn oğlunun və Məşədi Gülsümün ailəsində anadan olmuşdur. Ailədəki altı uşağın kiçiyi olmuşdur. Heydər anadan olandan az sonra atası vəfat edir. Böyük qardaşı Yusif 1918-ci ildə erməni dəstələri tərəfindən öldürüldükdən sonra ailələri əvvəl Batuma, sonra Stavropola, axırda Bakıya köçürlər. Böyük qardaşı və anasının himayəsi altında böyümüşdür.

Heydər Hüseynov yalnız on iki yaşında Bakının 18 saylı məktəbinin şagirdi olmuşdur. O, 1927–1931 illərdə Lenin adına Pedaqoji Universitetin həm şərqşünaslıq, həm də pedaqoji fakültələrinin tələbəsi olmuş, ərəb və fars dillərinə mükəmməl yiyələnmişdir.

Əmək fəaliyyətinə 1924-cü ildən başlamış, pedaqoji texnikumun kitabxanasında işləmişdir.1931-ci ildə Azərbaycan Dövlət Pedaqoji İnstitutunun ictimai elmlər fakültəsinin qiyabi şöbəsini bitirmişdir. 1931–1932-ci illərdə Azərbaycan Elmi -Tədqiqat İnstitutunun aspirantı olmuşdur. 1936–1940-cı illərdə Heydər Hüseynov SSRİ Elmlər Akademiyası Azərbaycan filialı Ensiklopediya və Lüğətlər İnstitutunun direktoru olmuşdur.

1939–1945-ci illərdə SSRİ Elmlər Akademiyası Azərbaycan Filialı sədrinin müavini, 1945–1950-ci illərdə Azərbaycan SSR Elmlər Akademiyasının vitse-prezidenti olmuşdur. Akademiyanın eyni zamanda ictimai elmlər bölməsinin sədri olmuşdur. 1943–1945-ci illərdə Azərbaycan Dövlət Universitetinin əvvəl marksizm-leninizmin əsasları, sonra fəlsəfə kafedrasının müdiri, 1945–1950-ci illərdə Azərbaycan KP MK yanında Partiya Tarixi İnstitutunun direktoru olmuşdur.

Heydər Hüseynov 1930-cu illərdə fəlsəfə elmini tədris etməklə bərabər Azərbaycan dilində fəlsəfəyə aid "Dialektik materializm", "Dialektika və metafizika", "Dialektika və tarixi materializm" adlı ilk dərsliklərini filosof Əhməd ağa ilə birlikdə yazmışdı.

O, fars dilində sərbəst danışırdı. 1932-ci ildən başlayaraq müxtəlif ali məktəblərdə fəlsəfədən dərs deyir. 1935-ci ildə azərbaycan dilində dialektik materializm, 1939-cu ildə dialektika və metafizika haqqında kitab çap etdirir. 1936-cı ildə Azərbaycan Sovet Ensiklopediyasının hazırlanmasında iştirak edir, 1940-cı ildə isə baş redaksiyaya rəhbərlik edir.

Heydər Hüseynov 15 iyun 1939-cu ildə Tiflis şəhərində "M. F. Axundovun fəlsəfi görüşləri" adlı dissertasiyasını müdafiə etmişdir. O, 1944-cü ildə doktorluq dissertasiyasını müdafiə etmiş, həmin il professor elmi adını almışdır.

Heydər Hüseynov tarix və fəlsəfə elminin inkişafına böyük töhfə verib. O Azərbaycan tərcümə məktəbinin əsasını qoyub, ilk azərbaycan-rus və rus-azərbaycan lüğətinin redaktorlarından olub. O 100-dən çox elmi məqalə yazıb. Bəhmənyar, Nizami Gəncəvi, Füzuli, Abbasqulu ağa Bakıxanov, Mirzə Kazım bəy, Mirzə Fətəli Axundov, Həsən bəy Zərdabi haqqında ciddi tədqiqat işi aparıb.

Həmin dövrdən Heydər Hüseynov 733 səhifəlik " XIX əsrdə Azərbaycan fəlsəfi və ictimai-siyasi fikrin tarixi haqqında" fundamental əsər yazır və 1950-ci ilin mart ayında növbəti Stalin mükafatını alır.

Heydər Hüseynovun yaradıcılığında mühüm yer tutan "XIX əsr Azərbaycan ictimai və fəlsəfi fikir tarixindən" adlı kitabı rus dilində yazılmış, əsər ilk dəfə 1949-cu ildə, ikinci dəfə 1958-ci ildə müəyyən ixtisarlarla çap edilmişdir. Kitab Azərbaycan dilində ilk dəfə 2006-cı ildə çapdan çıxmışdır. "XIX əsr Azərbaycan ictimai və fəlsəfi fikir tarixindən" kitabının redaktoru akademik Aleksandr Osipoviç Makovelski (1884–1969) "Redaktorun ön sözü" adlı yazısında kitabı "XIX əsrdə Azərbaycan fəlsəfəsinin inkişafının sistemli şərhinin ilk təcrübəsi" kimi dəyərləndirmiş, öz münasibətini bildirmişdir.

Bakı Dövlət Universitetində əsas Fəlsəfə auditoriyalarından biri onun adını daşıyır.

Heydər Hüseynovun elmi fəaliyyətinin mükafatlandırılmasına baxmayaraq, ona qarşı Respublika Rəhbərliyində dözümsüzlük başlayır. 1950-ci ilin mayında Kommunist Partiyasının MK-nın büro iclasında ciddi tənqid edilir. Onun 19-cu əsrdə Qafqaz fəlsəfi fikrinin tədqiqi müridizmin təbliği, sufizmin təqdiri kimi qəbul edilir. Kitabın müqəddiməsində " İmam Şamil mütərəqqi və demokratik bir lider, həmçinin azadlıq fenomeni kimi göstərilir ki, bu da marksist ideyalarına ziddir (…), Şamil millətçi hərakatın nümayəndəsi idi və türk sultanı ilə ingilis kapitalizm maraqlarına xidmət edən şəxs olub.". Azərbaycan KP MK SSRİ Nazirlər Soveti qarşısında onun aldığı Stalin mükafatlarından məhrum edilməsi vəsadətini qaldırır və vəsadət təmin edilir.

Hüseynov Kommunist Partiyasından çıxarılır və Elmlər Akademiyasındakı vəzifələrindən azad edilir. Dövlət orqanları və bəzi həmkarları tərəfindən əsassız təqiblərə məruz qalır. Təzyiqlərə dözməyən və həbs ediləcəyini təxmin edən filosof 15 avqust 1950-ci ildə damarlarını kəsməklə özünə qəsd edir.

AMEA-nın müxbir üzvü, fəlsəfə elmləri doktoru, professor Zakir Məmmədov "Fəlsəfi fikrimiz ona laqeyd qalmaq olmaz" məqaləsində Heydər Hüseynovdan bəhs edərkən yazmışdır:

"Akademik H. N. Hüseynov 40-cı illərdə Bəhmənyarın kiçik həcmli iki fəlsəfi traktatını aşkara çıxarıb tədqiqat obyektinə çevirməklə sırf elmi-fəlsəfi irsimizin varlığını élan etdi. Görkəmli tədqiqatçının milli ruhda Azərbaycan fəlsəfəsi tarixinə dair yazdığı kitab elmi ictimaiyyət tərəfindən rəğbətlə qarşılandı, Stalin mükafatına layiq görüldü, lakin alimin öz xalqının tarixən yüksək elmi-fəlsəfi təfəkkürə malik olduğunu aşkar söyləməsi imperiya ağalarının zəhmindən qorxan kölələrə xoş gəlmədi. XII əsrdə elminə görə hakim tərəfindən təqdir edilmiş, amal və qayəsinə görə isə öldürülmüş Şihabəddin Yəhya Sührəvərdinin (1154–1191) taleyi XX əsrdə təkrar olundu".

• İkinci dərəcəli Stalin mükafatı laureatı (1948) — "Tam azərbaycan-rus lüğəti"nin yaradılmasına görə (1940–1946)
• Üçüncü dərəcəli Stalin mükafatı laureatı — Ədəbi tənqid və sənətşünaslıq sahəsində — 1950 (1949-cu il üçün) — "XIX əsr Azərbaycan ictimai və fələsəfi fikir tarixindən " kitabına görə

• АSE — Azərbaycan Sovet Ensiklopediyası, 1984.
• 2011-11-05 at the Wayback Machine
• 2011-10-21 at the Wayback Machine
• 2017-12-25 at the Wayback Machine

• Baki: EAAzF nəşriyyatı, 1943, s. VII-XX.